昆剧除在福州公开演出外,不少官宦人家还自蓄家班。万历二十九年(1601年),进士、曾任江苏嘉定县令的陈一元,平时酷爱昆剧,因与当朝宰相不和,引疾返乡。他在福州衣锦坊蓄有“一部歌童”,经常演出昆剧以自娱,自己也参演“大花”角色,因而有“陈大花”的外号,其居处俗称“陈大花宅”(见清郭柏苍《全闽明诗传》卷三十七《万历朝八》)。另据明何良俊《四友斋丛说》卷十三《史九》记载,闽县(今福州)人林庭昂,任太守时,“公余多暇日,好客喜燕乐,每日有戏子一班,在门上伺候呈应,虽无客亦然。长、吴二县,轮日给工食银五钱,戏子既乐于祗候,百姓亦不告病。
昆剧在福建广泛流传,对福建地方剧种或多或少、或直接或间接发生过某些影响。明末曹学佺创始的儒林戏,其主要的声腔“逗腔”中,就包含有昆山腔的成份。如逗腔的代表性剧目《紫玉钗》,主要曲牌是“十三腔”。过去闽剧艺人多系文盲半文盲,口传心授,以音传音,结果以讹传讹,把“十三腔”念成(甚或写成)“习山腔”。据民国29年(1940年)6月福州出版的《抗敌戏剧》第二卷第十期,著名戏剧理论家董每戡在《唱戏的》一文中说:“闽剧《新茶花》中,‘盗国救国’一折所唱的[自叹]曲,听者仅感其音调悲凉、凄惨,而不知系采自什么调子。这调子实采取昆曲《劫宝投江》的昆曲十三腔。
所谓“十三腔”就是[桐城]、[苏落]、[双叠翠]、[玉娥郎]、[四不象]、[桂枝儿]、[耍孩儿]、[青江引]、[三句半]、[银柳丝]、[古儿天]、[六娘子]等十三种腔调合成(“双叠翠”作为两腔)。此外,在梨园戏传统剧目《郑元和》(又名《李亚仙》)剧中[鹅毛雪]一曲,标明是“昆曲”。流行于福清、平潭等地的词明戏,其中“水调”主要来自昆曲。屏南的四平戏与南平的南词戏也都搬演过昆剧的剧目。
昆曲在民间还以坐唱形式出现。清乾隆三十五年(1770年),建瓯县成立“斋雅林曲社”,学唱昆腔,俗称“唱大曲”。
清光绪十六年(1890年),一位姓海的东山盐场管理员倡立“枕云天昆曲馆”,随后举人马兆麟、马征祥父子均参加活动。民国10年(1921年),建瓯县曹梅亭、彭风人等组织“昆曲场”。同年,东山县昆曲爱好者林彭川在上海经商时,购得一套《六日曲谱》,回东山后,创办“东山国乐研究会”与“昆曲传习所”等组织。随后,东山县又成立“洞天和昆曲馆”,人数达70多人。至抗日战争爆发前夕,东山昆曲达到全盛时期。抗日战争期间,东山昆曲组织随之解散。