自从EVA与鸟天使的那一场战斗后，明日香受到了强大的精神攻击，昏迷不醒，一直卧床。碇真嗣则因无法保护好明日香陷入深深自责。
这天，真嗣像往常一样起床，开始了他今日份的闷闷不乐，但葛城美里确一反常态，不仅把衣服穿了个板正，还亲自下了厨房为真嗣做了饭，还把企鹅盆盆的鱼准备好了。
真嗣抬头看了看美里，挤出个微笑:“美里今天很开心呀！”美里微笑着：“那是自然的！我居然跳级当将官了哟！我要调去第二种子岛工作了！”（注：第二种子岛就是日本在第二次冲击后重建的宇航基地，在使徒出现后为联合国管辖）“是吗？那恭喜你了。”真嗣说道。美里又笑笑，表情专为严肃：“今天，我将对你发动最后的命令：前往松代进行民用型使徒造物的测试。它源自第五使徒的部分核心与部分躯体残片，经修复后改造为民营的电力供应设备，为了防止像JA机体与四号机那样的悲剧，必须有EVA的保护才能实验”
真嗣吃完饭没多久，他就坐进了那个令他痛苦的地方：EVA插入栓。随后EVA被放平，链接了EVA运输机前往松代基地，同去的绫波丽与零号机，以及赤木律子和葛城美里。
飞行了不久，便抵达了松代基地，经过四号机～爆炸事件后日本政府禁止了在当地对EVA进行的所有实验，但NERV为了保证对松代基地遗产的保留全权，宣称是重启基地以研究民用型的EVA相关产品，为了使日本政府支持，就用四号机的技术制造了S2发电系统，实则是测试新的EVA供电模块。
葛城美里一脸不屑：“诶呀，好不容易调到第二种子岛，居然还要回来，真是猜不透上面的人怎么想的，难道要等我被使徒或EVA之类的生吞活剥了才有意思？！”赤木律子却认真看着S2发电设施，观察着它。～
实验开始，屏幕上的电压慢慢提升，很快便达到了目标电压。实验监视席的人欢呼雀跃，但是律子凝重地看着发电设施：“明明植入了碇司令指定的病毒，怎么还在正常工作？”赤木律子冒出了冷汗，“明明是由MAGI计算机编写的病毒，居然被破解了！”她立即将情况偷偷报告给了碇司令，并把发电设施接驳至MAGI开始破解系统，但依旧不成，只能等待下一步作战指令。
第二天，律子来到了司令部，碇源堂双手托腮，若有所思：看来，联合国似乎对于NERV有所忌惮，好像想绕过我们，来反攻使徒，上次的JA无人机甲事件后，联合国开始了防备
一番思索后，碇源堂下达了命令：“以增强NERV实力为理由，重启NERV中国支部的EVA项目，通过增加EVA数量，加强我们的实力！现在立刻和联合国沟通”
几名工作人员随即拿起电话，准备起相关事宜
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