数码宝贝世界中，玄内老人和加布兽他们为了阻止像究极魔兽那样，可自由穿梭于现实世界以及数码宝贝世界的数码宝贝，正在设法关闭光丘的大门。
同时，在现实世界……
数码之王带领被选召的孩子们，除了一个人行动，其他人分几组行动，监视被种下黑暗种子的孩子们。新闻记者：目前，对舆论控制的政府，就前几日发生的怪兽骚动给予了高度重视，在日前举行的新闻发布会上，官方发布了将怪兽当做不明生物处理的消息，紧急时刻可以出动自卫队，为了尽早查明真相，政府方面还准备设立联合调查机构，所以请各方面全面做好准备，应对突发事件
阿和的父亲按下发送键的瞬间，另一端却骤然生变。手机从阿武母亲的手中滑落，啪的一声摔在地上，屏幕瞬间暗去。还没等她反应过来，一道黑影猛然窜出，像猎豹般迅捷，一把抓住了她的手腕。冷风卷过，她甚至来不及呼救，便已被那陌生而有力的手牢牢钳制住，动弹不得。
基利亚兽隐匿在暗处，悄然监视着小京与麻鹰兽的一举一动。当情报传至它的耳中，那双阴沉的眼睛闪过一丝冷酷的光芒，仿佛夜色中潜伏的猎手正等待最佳时机。它缓缓勾起嘴角，心中已开始酝酿下一步计划，如同一张无形的网，即将朝着目标悄然撒开。
伊织家，突然穿山兽肚子饿了起来
伊织爷爷：这是什么声音？
火田伊织不，没什么
伊织爷爷：的确听到是从这里传出的。将手下的食物放了下来，穿山兽忍不住，并吃了起来。说：什么在动
穿山兽伊织，对不起
伊织爷爷：还说话了
穿山兽果冻就在眼前，我忍不住了……
火田伊织没关系，穿山兽。爷爷，一直以来瞒着您，其实……
伊织爷爷：果然是这样啊
火田伊织咦？果然！
伊织爷爷：我就觉得这不是普通的布偶。那个叫什么穿山兽的，是其它数字世界的生物吗？
火田伊织爷爷，你说的，什么数字世界的生物，难道你知道数码宝贝世界的事？
伊织爷爷：原来是叫数码宝贝世界啊！本夹想找个合适的时机告诉你，不，早就应该告诉你。其实你已故的父亲曾经说过什么，想去数码宝贝世界之类的地方
火田伊织我的父亲？
伊织爷爷：是啊！你的父亲，浩树，从小就对电玩中的角色很感兴趣，似乎可以看见别的孩子看不见的东西，他坚信一定存在让这些角色自由自在生活的世界
火田伊织爸爸……
伊织爷爷：和浩树想的一样啊
伊织母亲：伊织，你今天难道也打算出去？
火田伊织妈妈，可是，我……
伊织母亲：咋天和前天也都出门了，发生了那么大的骚动就待在家里吧！伊织
火田伊织妈妈，对不起，但是我今天也……
伊织爷爷：富美子，你担心过头了啦！伊织今天正打算和我一起进行剑道练习呢？好了，伊织，快走吧
亚基利兽虽然你让我监视数码之王和被选召的孩子们，可是仍然感觉很讨厌，不过被移植了黑暗种子的孩子们情况很好，只是为什么要绑架这个女子
及川悠纪夫她可是我手中最后的一张王牌，毕竟，她可是数码之王的母亲啊。
亚基利兽知道了，但是……
及川悠纪夫怎么？
亚基利兽有个孩子想让她的黑暗种子提前发芽，该如何行事？
及川看着被绑起来的奈律子
另一边，范子，内心：一直以来的我都不是真正的我，现在得到了移植来的黑暗种子，一定要让大家见识一下我的真正实力
范子母亲：范子，你在干什么，学习吗？
范子合上书本，并将放在一旁。母亲见状，目光微微一滞，随即转身离开，脚步声在寂静的房间里显得格外清晰。她的背影透着一丝难以言喻的复杂情绪，仿佛有什么话哽在喉间，却终究未曾说出口。
范子：不能被肮脏的大人碰到，因为以后的我将变的越来越完美
火田伊织跑着过来，说：小京，对不起，我来晚了
井上京伊织，没关系，反正放寒假了，有的是时间
火田伊织小京，我们稍微休息一下吧
井上京也是啊！那么我去买饮料
穿山兽肉包子也拜托你了
麻鹰兽明白了，肉包子是吧
却听摔碎的声音，范子生气的说：你放到哪里了啊！我明明放在这里的！
范子母亲：范子，对不起
火田伊织感觉真不好，像在偷听一样
穿山兽怎么感觉黑暗力量越来越强大了
及川悠纪夫怎么办啊！黑暗的种子好像生长的很顺利，就算是数码之王和你们被选召的孩子也无济于事，怎么了，很懊恼？
火田伊织将手中的木剑指向及川，说：把大家恢复原来的样子！
及川悠纪夫为什么，大家可是咱愿接受黑暗种子移植的，我只不过实现了孩子们的愿望而已。怎么，你不想成为大家羡慕的优秀人才吗？
火田伊织一个人是否优秀，不是根据被多少人羡慕，而是根据是否能帮助大家来决定的，就像数码之王一样，阿武不就是这样过来的吗？你说的那些都是错的
及川悠纪夫你那是什么眼神啊！火田……伊织，浩树的……
火田伊织为什么知道爸爸的名字……
麻鹰兽发生什么了？
井上京在我们不在的时候
亚基利兽和木乃伊兽也跟了上来
穿山兽大家小心
木乃伊兽看我把你们收拾掉
及川悠纪夫等等，走开。我说走开！想违抗我的命令？
木乃伊兽可是……
及川在见到火田伊织的那一刻，记忆如同潮水般涌来。他不由得想起了与浩树共同钻研数字世界的那些日子，那段充满激情与探索的时光仿佛就在昨日，每一个代码、每一次突破，都承载着他们对未知的渴望和彼此深厚的友谊。
又过了几年，及川得知浩树为了救人，献出了自己的生命。那一刻，他的世界仿佛停滞了一瞬。浩树的身影在他脑海中浮现，带着那抹熟悉的笑容，温暖而又坚定。曾经的每一次争吵、每一句玩笑，都像潮水般汹涌而来，将他淹没在回忆的浪潮中。浩树救下的不只是陌生人的生命，更是一种无法言喻的责任与大义。然而，在及川心底，这份高尚却伴随着刺骨的寒意——他再也无法听见浩树爽朗的笑声，也无法再与他并肩而行了。
及川悠纪夫不是的，我不是那么脆弱的人！我不脆弱！
晚上，墓碑林区
及川悠纪夫火田，我一直想给你看这个人造生命，可还没来得及给你就去世了，这是我的遗传基因数字化后制造出的，这是我的一部分
又再次回忆，刚刚制造出数码宝贝亚基利兽，木乃伊兽
亚基利兽（蜘蛛女王）是的，我就是你
数码宝贝木乃伊兽我是你真正的形象
少时，及川：我真正的形象……
亚基利兽（蜘蛛女王）很丑陋啊！你
数码宝贝木乃伊兽很丑陋啊！你
少年，及川：我……我很丑陋？
亚基利兽（蜘蛛女王）你不想认同自己的脆弱
数码宝贝木乃伊兽以及自己的丑陋的形象。为什么制造出我们？
亚基利兽（蜘蛛女王）为什么制造出我们？
及川悠纪夫回忆起束，说：骗人！我不是！
木乃伊兽刚才为什么不把那些孩子们干掉呢？明明是个好机会
亚基利兽（蜘蛛女王）都说了我不知道
木乃伊兽对了，虽然是与此无关的问题，黑暗战斗暴龙兽说的话，你还记得吗？黑暗战斗暴龙兽是数码宝贝而及川先生是人类，可他说我们两边都不是哎！
亚基利兽不要想多余的事，这样想下去就没个完了
另一边，阿武急忙忙赶到
高石武怎么样，找到了吗？
巴达兽没有
天龙兽我也没有
高石武到底去了哪里呢？这么晚了还未归家，妈妈……内心不禁泛起阵阵担忧，仿佛夜色里的每一丝风吹草动都在提醒着时间的流逝。那熟悉的身影为何迟迟不出现？每一次街角的声响，都令人心头一紧，期盼着是那熟悉的脚步声终于踏上了归途。
黑暗亚古兽阿武，不要担心，妈妈一定有什么事，所以才没有回来
阿和父亲：阿武……
石田大和阿武
高石武哥哥，爸爸……你们怎么来了
阿和的父亲将奈津子的手机递给阿武，神情中带着一丝不安。他轻声说道：“今天早上我给她发信息，她本来正准备回复我，可突然间好像出了什么事。后来我再打过去，电话就再也没有人接了。”他的语气里透着隐隐的担忧，仿佛那些未接通的电话成了某种无声的预兆，萦绕在空气中，令人无法忽视。
高石武不会吧！那妈妈现在……
石田大和一定是在及川手上，他不是一直在关注你吗
天龙兽阿武，要把事情告诉太一和大辅他们吗？
高石武"不可以，若是让大家知道，那些被种下黑暗种子的孩子们其实更加危险，毕竟其中有一颗黑暗种子即将开花了。我们必须要阻止它绽放才行"。然而，内心却如同压了一块巨石，不安的情绪不断蔓延。
石田大和那就只能走一步看一步了
这时，小贤给阿武发去了一条信息，提及一个携带着即将开花的黑暗种子的孩子的动向。他希望与阿武一同展开行动，联手应对这场可能到来的危机。黑色的文字在屏幕上跳动，仿佛暗示着某种深不可测的力量正悄然苏醒。小贤的语气虽平静，却透出一丝难以掩饰的急迫，而阿武握着手机的手也不由得微微一紧，意识到事态的重要性。
石田大和阿武……只能走一步看一步了，明天我继续跟太一他们跟踪孩子，如果出了什么事情，立马发信息给我们
高石武嗯
这一夜，对阿武而言显得格外漫长而煎熬。一边是杳无音讯、令他牵肠挂肚的母亲，另一边则是被黑暗种子侵蚀、逐渐坠入深渊的孩子们。两种沉甸甸的重量压在他的心头，仿佛每一秒都在撕扯着他早已疲惫不堪的灵魂。
早上，2002年，12月30日
火田伊织我出门了
爷爷：路上小心
火田伊织是
爷爷：怎么了？
火田伊织爸爸……不是坏人吧？
爷爷：你爸爸怎么可能是坏人啊！发生什么了？
火田伊织昨天遇见一个知道爸爸的人
爷爷：认识浩树的人？
火田伊织是叫及川的人
爷爷：及川？这个名字好像听过
阿武和小贤屏息凝神，小心翼翼地尾随着范子，脚步轻得像夜风拂过草尖。他们的心跳随着距离的拉近而逐渐加快，目光紧紧锁定前方那个熟悉的身影。范子停在了墓碑门前，静静地伫立着，仿佛早已预料到他们的到来。他的背影在微凉的空气中显得格外沉静，却又带着一种难以言喻的压迫感，像是在等待一场不可避免的对峙。
范子：数码之王，我们又见面了。你就是一乘寺？你们找我有什么事？
高石武我们跟踪你是我们的错，我们道歉，但是我希望可以听我们说……
范子：听你们说？我为什么要听你们种人说话，你以为你们是谁啊！就是因为你是数码之王吗？所有人都要听你说的话，还有你
一乘寺贤的确是这样，可是我觉的现在比以前被称为天才的时候要好得多
范子冷笑道："你该不会想说，你交到了朋友，数码之王是你最重要的伙伴，父母也为之欣慰这类话吧？真是可笑至极。那个所谓的数码之王，为了你险些与黑暗势力为敌，这种行为简直愚蠢得无可救药。"她的语气里透着浓浓的不屑，仿佛在嘲笑眼前人天真到令人发指的幻想。
一乘寺贤内心：黑暗种子已经深入她心中的缝隙，这个孩子却没有察觉到
范子：再见，别再跟来了。哦！对了，数码之王，听说你在找你的母亲吧！
高石武你这说是什么意思！我妈妈在哪里？
范子：谁知道呢？
一乘寺贤阿武，她说的是什么意思？
火田伊织阿武，一乘寺，怎么了，那个孩子？
突然，范子的脖子疼痛了起来
高石武那个孩子，怎么了？
黑暗亚古兽阿武，我感觉到一股强大的黑暗力量
天龙兽什么东西从头上出来了！阿武
高石武难道是……
虫虫兽不好了，小贤，种子发芽了！
一乘寺贤可是我只能看见她在出发光
火田伊织怎么了，发生什么了？
高石武开花了
一乘寺贤阿武，你能看到吗？
火田伊织及川？
亚基利兽和木乃伊兽将阿武的妈妈也带了过来
高石武一脸担心的说：妈妈……
巴达兽，天龙兽，黑暗亚古兽一脸担心的说：妈妈……
阿武母亲：阿武，巴达兽，天龙兽，黑暗亚古兽……
亚基利兽（蜘蛛女王）黑暗亚古兽，你的生母可是我啊！怎么可以随便喊别人为妈妈呢？
高石武亚基利兽，这件事跟妈妈没关系，快放开她
黑暗亚古兽要是你们伤害妈妈，我绝对不会饶了你们。阿武
高石武嗯
黑暗亚古兽黑暗亚古兽，黑暗究极进化，黑暗战斗暴龙兽
高石武巴达兽，天龙兽，数魂卡片，数魂合体进化
巴达兽巴达兽进化，天使兽
天龙兽天龙兽数魂进化，天使龙兽
天使兽，天使龙兽：数魂合体进化，超级天使龙兽
数码宝贝木乃伊兽蛇型绷带
高石武数魂卡片，究极神星武装，爆裂武装
超级天使龙兽超级天使龙兽，究极神星武装，爆裂武装，终极圣玄王龙剑，终极光束炮
黑暗战斗暴龙兽超级天使龙兽
及川将范子给带走了
火田伊织快点，如果不把那孩子抢回来……
穿山兽穿山兽装甲进化，钢铁般的睿智，钢钻兽
数码宝贝木乃伊兽不准阻扰及川先生！
亚基利兽（蜘蛛女王）捕食蜘蛛
黑暗战斗暴龙兽黑暗恐龙克星
当木乃伊兽将阿武的妈妈作为挡箭牌的一刹那，阿武眼底闪过一抹惊恐，几乎是本能地大喊出声：“住手！”他的声音带着几分颤抖，却充满了决绝。黑暗战斗暴龙兽闻声动作一顿，那双猩红的眼睛微微闪烁，随即停下了攻势，仿佛被某种无形的力量遏制住了行动。
一乘寺贤你，趁现在赶紧逃
范子：为什么我需要逃？
高石武不行，已经被及川控制了
亚基利兽（蜘蛛女王）你们几个都给我安静的待在那里，否则我们不知道会对你的妈妈做些什么
范子：及川大人，拜托了
黑暗战斗暴龙兽阿武
超级天使龙兽花被吸收了
穿山兽必须有人去阻止
超级天使龙兽但是，会伤到妈妈……
火田伊织住手！我无法原谅你的所作所为！不可原谅！
及川悠纪夫一巴掌摔了伊织脸上，说：这全都是孩子们自己的意志
范子：感觉非常好
黑暗战斗暴龙兽花的能量被吸收了，怎么办，阿武
及川悠纪夫他已经没用了，给你。数码之王，不要再给我宣扬什么所谓的正义，信念什么，还是想想如何有效地使用自己的能力不是更好吗？
高石武你说什么
火田伊织曾经是我父亲朋友的你，为什么要利用数码宝贝做坏事！
数码宝贝木乃伊兽说什么？
及川悠纪夫内心：太像了，这双充满正义的眼睛和浩树的太像了。浩树……那个家伙已经不在了
及川激荡起体内那股源自黑暗之花的力量，它如同沉睡已久的暗影巨兽，被唤醒后在血脉中汹涌奔腾。每一次气息的流转，都仿佛将他与深邃的夜色融为一体，那力量不仅侵蚀着他的理智，也点燃了潜藏于灵魂深处的炽热潜能。
高石武小心，刚才那孩子的黑暗之花的力量变成了他身后的影子
穿山兽能力大大增强了
超级天使龙兽我们该怎么办，阿武……
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