这种改革分演唱和伴奏两个方面进行。魏良辅等民间音乐家在原来昆山腔的基础上，汇集南方和北方各种曲调的优长之处，同时借鉴江南民歌小调音乐，整合出一种不同以往的新式曲调，演唱时注意使歌词的音调与曲调相配合，同时延长字的音节，造成舒缓的节奏，给人以特殊的音乐美感，这就是流传后世的昆曲。魏良辅善于演唱，但对乐器并不精通。在改革昆山腔的过程中，他得到了河北人张野塘（生卒年不详）的大力帮助。张野塘协助魏良辅将北方曲调吸收到南方的昆曲中来，同时对原来北方曲调的伴奏乐器三弦进行改造，将它与箫、笛、拍板、琵琶、锣鼓等乐器共同用在昆曲的伴奏之中，使其唱腔变得委婉、细腻、流利悠远，被人称之为“水磨腔”。
昆曲改革的成功给魏良辅带来了巨大的声誉，这种新式的曲调一经问世，立即以不可抗拒的艺术魅力征服了当时的广大听众。一批民间音乐家纷纷向魏良辅学习昆曲的演唱技法，使得这一优美的曲调很快在周围地区传播开来。最早用昆曲形式演出的剧作一般认为是昆山人梁辰鱼（约1521年―约1594年）的《浣纱记》。
昆曲的美，更重要的是它传达的思想感情之深，蕴含的审美趣味之妙。爱情是昆曲永恒的主题，舞台上的生旦最擅长的就是谈情说爱。但这些爱情故事之间，有很多的巧妙不同。
经过魏良辅的改革和梁辰鱼的艺术实践，昆曲的影响越来越大，很快传播到江苏、浙江的广大地区，成为这些地域主要的戏剧形式。
在昆曲初步形成的过程中，民间艺术家起了关键性的作用。昆曲获得较为完整的戏剧形态后，开始向更高的层次发展，这时许多一流的作家、学者参加进来，用精美的诗句和生动曲折的故事撰写了大量剧本。就在梁辰鱼创作《浣纱记》的同一时期，明代戏剧领域还诞生了另外两部影响同样巨大的作品，那就是李开先（1502―1568年）的《宝剑记》和无名氏的《鸣凤记》。它们本来并不是为昆曲演出而创作的，后来改用昆曲演唱并成为昆曲重要的保留剧目。
《浣纱记》《宝剑记》《鸣凤记》等剧作主要围绕政治主题展开，而在此前后的另一些剧作，如徐霖（1462―1538年）的《绣襦记》、高濂（生卒年不详）的《玉簪记》等，则主要围绕爱情主题展开。从此以后，政治和爱情成为昆曲剧作的两大主题，两者有时各自独立，有时又紧密结合在一起。
大约到了明代末期的万历年间，另一位昆曲发展史上伟大剧作家――汤显祖（1550―1616）诞生了。他比英国大戏剧家莎士比亚（1564年―1616年）大15岁，两人在同一年去世。汤显祖的《牡丹亭》大胆地将闺门少女的爱情幻梦搬上舞台，一经演出，立即引起巨大的轰动。当莎士比亚的《仲夏夜之梦》在伊丽莎白时代的伦敦剧场赢得阵阵欢笑的时候，在中国富绅的家庭表演场地或民间的露天剧场里，《牡丹亭》中那个神秘而绮丽的梦境也正弄得人们如醉如痴。《牡丹亭》突破了中国传统伦理道德中情与理的冲突，试图去追寻一种“情之所至”，“生者可以死，死者可以生”的理想爱情观。
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