城郊危机平息后，城市仿若被按下了宁静键，日子在琐碎日常与和煦暖阳里缓缓流淌。柯南依旧每日穿梭在帝丹小学与毛利侦探事务所之间，可心头那丝不安，如风中残烛，摇曳不灭，犯罪组织残余的阴影，似潜藏在平静湖面下的暗礁，随时可能撞破安宁。
一日，毛利小五郎接到委托，说是城中一座废弃游乐园有灵异事件，夜间常有怪异声响与不明黑影出没，园主惶恐，求名侦探解谜。小五郎自是拍着胸脯应下，带着小兰、柯南前往。踏入游乐园，腐朽的摩天轮僵立，过山车轨道锈迹斑斑，如荒废的鬼域。夜幕低垂，阴森寒意浸透衣衫，那诡异声响如期而至，似鬼哭狼嚎，在空荡荡的场地回荡。
柯南警觉踱步，借着手电微光勘查，发现地面有新鲜车辙印，还夹杂着特殊化学试剂残留气味，心下顿觉不妙，这绝非灵异，怕是组织余孽作祟。正思忖间，暗处突袭，几个黑衣人挥棒打来，柯南灵活闪躲，呼喊小五郎。小五郎虽平日里看似迷糊，此刻却瞬间进入战斗状态，拳脚有力，挡在小兰身前。小兰也不示弱，空手道招式凌厉，击退来犯之敌。
警方接报赶来，带队的目暮警官眉头紧锁，看着现场痕迹，沉声道：“看来他们贼心不死，想利用这荒园做掩护，谋划新坏事。”柯南将线索拼凑，推测组织或是在此秘密交接重要物资，那些化学试剂或是新型武器原料。
几日后，城中美术馆举办珍稀珠宝展，传闻其中有一颗曾属于皇室的神秘蓝宝石，价值连城。怪盗基德发出预告函，扬言要在月圆之夜取走宝石，一时间，馆内安保森严，警力密布。柯南知晓，这或许是组织设下的圈套，借基德之名引众人入局，再暗中行事。
月圆当晚，美术馆灯火通明，宾客云集。基德一袭白色礼服，优雅现身屋顶，在众人惊呼声中翩然入场。可没等他靠近展柜，黑衣人从四周涌出，混战骤起。基德巧用魔术道具周旋，抛出烟雾弹，扰乱敌人视线；柯南则在暗处，用手表型麻醉枪助基德脱困，两人默契配合，击退部分敌人。
然而，幕后黑手“夜枭”残党竟启动美术馆机关，封闭出口，释放催眠瓦斯，意图困死众人、盗走宝石后全身而退。关键时刻，柯南寻到通风管道，与基德携手破拆机关，打开生路，警方涌入，将犯罪分子一网打尽。
经此两役，城市似被风雨洗刷，重归平静，可柯南明白，与犯罪组织的博弈，是场无终点马拉松。妃英理在法律战场，为严惩这些恶徒筑牢防线，依据线索与证据，在法庭上慷慨陈词；毛利小五郎借侦探身份，深挖大街小巷情报，不放过一丝可疑；目暮警官强化警力部署，织密安防之网；怪盗基德也悄然传递江湖秘闻，成了暗中助力的眼线。
他们站在明暗不同角落，为守护城市日常点滴——街头巷尾的烟火、校园的书声琅琅、家庭的温馨笑语，凝聚成坚不可摧力量，无惧暗夜漫长，待下一次危机号角吹响，再度并肩，奔赴守护光明战场，续写无畏传奇，直至阴影被彻底碾碎，正义之光遍洒海滨每寸土地。
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