【小兰一行人刚进入游戏就到了开膛手杰克杀人现场。
在这个虚拟世界，柯南发现他的道具全部失效了。
众人在桥上商量接下来该如何做，阿笠博士联系到柯南告诉他游戏通关的方法，还没说完，通讯就被截断，桥也开始断裂。
菊川来不及跑开，不慎跌下断桥，柯南等人及时将他拉了上来。
这时，诸星将话题引向了大本钟，分针从50倒退至48，柯南意识到这是参与游戏的人数，这意味着有两个人已经出局。
“奇怪，这个小孩怎么...”，已经恢复真容的水城奈有些怀疑的看着诸星。
这时，诸星突然意有所感，朝着水城奈的方向笑了笑，嘴唇一张一合的说着什么。
水城奈眼睛猛然一缩，她看懂了诸星的唇语，低头无声的笑了笑，“这样啊，看来我是白担心了。”
柯南想这是一个真实与小说交织的世界，决定去找福尔摩斯帮忙。
一个流浪汉突然出现，嘴里还说着一些莫名的话。】
目暮十三看来虚拟世界有很多限制条件啊
圆谷光彦(看着水城奈的心里活动，疑惑道)诸星有什么不对吗
江户川柯南那个诸星是弘树假扮的，不过小奈姐姐果然是...
水城奈(笑着张了张嘴，说了什么)
江户川柯南(...明白了)
佐藤美和子(敏锐地察觉到什么)难道那名女子从一开始就知道诸星是弘树假扮的？
水城奈(好敏锐的观察力)
【确认柯南那边暂时平安后，工藤优作也开始在案发现场寻找线索。 柯南等人没有见到福尔摩斯，但被房东太太认成是贝克街游击队，得以进到公寓里查看案件资料。 诸星接到从柜子上掉落的足球，不感兴趣的丢开，柯南看到这一幕，心里有些疑惑。 水城奈看着诸星，心里无奈道，“虽然是无所不能的人工智能，却像个小孩子啊。” 元太在抽屉里发现一把手枪，想要带走，被柯南厉声阻止，“用不惯的武器是派不上用场的，只会带来纷争。” 诸星却在几人走后，将那把枪偷偷带了出来。】
毛利小五郎不称手的武器拿在手里，只会增添负担而已(毛利小五郎正色道，看向那些孩子)你们以后一定要学会三思而后行
少年侦探团三人是！
【参赛者还剩下30人，几人感觉到了事态紧急，必须尽快赢得游戏。
几人来到扑克牌俱乐部，寻找莫里亚蒂教授的心腹蒙朗上校。
柯南发现蒙朗上校出千，诸星抢先一步大声说出了柯南的推理，惹怒了对方，诸星拿出从福尔摩斯那里拿出的枪向蒙朗上校射去，但因为承受不住手枪的后坐力，并没有射中蒙朗上校。
菊川为了保护柯南出局，场外，菊川的父亲看着孩子坐的‘茧’沉了下去，心中焦急万分。
游戏内，步美，光彦，元太依次出局。
危机时刻，水城奈喊到，“喂，你们如果不停下来，这瓶酒可就要被摔得粉碎了。”
看见水城奈手中的酒，对方停下了攻击。
双方僵持之际，一位老人推门而入，带着柯南几人去见莫里亚蒂。
见到外面马车上的老人，柯南却嗤笑一声，指出真正的莫里亚蒂教授正是刚刚引路的人。
听完柯南的推理，真正的莫里亚蒂笑道：“好像是在看一个迷你福尔摩斯。”
听到福尔摩斯的宿敌这样称赞他，柯南心里十分开心。
莫里亚蒂言明开膛手杰克已经失控，表示自己可以帮柯南试着阻止他，他会给杰克下达命令，但怎样找到他，只能靠柯南自己。
柯南看着莫里亚蒂，忍不住提醒他小心三年后的莱辛巴赫瀑布，这让小兰想起新一和她在热带乐园玩时，说自己也很喜欢莫里亚蒂，因为他是无论在那个方面都不输福尔摩斯的反派。】
羽田秀吉那些孩子，在无形中成长了
冲矢昴(笑)人只有不断的经历，才能不断的完善自我
毛利兰新一，有一颗慕强的心呢
江户川柯南(不好意思地摸了摸头发，低头笑着)
【第二天，柯南通过报纸知道杰克的下一个目标是艾琳。
几人歌剧院找到艾琳，提醒她莫里亚蒂要杀掉她。小兰见到艾琳大吃一惊，“新一的妈妈！”柯南则是半月眼无奈的笑了笑。
艾琳说自己不会退缩，因为他相信福尔摩斯，也相信跟着他的孩子们。
“没错，这些孩子们承载着未来的希望，尤其是...”，水城奈心中默默赞同着艾琳的话，眼神柔和的看着柯南，“银色子弹...”
演出途中，提前设置好的炸弹爆炸，江守和泷泽为了保护艾琳出局。
灰原为了保护柯南被倒下来的柱子砸到，“你绝对不能放弃喔，工藤，如果找不到帮助我们的角色，对我们而言，你就是福尔摩斯，你拥有这种能力，没有什么案子是福尔摩斯解决不了的。”
杰克想要对艾琳下手，小兰来不及阻止，水城奈及时推开了艾琳，自己却被划伤，“剩下的，就靠你们了”，水城奈笑着说，同时在心里补充道，“我已经玩够了，你们两个好好谈谈吧。”
三人追到查理克罗斯车站，上了开出站的列车。
杰克已经混入人群，柯南让列车员召集乘客，推理出右手无名指过于纤细的女人是开膛手杰克。
开膛手杰克见被拆穿，扔出烟雾弹带走小兰，柯南和诸星见状追到车顶。
场景外，工藤优作也开始对这起杀人案的始末作出解答，推理出凶手是辛多拉社长。】
工藤有希子(看见自己的脸出现在上面，惊喜道)是我哎！(随后一把抱住工藤优作)果然优作最爱我了
工藤优作(脸红)啊...有希子...注意一下啦
众人:......，已经饱了哈
江户川柯南(听到‘雪’小姐的心声，犹豫片刻还是问了出来)为什么小奈姐姐那么信任我呢？
水城奈(低声笑了笑)我就是觉得你能够成功，这或许就是...女人独一无二的直觉吧
毛利兰(看着屏幕中的女人，突然想到了什么，不确定道)小奈小姐...是她吗？
水城奈(看着小兰，勾唇一笑，算是默认了)
服部平次((看着屏幕，心中更加坚定)工藤，我们都相信你，一定可以战胜那些人，我们都在你身后)
而屏幕中女人可疑的行径也让一些人开始怀疑，她究竟是谁...
【列车刹车被破坏，行驶速度也越来越快。
车顶，开膛手杰克将小兰和自己绑在一起，使柯南和诸星束手束脚。
“你杀了你母亲，报了长久以来的怨恨，现在你还想要什么？”
对于柯南的提问，开膛手杰克并没有避而不答，他狰狞地笑道，“我想要活下去，让流在我体内的凶恶之血乘着诺亚方舟流传到下个世代。”
工藤优作听到这话，明白了辛多拉的杀人动机，因为坚村知道辛多拉是开膛手杰克的子孙。弘树比对过开膛手杰克所用的匕首DNA，很有可能知道这件事，所以辛多拉董事长逼迫他结束自己的生命。
“我很害怕，流在我体内的这种可怕的血”，听到工藤优作说出真相，辛多拉董事长痛苦的说道。
“是杀人魔的血又怎么样，世人怎么看你又怎么样，为什么你不加以抵抗呢？”工藤优作并不认为这是辛多拉董事长作恶的理由。】
玉置莲这样的原因吗...真是可悲啊
斯尔因为没有得到人该有的待遇，所以做不了正常人
【诸星和柯南两人这边，情况并不乐观
开膛手杰克按住柯南，手中的匕首就要刺向他。
这时，小兰想起新一曾经和她说过的话，“如果可以确实地让你毁灭，为了公众的利益，我很乐意接受死亡。”
小兰下定决心，朝着柯南笑了笑，毅然跳下火车，开膛手杰克来不及切断绳子，跟着一起坠入深渊。
看到小兰跳下去，柯南感到绝望，有些失去斗志。
“如果不把列车停下，让我们存活下去的话，这样还不算是赢了游戏。”诸星着急的想要叫醒沉浸在悲伤中的柯南。
“你这个笨蛋，我也不想放弃啊，你仔细想想，列车正在渐渐加速，速度大约一百公里，不到五分钟就会到达终点站，让大家得救的唯一方法，只有把火车头跟客车车厢的连接部分切除，可是只靠我们两个人的力量，根本动不了那个连接的部分，本来想，如果跟小兰一起...不行了，已经没有办法了。”
就在这时，那位拉着手风琴的流浪汉又出现在他们面前，“你们还没有浑身浴血，你们还活着不是吗？你们已经放弃了吗？你们明明已经将双手摆在解开真相的绳结上了。”
“在人生的这一束无色的绳索中，缠绕着一条名为杀人的火红色绳索，而解开这个绳结，不就是我们的工作吗？”说着，流浪汉摇身一变成了福尔摩斯。
柯南看到福尔摩斯十分震惊，同时重燃斗志。
诸星疑惑的问柯南这句话是什么意思，柯南看着诸星身上的红色衣服恍然大悟，跑去载货车厢。
两人合力将装着红酒的桶敲破，沉入装满红酒的车厢，以此抵消列车冲入车站的冲力。】
铃木园子哇哦～你老公真的很爱你啊，工藤太太(园子对小兰调笑道)
毛利兰园子！
远山和叶这样的爱情真让人羡慕啊
毛利兰和叶！怎么连你也这样啊(脸红)
毛利小五郎(不爽地望着柯南)切，臭小子
水城奈好在最后弘树帮小侦探通过了游戏
【游戏结束，柯南和诸星回到了起点，柯南也指出诸星是弘树的事实。
“虽然你让我们遭遇了种种危险，但其实你相信我们会团结一致克服所有危机的，不是吗？”柯南看着面前的弘树，“要让日本重新开始的方法，并不是抹杀第二代，第三代的子孙，不依赖父母的力量跨越障碍，你期待我们能透过这个游戏来让自己成长，对吧。”
“你无法让自己变得冷酷无情，最后出现的福尔摩斯就是最好的证据，最后时刻，还是安排了帮助我们的角色出场。”
弘树有些哽咽，“我之所以会借用诸星的身体潜进游戏里，因为我希望就算一次也好，我想跟朋友一起玩，我的生活中总是在工作。”
“对不起，让你们遭遇危险，可是，我觉得好开心”，完成心愿的弘树释然一笑，“而且，我好羡慕，就算不在身边，也能互通心思的你跟你爸爸，你爸爸帮我爸爸报了仇，谢谢你。”】
灰原哀最后的理由，是为了弥补遗憾
江户川柯南是啊，不过这也的确让孩子们的内心发生了改变。未来真是值得憧憬和期待啊
【“弘树，你的心会永远活在诺亚方舟里的，对吧？”
弘树摇了摇头，“我这种电脑如果继续存在的话，只会被大人们利用拿去做坏事，人工智能这种东西，根本还不应该出现。”
柯南有些怅然，虽然有些难过，但他知道弘树是对的。
“好了，你回到你的世界吧，等你醒来，希望你可以告诉大家一件事，现实的人生，一点都不像游戏这么简单。”
“希望你能见到你爸爸。”柯南回头，笑着祝福道。
“再见了，工藤新一。”
所有出局的人都回到现实世界，经历这一切的孩子们，并没有感到恐惧，见到父母后，还和他们分享自己有趣的经历。除了被弘树借用身体的诸星。
看见小兰平安无事，毛利小五郎毫无形象的哭了出来。
柯南和工藤优作面对面站立，他们默契的相视一笑。
“安稳地入睡吧，弘树”，柯南在心中默默祝福着。】
佐藤美和子弘树说得没错，(看着孩子们)小朋友们，现实只会比游戏更残酷，我们能做的只有努力提升自己，让自己有能力迎接挑战，这样我们才能让自己过得更好，让国家更好
少年侦探团三人我们知道了！
江户川柯南(再见了，弘树)
【水城奈早一步混入人群，她看着台上孩子们和父母的感人画面，思绪一时飘远，“爸爸，老师今天夸我了”，小小的小姑娘抱住一名成年男子的腿，兴奋地分享着自己的喜悦。
男子看不清脸，只依稀能感觉到他愉悦的情绪，他将小女孩抱起，笑着说，“真的吗，我们小雪这么厉害啊，那爸爸要给你什么礼物作为奖励呢”，男人装作纠结的样子逗弄着小女孩。
小女孩却摇了摇头道，“我不要奖励，我要爸爸陪我玩。”
男人没想到是这个答案，愣了愣，很快反应过来，笑着站起身，将小女孩向上一抛，又稳稳接住了她，小女孩被逗得哈哈大笑，画面定格在小女孩的笑脸上，水城奈思绪回笼。
“爸爸...”水城奈想着，眼睛里蓄了些泪水，但随即狠狠闭上眼睛，再睁开时，眼神一狠，“那个男人，我不会放过他的，我会一直跟他斗下去...直至死亡。】”
高木涉哎？这是小奈小姐小时候吗(高木好奇地看着水城奈)
佐藤美和子果然...小奈小姐就是那名叫‘雪’的女子(佐藤警官笃定道)
水城奈((心里叹了口气)务武先生，看来我还是要先解决掉这些麻烦事才能真正的自由啊)
水城奈(这样想着，水城奈慢慢将手放在脸上，将面具摘了下来)
水城奈的真容露了出来，是与屏幕上红发女人一模一样的脸，随后将背后的束衣解开，又将脖子上的项链变声器取下。至此，水城奈变成了大家完全陌生的模样。
水城奈水城奈刚想说什么，一道声音打断了她...
乌丸莲耶小雪，好久不见了(站起身看着水城奈)
江户川柯南(他是？)
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