在失落之地的光芒消散后，小智一行继续向东前行。甲贺忍蛙在队伍前方开道，水之手里剑轻轻拨开挡路的藤蔓；皮卡丘则蹲在小智肩头，尾巴尖的闪电纹随着步伐轻轻颤动。经过三天跋涉，他们进入了一片被晨雾笼罩的森林。
"这雾气......"甲贺忍蛙突然停下脚步，水之手里剑泛起蓝光，"含有时空能量的波动。"话音未落，雾气中浮现出半透明的幽灵宝可梦，它们的身体如同流动的水墨，眼睛闪烁着银色光芒。
"是彷徨夜灵！"小智翻开图鉴，"它们是时空的引路人，只有心怀纯粹之人才能看到它们。"随着他的话音，幽灵们化作银色光点，在前方勾勒出一条发光的小径。
沿着小径前行，森林的植被逐渐变得扭曲。树木的年轮里嵌着钟表齿轮，飘落的枫叶竟悬浮在空中逆向旋转。当他们踏入一片空地时，眼前矗立着一座由水晶与齿轮构成的古老钟楼，钟摆正逆时针摆动。
"这是时间之森的核心。"甲贺忍蛙皱眉道，"但时间法则在这里被扭曲了。"突然，钟楼顶部的水晶球爆发出刺目光芒，无数记忆碎片在空中交织成巨大的旋涡。
"小心！"皮卡丘的十万伏特精准击中偷袭的青铜钟。这只古老宝可梦发出悠长的鸣声，震得空气都在颤抖。甲贺忍蛙的水遁旋涡与青铜钟的超音波在空中碰撞，爆发出七彩光晕。
"它们在守护时间之核！"小智突然意识到，"黑暗组织一定在这里做了手脚。"他取出净化水晶，水晶与钟楼顶部的能量源产生共鸣，在地面投射出复杂的符文阵。
"甲贺忍蛙，用水遁填充符文！皮卡丘，十万伏特激活！"在伙伴们的配合下，净化水晶的光芒沿着符文阵扩散，逐渐稳定了扭曲的时空。青铜钟的鸣声变得柔和，幽灵宝可梦们纷纷鞠躬致敬。
"谢谢你们，外来者。"一只苍老的彷徨夜灵开口，"黑暗组织试图篡改历史，我们必须修复时间之核。"它引领小智来到钟楼底部，露出布满裂痕的时间核心。
"需要三种时空能量才能修复。"彷徨夜灵解释道，"过去之水、现在之火、未来之风。"甲贺忍蛙立刻会意，用水之手里剑凝聚出纯净的水球；皮卡丘则用十万伏特淬炼出跳动的火核；小智取出净化水晶，将未来的希望注入其中。
当三种能量注入时间核心的瞬间，整个森林开始回溯。小智看到了幼年自己在真新镇的模样，看到了与皮卡丘初遇的雨天，看到了卡洛斯地区与甲贺忍蛙的羁绊进化。最后，画面定格在一个从未见过的场景——小智成为冠军，站在颁奖台上向观众致意。
"这是可能的未来。"彷徨夜灵说，"但黑暗组织正在试图抹去它。"就在此时，地面突然裂开，机械蜈蚣宝可梦破土而出，它们的外壳上刻着黑暗组织的标志。
"终于找到你们了！"首领的全息投影出现在空中，"我要夺取时间之核，让所有时空的小智都成为失败者！"机械军团释放出电磁脉冲，皮卡丘的十万伏特被完全吸收。
"甲贺忍蛙，羁绊进化！"小智大喊。甲贺忍蛙周身泛起蓝光，水之手里剑进化为究极手里剑。他将水遁龙卷与皮卡丘的伏特攻击融合，形成一道旋转的雷光龙卷，将机械蜈蚣逐个击碎。
"你们以为这样就能阻止我？"首领冷笑，"尝尝时间悖论的滋味吧！"他启动时空控制器，森林中浮现出无数黑暗小智的身影，每个都带着不同时空的宝可梦。
"皮卡丘，十万伏特MAX！甲贺忍蛙，水遁·大瀑布！"小智与伙伴心意相通，两股力量在净化水晶的引导下融合成彩虹光束。当光束击中时间核心时，所有黑暗镜像同时碎裂，时空控制器也被彻底摧毁。
修复后的时间之核发出柔和的光芒，森林恢复了正常。青铜钟的指针开始顺时针转动，幽灵宝可梦们重新回到雾中。
"你们改变了未来。"彷徨夜灵说，"现在，带着时间之核的祝福继续旅程吧。"它赠予小智一枚时空徽章，徽章中央的钟摆永远逆时针摆动。
离开时间之森时，小智回头望去，看到了幼年自己正站在森林入口犹豫不前。他轻轻挥了挥手，幼年小智也笑着回应。那一刻，他终于明白：羁绊不仅连接现在，更跨越时空。
"接下来去哪儿？"皮卡丘用尾巴拍了拍他的脸颊。小智看懂了皮卡丘的意思，小智望向东方，那里的天空正泛起鱼肚白。
"去下一个有故事的地方。"他笑着说，"毕竟，冒险永远不会结束。"
甲贺忍蛙在前方开路，水之手里剑划出优美的弧线；皮卡丘的电囊在晨雾中明明灭灭。他们的身影逐渐消失在森林小径，而时间之核的光芒，永远守护着这片充满记忆的时空之森。
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