荧幕上缓缓出现了几个字，观影观看:《漆黑的追踪者》。
江户川柯南(黑？会是组织吗？)
【影片开头，在一个平常的夜晚，柯南正在准备明天和朋友去玩的东西，发现没带手电筒，就准备下楼去找...在抽屉里找到了手电筒。突然，一阵敲门声传来，柯南以为是小兰，就跑到门口查看，刚打开门，柯南就被一双手捂住了口鼻，看清人后，柯南瞳孔一缩，面露恐惧。
琴酒的脸呈现在了眼前，他阴狠的笑道:“好久不见啊，工藤新一，不，现在应该叫你江户川柯南才对。”
柯南非常疑惑，“为什么琴酒会知道自己变小了？”
这时，小兰的声音从门外传来，琴酒威胁说要杀了小兰，柯南拼命挣扎着。伏特加举起枪对准门口，正当小兰要推门进来时，柯南猛地从床上坐起，才发现原来是在做梦。
(接下来就是熟悉的开场白)“我是高中生侦探工藤新一，在一次和青梅竹马的同学毛利兰一起到游乐园游玩的时候无意间目睹了黑衣组织在进行可疑的交易。当时我只顾着偷看交易没有注意到从背后接近的另一名同伙，我被那个男人强灌了毒药。当我醒来时身体竟然缩小。在小兰发现我是情急之下我化名为江户川柯南，并住进了从事侦探工作的小兰父亲家中。
黑衣组织是一个以酒为代号的的组织，目前所知的有，琴酒、伏特加、贝尔摩德，基安蒂和科伦。以及雪莉，原名宫野志保，她原本是黑衣组织的一员，后来因姐姐宫野明美被组织所杀反抗组织而被囚禁，为了自杀而吞下了和我一样的药后身体也缩小了。后来化名为灰原哀，和我一起进入帝丹小学生活...身体虽然变小，但头脑依旧灵活，无所不知的名侦探，真相永远只有一个。】
毛利兰看来最开始组织带给了你不小的阴影啊新一，(想到什么，有些着急的问)难道现在也还是会做噩梦吗？
江户川柯南(摇头)现在已经没事了
毛利兰(松了口气)那就好
铃木园子喂工藤，以后你如果有需要，除了小兰他们，别忘了还有我哦，阿真可是很厉害的。
京极真(听着园子的话，脸红道)对，我也可以帮忙的。
江户川柯南(有些感动)嗯，我知道了。
水城奈(小声说)看来，是跟他们有关的事呢，不然不会讲这么详细。
玉置莲(耸耸肩，无奈道)谁知道呢，我现在有些担心我们三个呢。
水城奈说的也是，(叹气)可我总觉得我快暴露了啊。
斯尔(无情吐槽)那也是你自己，心里活动太丰富了。
水城奈切，你也别得意，我们谁先暴露还不一定呢。
【翌日，阿笠博士和水城奈带着少年侦探团来到森林。
“小奈小姐，真是谢谢你愿意和我一起带孩子们出来玩，不过这不会耽误你工作吧”，阿笠博士对水城奈说。
“哈哈，不会啦，就莲的那家花店，平常才不会有什么人呢，有他们两个在就够了”，水城奈笑着说。
柯南在树上捉到一只锹形虫，元太也兴奋地说想要爬树，灰原开玩笑说，“能爬到那么高的地方的，大概只有江户川跟猴子而已。”
“真抱歉哦，我是猴子”，柯南半月眼，柯南拿出从博士家拿的改良版伸缩背带，说元太可以用这个上树。元太将降下来的伸缩背带系在身上，不过由于柯南没有及时按停，元太的头被直接撞在了树上。】
玉置莲(一脸无语的笑道)你还记得我是你的老板吗，再说，我的花店明明很受年轻风雅的人士欢迎好嘛。
水城奈(敷衍的摆了摆手)是是是，老板威武。
斯尔(不屑)切。
玉置莲(无语)你们干嘛这样啊。
【元太让柯南小心一点便又恢复活力，他惊喜地发现了一直深山锹形虫。
水城奈无奈笑了笑。步美和光彦在下面表示你开心就好，眼前飞过一只独角仙，激动的跑过去。
独角仙停在了一棵树上，光彦和步美两人仔细一看发现树上居然还有一只独角仙，但其中一只上面却被贴了胶条。
“真是过分呢”，水城奈走过来看了看，并将胶条撕了下来。
阿笠博士看到胶条说这可能是便当上的，因为自己昨天点的炸鸡便当外卖上也有。
灰原发现博士偷偷点外卖，阿笠博士尴尬地笑了笑。
不过这也不是什么值得注意的事，还孩子们给两只独角仙取名叫牛郎织女，因为临近七夕。元太这时喊到自己还在树上，惹得大家哈哈大笑。
画面一转，一名男子正在驾驶汽车，突然发现刹车失灵，车速越来越快，滑下护栏，说了一句“七夕”，就没了气息，身边只有一枚意义不明的麻将牌。
......
毛利小五郎带着小兰和柯南来到警视厅参加搜查会议，趁着小兰帮毛利小五郎整理着装，柯南将一枚小型窃听器放进毛利小五郎的口袋中。】
高木涉(想起来了)哦，原来是那件事啊，当时还像还跟松本警事长有关呢。
佐藤美和子是啊。
过了一会儿，看见柯南放窃听器的一幕。不少警察纷纷看向柯南，神情不可谓不严肃。
江户川柯南(冷汗直冒，起身说道)对不起，我下次不会了。
佐藤美和子柯南，你这可属于犯罪行为了哦，即使你是工藤新一，也不能窃听搜查会议。
江户川柯南是，抱歉(诚恳)。
安室透((想到什么，笑了笑)你下次估计也还是会这么做吧。)
冲矢昴(笑了笑，没有说话)
【在搜查会议中，白鸟警官说道，“在东京、神奈川、长野等地方，发生多起相似的案件，相同点是尸体旁都有一枚麻将牌，因此，让各区警官来此，并请到毛利作为特别顾问。
当会议暂时休息时，从洗手间回来的山村操哼着歌，柯南听后瞳孔一缩，忙问他这首歌是在哪听得，山村操告诉他是在洗手间门口听见的。
柯南慌称自己要去洗手间跑下楼，目暮警官还奇怪洗手间旁边明明就有。柯南跑到窗边，利用眼镜看到了熟悉的宝时捷356A，柯南这时也知道了警视厅混进了组织卧底，并想不通原因。
到了晚上，柯南来找博士商量，却不小心被灰原听到，灰原本想这会不会是误会，但柯南却说他看到了琴酒的车，叫灰原吓了一跳，不过也很快平复好了心情。灰原并不是很赞同柯南调查，但也知道他不会听，只是嘱咐柯南小心，不要被发现了工藤新一的身份。
第二天，阿笠博士开车带着柯南去到案发现场。另一边，白鸟警官说明了访查结果，结果是六名被害人都不打麻将，说明毛利小五郎先前的推断是错误的。
案件调查一时有些一筹莫展，这时目暮警官说了句，“要是工藤在就好了”。
“那个高中生侦探工藤新一吗”，松本管理官问道。
目暮警官说是，并对工藤新一近期没有出现表示疑惑。高木则直言不讳地夸着工藤新一，在话快过时被目暮警官及时拦住了。
对于松本管理官的疑惑，目暮警官也只说是由于工藤新一本人希望能够不过多透露他行踪的要求。
这时，大和敢助警官接到一通电话，说嫌疑犯深濑现身在了一家商场。目暮警官让佐藤等人立刻出发，大和敢助警官和山村警官也跟了上去。】
毛利兰(想到了什么)哎，新一，我记得当时的松本警官是假的吧。
江户川柯南啊，对啊，应该是开完第一场搜查会议后被调包了。(想到爱尔兰，其实心里还是有点失落)
灰原哀(看出柯南的心情变化，开玩笑道)喂，希望你和博士下次偷偷商量能够不被我听到了哦。
江户川柯南(半月眼)喂喂。
【柯南正在思考案件，恰好看到警视厅的车正朝米花商场驶去，意识到有事发生便想跟上去。
这时，突然有辆车飞快驶来，眼看就要撞到柯南。“小心”，柯南被及时拉开。
柯南定神一看，“小奈姐姐，你怎么在这里啊”？
“我想去米花商场买些东西，不说这个，你走路的时候一定要注意车，不要低头走路哦”，说着，摸了摸柯南的头。
“知道了，不过小奈姐姐，我刚刚看到有警车去米花商场那边，我感觉先不去那里比较好哦”，柯南说道。
“是吗，那我就只有先回去了，那柯南你也注意安全，早点回家哦，再见”，水城奈站起身说到。
“小奈姐姐再见”，柯南说完就转身走了。
“米花商场吗”，水城奈看着柯南的背影，若有所思。】
毛利兰新...一(有些无奈)
江户川柯南抱歉抱歉，我下次会注意的。
铃木园子工藤还是这样，有了案子什么就都不重要了，要不是小奈小姐你就变成抛物线了哎，(话锋一转)工藤太太管管你老公啊(推了推小兰)
毛利兰(脸红)园子！你在说什么啊。
铃木园子害羞啦，不要不好意思嘛，大家都知道啊。
世良真纯对啊，大家都知道哦～(故意拖长声音)
江户川柯南(脸红)你们两个好了啦。
几人欢笑着...(真的很有高中生的朝气)
水城奈(看着他们嬉闹，笑了笑)
【等目暮警官等人赶到商场时，找到监视深濑女朋友吉井理沙的上原由衣，确认目标后分散开来。柯南也跑到楼上等待。
过了一会儿，嫌疑人出现，同时上电梯的还有几个小孩，这让警察在抓人时有些犹豫。
等嫌疑人单独出现后，警察开始对其展开抓捕，但由于山村操的大条，走路时太激动摔了一跤，把警察手册摔到了嫌疑人面前。
众人无奈对嫌疑人展开包围，正巧一名女性下楼，被嫌疑人挟持为人质，千钧一发之际，柯南一颗足球踢晕了犯人。吉井理沙捡起掉在地上的刀，情绪激动，上原由衣上前想试图让对方冷静下来，但却毫无效果，吉井理沙突然向上原由衣举刀刺去，危急关头，是目暮警官挡在上原由衣面前，值得庆幸目暮警官并未伤及要害。
将吉井理沙带走后，高木想起那名被绑架的女性人质，却没有发现人影，这也让佐藤警官产生怀疑。
地下停车场，刚刚的人质正准备上车离开，柯南出声拦下了她。
“就这么走真的好吗，贝尔摩德”。贝尔摩德将面具摘下，两人推测出深濑不是犯人，因为右肩受伤的人是举不起刀杀人的。
柯南将自己猜想的组织的计划说出，并问道，“为什么组织要追查这起杀人案件？”
“你问得还真直接”，贝尔摩德有些无奈和好笑，不过还是将原因说了出来。
这些被害者中有组织成员，为了自保，这名人员随身携带了存有组织卧底名册的记忆卡，本来近期就要被组织灭口，却被人捷足先登，连带着那张记忆卡也被拿走了。柯南突然意识到，警视厅的搜查队伍里还有一名组织同伙。
“他是谁？”柯南有些激动的问。
贝尔摩德只是吐了一口烟，并没有正面回答，只告诉柯南，“他的代号是爱尔兰。”
贝尔摩德说完，直接招呼在停车场巡逻的警卫员来带走柯南，自己则趁他们不注意离开了。
众人离开后，一根柱子旁突然听见打火机的声音，下一秒，柱子后出现了水城奈的脸，水城奈吐了口烟，低头在手机上按了几下，嘴唇勾起了一抹邪恶的笑，“工藤新一，谢了。”】
佐藤美和子看来那次真的是要谢谢柯南呢。(笑)
江户川柯南(不好意思)没有，我只是帮了一点小忙啦。
毛利兰(笑)看来你这柯南的说话习惯一时还改不了呢。
工藤有希子不过，小新这样也很可爱呢，真想抱抱你，揉一揉你可爱的小脸。
江户川柯南喂，老妈——够了啦。
铃木园子不过，那个大明星为什么什么都告诉你啊？
灰原哀对啊，你和组织成员关系都感到这种地步了吗。
江户川柯南我也...不是太清楚(摸了摸头)
琴酒(眼神一寒)贝尔摩德，你也是老鼠。
贝尔摩德(眼神阴森地对上对方)琴酒，没有证据可不能随便冤枉一个衷心于组织的人啊。
琴酒(......)最好别让我抓到你的把柄。
江户川柯南(看到最后，瞳孔一缩)什么，小奈姐姐为什么会在那里，她知道我的身份，为什么
灰原哀(一惊)难道她是...！
水城奈(嗤笑了一声，眼神阴冷的站起身)怎么了柯南，你想要知道什么，或许我能给你解答哦
江户川柯南(被水城奈释放出来的气息吓得往后缩了缩，强行冷静下来后说道)不，我想关于这点，影片后面或许会解答，您说对吗？
水城奈(恢复成往常的模样，笑道)对耶，我忘了。
但即使她恢复了笑容，也让周围的部分人有一些害怕，刚刚的气压好恐怖。
安室透(......)
冲矢昴(睁开了一只眼睛)
贝尔摩德(警惕)......
乌丸莲耶(嘴角依旧擎着一抹淡笑，没有言语)
【目暮警官正在医院处理伤口，突然接到松本管理官电话，“有位叫新堂堇的画家称自己知道凶手是谁，请你立刻派人前去查看。”
佐藤和高木驱车前往，在经过一架立交桥下时，突然有两架狙击枪对准了他们，基安蒂和科恩开枪打爆了他们的车胎。佐藤警官心中的疑惑更甚，她觉得好像背后有什么人在阻止他们调查。
这时，另一个方向，一辆白色的车内，有两人将一切收入眼底。】
佐藤美和子原来当时是他们啊。
高木涉(心有余悸)还好，当时他们只是射轮胎。
世良真纯诶，当时莲先生和斯尔先生也在？
苏勒(听到一个熟悉的名字，惊讶的抬头)斯尔？
江户川柯南(想了想，看向玉置和斯尔)两位哥哥，我可以问你们个问题吗？
玉置莲(笑了笑，神秘的说)小弟弟，你放心，我们的目的一样的哦(眨眼)
江户川柯南(什么？)是指什么呢？
斯尔这个嘛，就是秘密了(拦住玉置莲)
苏勒((看到了那两人的脸)奇怪，长相不一样，难道是重名？)
水城奈((用眼神示意道)你们两个这样一点都不好玩了)
斯尔((翻了个白眼)幼稚)
玉置莲((笑)我没有吓人的爱好)
【傍晚，阿笠博士和灰原来接柯南，路上柯南问灰原知不知道爱尔兰的事。 灰原并不知情，灰原知道柯南想做什么，也明白组织的作风，“如果爱尔兰真的已经扮成某个警官的话，应该早就对在会议结束之后发现贝尔摩德而追出去的你起疑心了吧。”
柯南也明白，但他不想放过这么好的机会，“可是……” “你还不懂吗，你如果对这起案子涉入越深，就越是证明你就是工藤新一”，灰原有些激动。
“小哀。”阿笠博士有些担心灰原。 柯南想了想道，“灰原，你的担心我能理解，但是，我不能对这起案件坐视不管，因为这还关系到遭到爱尔兰假扮的警官性命。”
“总之爱尔兰肯定已经混入了参与那场会议的办案警官之中了，所以，除了要想办法揪出那人外，也要比组织更早抓到凶手，然后从凶手那里拿到记忆卡，因为那张记忆卡，或许就是摧毁组织的关键。”
深夜，爱尔兰来到帝丹高中的仓库，找到之前工藤新一使用过的骑士头盔，然后又在帝丹小学拿走了柯南在教室做的手工作品。虽然他觉得物品好像有被动过，但认为是老师没多想。
在爱尔兰走后，又有一个人影从黑暗中走出，是水城奈，“嗯，他拿走了那些东西...啊，做了对比应该就能知道工藤新一和江户川柯南是一个人，这是个好机会啊”，话到这里就停止不再言语，只是势在必得的笑了笑。
指纹比对的结果如爱尔兰所料，江户川柯南和工藤新一是同一个人。 这时琴酒打来电话，他问琴酒知不知道工藤新一，琴酒却没有印象...挂断电话后，爱尔兰看着结果，心里迫切的想看琴酒的笑话。
另一边，笑小兰洗碗时不小心打碎了柯南的碗，感觉似乎有什么不好的事情要发生。】
江户川柯南(想到后面的事)看来还是大意了啊。
松本管理官(看向柯南感谢道)真是谢谢工藤侦探了啊，在危机时刻想着救我。
江户川柯南这是应该的，松本管理官。
江户川柯南(想到什么)小奈姐姐，你们不会也想要那张记忆卡吧，为什么？
水城奈(神秘一笑)小侦探，猜猜看。
江户川柯南((半月眼)拜托，这个小姐有没有问题啊)
贝尔摩德((笑)不过，还真是多亏匹斯克的死令爱尔兰和琴酒交恶，才暂时瞒住了boy的身份)
水无怜奈(这个女人，到底是那一方的呢)
基安蒂喂我说你，装什么鬼啊。(基安蒂不想跟她弯弯绕绕)
水城奈(不再说话)
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