没想到回宫后给众人惊喜的是余莺儿，她在得宠时有了身孕，如今已经满五个月了。众人心中都无比羡慕，余莺儿也被复位答应，皇帝赐下“慎”为余答应的封号。华妃多年求孕，最是接受不了，却只能拼命吃酸黄瓜麻痹自己。甄嬛虽然羡慕，但只是安慰自己时候未到。
回宫后甄嬛更加得宠，即使在没有感情的条件下侍寝了，甄嬛还是个完美的替身和优秀的宠妃。皇帝送给甄嬛珍贵的蜀锦玉鞋和表达心意的同心结，甄嬛更加沉溺于帝王的偏宠，坠入了爱河。
余莺儿有孕后，后宫像是打开了什么开关，富察贵人、夏冬春、安陵容以及甄嬛接连有孕。余莺儿生下了八阿哥，富察贵人生下了一模一样的双胞胎九阿哥和十阿哥，夏冬春生下了十一阿哥，安陵容生下了十二阿哥，甄嬛在怀孕时被华妃罚跪，生下了先天不足的十三阿哥。余莺儿难产而死，孩子被皇帝交给了端妃，夏冬春搬到了咸福宫，孩子由敬嫔抚养，富察贵人、安陵容、甄嬛都封嫔可以亲自抚养孩子。
华妃认为是端妃阴险狡诈，在皇上面前卖惨，皇上才会给她一个孩子，但偶尔也会怀疑皇上真的爱自己吗？华妃只能沉迷在翊坤宫日夜燃着的欢宜香的香味中，沉溺在身边奴才的恭维声里。
淳常在方淳意在甄嬛怀孕时也背靠甄嬛得了宠，还搬到了永寿宫和甄嬛同住。沈眉庄不喜欢方淳意，更觉得对方是在故意装天真，但是甄嬛却不这样认为。
沈眉庄不争宠，只能靠甄嬛的庇护过得好些，对甄嬛来说沈眉庄早就成了拖累，但淳儿不仅能给甄嬛提供情绪价值，还能帮甄嬛争宠、对付其他的嫔妃。如今方淳意在甄嬛这里的地位比沈眉庄高多了。
在沈眉庄和方淳意发生矛盾后，甄嬛还给沈眉庄送去了个玉簪子作为赔礼。沈眉庄何其高傲，她以为她和嬛儿之间是真心的姐妹情，没想到现在的甄嬛只是把她当成小跟班。方淳意嘲讽她，甄嬛就送来了玉簪子息事宁人，她沈眉庄缺这一个玉簪子吗？
沈眉庄和甄嬛决裂，日子瞬间变得难过了起来，但是沈眉庄不想去讨好皇帝，而太后向来不和任何后妃亲近。沈眉庄只能放下身份去侍奉皇后，此时的沈眉庄才突然发现虽然进宫无比荣耀，但是她也只是皇帝的妾室而已。不过好在皇后这个正妻贤良大方，愿意庇护自己。
宜修对沈眉庄的投靠倒是乐意接受，倒是让安陵容不满起来，最终宜修只能让沈眉庄不用天天来景仁宫。
没过多久淳常在却意外溺水而亡，甄嬛知道淳儿善水，怀疑是华妃下得手，但是没有证据。
甄嬛怀孕时因为被华妃罚跪差点流产，好在甄嬛的孩子被医术高明的太医保住了，华妃也没有受到严厉的惩罚。甄嬛因此对宽恕华妃的皇帝也生了怨恨，直到被恬嫔（富察贵人）嘲讽才决心重新争宠。恬嫔生了两个皇子，甄嬛只能言语威胁对方，恬嫔却根本不怕，甄嬛也无奈放弃，只能全力对付华妃这个最大的仇人。
甄嬛明白华妃背后的仪仗就是年羹尧，只有扳倒年家，华妃才能真正倒台。
和原本剧情里一样，皇帝在前朝暗示甄远道鄂敏的等人揭露年羹尧的罪行，在后宫中和甄嬛配合，宠幸颂芝来迷惑华妃。
最终敦亲王谋反被圈禁，年羹尧和其他年氏一脉的官员都被清算，丽嫔的父兄都在年羹尧手下做事，如今同样在清算的行列里。丽嫔全家被砍的被砍，流放的流放，承受不住打击去世了，只不过皇帝并不在意，丽嫔只是被草草下葬，没有追封。曹贵人之后揭露了华妃的罪行，华妃被贬为年答应，曹贵人升为襄嫔。
瓜尔佳文鸳作为功臣之女，被封为祺贵人进了宫。祺贵人一入宫就抱了宜修的大腿，还和甄嬛攀关系，好抢夺甄嬛的宠爱。祺贵人和年答应长街相遇，发生了冲突，祺贵人告到皇帝那里，想要皇帝杀了年答应，皇帝却不愿意。甄嬛意识到皇帝对年世兰还有感情，便想要用计除掉年世兰。
只不过甄嬛还需要一个和她一起承担风险的人，于是甄嬛找到沈眉庄，方淳意一死，沈眉庄和对方的冲突也变得微不足道了，甄嬛一番辩白，沈眉庄又和甄嬛和好了。虽然沈眉庄不曾被华妃推下水、陷害假孕，也没有被华妃害得感染时疫，但是甄嬛得宠的这些年，华妃无法折磨甄嬛就会来折腾沈眉庄，也只有和甄嬛决裂后沈眉庄过得才好些，沈眉庄对华妃也是恨之入骨，更怕年答应之后又复位华妃。
甄嬛买通了从前华妃宫里的太监肃喜，让对方到年世兰身边“出谋划策”，年世兰果然决定火烧永寿宫。
永寿宫被烧毁，皇帝心疼不已，永寿宫是东西十二宫之一，不是小小的碎玉轩，甄嬛得宠后皇帝花费大量银钱修缮，里面又有许多皇帝赏赐给甄嬛的珍宝，如今全都没了。
甄嬛身边的小允子很快找出了凶手肃喜，并指出对方是翊坤宫的奴才，但是皇帝却并不接话，而是一脸冷漠地看着甄嬛，甄嬛没由来地心慌。
皇帝皇后，此事就交给你去查。苏培盛，皇后查案辛苦，务必好好协助皇后。
宜修没有隐瞒，将事情原原本本地呈现给了皇帝，苏培盛全程参与，让皇帝想不相信都难。
年世兰虽是被算计，但是想要火烧永寿宫也是真的，年世兰这般胆大妄为，皇帝怕年世兰也会想要杀了自己，毕竟他还害了年世兰的孩子。年世兰不能再活下去了，皇帝想要赐死年世兰，但是却又担心被人指责薄情寡义。
宜修不得不成了皇帝的嘴替，下了赐死年世兰的懿旨。苏培盛亲自去传旨，年世兰不肯赴死，苏培盛也怕皇帝对年世兰还有情意，不想脏了自己的手。
甄嬛是一定要年世兰死的，听闻年世兰不肯赴死，就亲自去了翊坤宫。甄嬛将所有奴才都赶了出去，却不知道她说的话被苏培盛等御前的奴才听的清清楚楚。甄嬛用欢宜香的秘密让年世兰绝望地撞墙而死。
苏培盛知道近期皇帝对甄嬛早就有所不满，故把甄嬛说过的话原封不动地告诉了皇帝。
皇帝最近的确对甄嬛和甄家不满，这是很多事积累起来的。
当初甄嬛参政是皇帝允许的，皇帝也亲口说了甄嬛不算后宫干政，但现在就变成了甄嬛有野心；甄嬛说出了欢宜香的秘密只为逼死华妃，但却让皇帝卑劣的手段和心思暴露于人前，皇帝心里对甄嬛怎么可能不恼怒；甄嬛敢设计年世兰火烧宫室，何尝不是仗着皇帝的宠爱恃宠而骄，无视宫规，胆大包天。
再说甄远道，当初也是为了自己的仕途，听了皇帝的暗示，弹劾年党的人，现在又同情反贼，指责皇帝太过无情小题大做。这不是又当又立得了便宜还卖乖是什么？甄远道就差指着皇帝的鼻子说他是昏君了，皇帝也要忍不下去甄远道了。
今日年世兰死了，皇帝终于想好怎么处置甄嬛和沈眉庄了。
皇帝将甄远道、沈自山（就假设他这段时间在京中）传召入宫，又将甄嬛沈眉庄叫来，直接揭穿了甄嬛的算计，沈眉庄早就心虚地脸色发白，甄嬛想辩解却无话可说。甄远道、沈自山均是一脸惊恐，连忙跪下认错。皇帝让甄家和沈家各出一半银子重新修缮永寿宫。
甄父沈父离宫后，皇帝就以御前失仪的罪名将莞嫔贬为甄贵人，沈常在贬为沈答应，并斥责背后的甄家沈家教女无方，沈甄二人被禁足永寿宫。前朝后宫都对甄家和沈家犯了什么错议论纷纷，知情人士也不敢说出真相。
甄嬛和沈眉庄住在一间永寿宫没有被烧毁的小屋子里，沈眉庄如今才彻底后悔和甄嬛的计划，可是也已经晚了，两个人之间的友谊永远回不去了。
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