黑暗之主贼心不死，藏身电子世界，一心找出忍者们的下落，企图卷土重来。他驱使被控制的皮克沙，去抽取珍贵的黄金能量，想要摆脱电子牢笼，再次称霸世界。然而黄金能量太弱，他只能继续困在电子世界，谋划更阴险的阴谋，还打起了吴大师的主意，窥探他的记忆。他阴森地笑道
“过了这么久，你也该出场了，一想到忍者们看到你的样子，真是想笑。去吧，我的努力将智能武器带回来”
阴影里随机走出来一个人“遵命，主人”
另一边忍者们得知黑暗之主的阴谋后，心急如焚，来到加满都大师的道场求助。加满都因过去被黑暗力量侵蚀犯下恶行，心中愧疚。劳埃德将他救出后，他发誓不再争斗，想用余生弥补过错。赞理解大师，对大家说：“大师经历太多，咱别让他涉险。把武器放外面，我留下看守。”众人同意，把武器放在院子，各自进了道场。
夜晚，月光洒在院子。赞守着武器，警惕地观察四周。突然，一道黑影闪过，智能武器瞬间消失。赞反应迅速，立刻四处张望，凭借敏锐观察力，锁定黑影逃窜方向，几个跳跃追了上去。追上一看，偷武器的竟是皮克沙。皮克沙被发现后，疯狂挣扎，大喊：“别管我！我身不由己！”赞眼神一凛，冲上前抓住他脚踝，用力一甩，将他扔出去，然后迅速把他绑住。
动静引来了其他忍者。凯冲出来，看到皮克沙，愤怒地吼道：“果然是你搞鬼！看我不好好收拾你！”说着就要冲上去。赞赶忙拦住：“凯，冷静点！皮克沙被黑暗之主控制了，他也是没办法。而且他了解黑暗之主，说不定能帮我们找到破解的办法。”凯虽然生气，但还是听了赞的话，退到一旁，嘴里还嘟囔着：“这家伙，等解决了黑暗之主，再找你算账！”
赞拿起智能武器，修复皮克沙的系统。过了一会儿，皮克沙清醒过来，带着恐惧和迷茫，把吴大师记忆被窥探、黑暗之主需要黄金能量恢复身体的事告诉大家，还说四把智能武器合为一体，能重启系统，清除电子黑暗之主病毒。
众人还没消化完这些信息，大批机器忍者就涌了过来，将他们团团包围。劳埃德大喊：“准备战斗！”忍者们立刻摆好架势。凯双手燃起火焰，冲向机器忍者：“尝尝我的厉害！”杰也释放电流，喊道：“让你们见识我的雷电之力！”
可战斗一开始，忍者们就陷入困境。对面的机器人之中冲出来了一个和花长得一模一样的机器人，他对人怎么说道
“朋友们，不要伤害这些机器人，交出你们的智能武器，归顺黑暗之主吧，只有黑暗才能让我们走向永恒”随即伸出右手“看呐，这黑暗的力量多么强大，它在我的指尖涌动”
看着突然出现的华忍者们都是一愣，眼神也变得迟疑
凯看着华，兴奋道“真的是你吗？华，你回来了？”
“华，你在胡说什么？快点离开那些机器人，让我的闪电把他们炸上天”
“真的是你吗？华，我们都以为失去你了”
“不对那不是华，华从来不会说这些话，他也绝对不会归顺于黑暗，你这个冒牌货”
“劳埃德说得对，话已经离开我们了，我们要接受这个事实，对面站着的华极有可能是黑暗之主制作的仿制品”
“哎呀呀，真是聪明呢，不愧是机器人者，不过来的你竟然也能认出来，真是让人意外。不过你们既然不愿意归顺于黑暗之主，那就去陪他吧”
四纸黑暗力量涌动，向着几人攻来
几位忍者也纷纷防守
华的牺牲是他们心中难以愈合的伤口。凯脑海中不断浮现华挡下致命一击的画面，火焰攻势变得迟缓；杰想起华的笑声，电流威力大不如前；寇回忆起和华一起执行任务的场景，动作也慢了下来；妮雅一想到华，泪水在眼眶里打转，防守出现漏洞。
机器忍者数量多、行动敏捷且配合默契，不断攻击。赞被好几台机器忍者压在身下，动弹不得。劳埃德心急如焚，他知道不能轻易用黄金能量，否则会让黑暗之主恢复更快。
无奈之下，他施展幻影旋转，击退机器忍者，救下被困住的赞。
寇喊道：“这样下去不行，先撤！”众人商量后，决定声东击西，成功躲开机器忍者的追击。之后，美纱子担心寺院里孩子们的安危，先行回去保护他们。加满都和劳埃德前往妮雅的秘密藏身地，妮雅、寇、赞等人则乔装成马戏团人员，乘坐表演车进入幻影之城。
在幻影之城，赞在皮克沙的帮助下恢复身体。妮雅和寇在房间休息，妮雅问：“咱那些学生怎么样了？”寇一愣：“学生？哦，你说学校的孩子们啊，达拉斯在照看他们呢。”妮雅看着寇说：“寇，你总是为别人着想，有时候都没人注意到你的付出。”寇挠挠头：“嗨，大家都是一起战斗的伙伴，说这些干啥。不过你可别告诉杰，不然他又该吃醋了。”
很快，他们到达供电源位置。这里守卫森严，机器忍者在周围巡逻。妮雅等人趁守卫不注意，偷偷溜进去。就在寻找开关时，机器忍者发现了他们。皮克沙大喊：“我挡住他们，你们快找开关！”但他很快就被打倒在地。
赞看到皮克沙遇险，冲过去救援：“你们这些没感情的家伙，放开他！”机器忍者转而攻击赞，赞左躲右闪，还是被击中好几下。这时，凯在里面喊道：“妮雅，快打开大门！我找到关停电源的方法了！”
妮雅迅速打开大门，机器忍者涌进来。忍者们躲避攻击，防护罩逐渐破碎。最后，一台机器忍者踢向供电源，供电源被破坏，所有相连的机器都陷入沉睡。
危机暂时解除，寇担心地问：“现在回去安全吗？”妮雅皱着眉思考：“电源关了，但要彻底解决黑暗之主，还得重启系统，战斗还没结束。”劳埃德站出来，坚定地说：“华虽然不在了，但他的精神与我们同在。为了守护世界，为了华，我们一定要继续战斗！”众人纷纷点头，眼神中充满决心。
回想起吴大师被抓走的情景，忍者们满心自责。当时，黑暗之主派精锐机器忍者部队，趁夜潜入吴大师居所。吴大师奋力抵抗，大喊：“你们这些邪恶的家伙，休想得逞！”
“乖乖和我们走吧，叔公”
“是你？不，你不是他”
“看来伪装又失败了呢，不过没有关系”房间里慢慢用出黑暗的锁链将吴大师缠住。尽管吴大师尽力反抗，但寡不敌众，最终被抓走。
忍者们得知消息后，凯愤怒地捶墙：“都怪我们，要是早点发现就好了！”杰低着头：“我们一定要救回吴大师，消灭黑暗之主！还有让那个冒牌货知道骗人的代价”
“逝者已逝，华绝不能在死后受其其侮辱”
“劳埃德说得对，下次见到他，我一定要用火焰将它融成铁水”
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