在主角团打败酒厂后，柯南便第一时间追问琴酒，怎么才能让他的身体恢复，因为，他想快点以新一的身份与小兰见面。
琴酒也放弃了组织，解散了组织，伏特加找到了一份快递兼职，贝姐到一家酒店兼。
琴酒因涉嫌多种罪而被捕，被捕前，琴酒终于放弃反抗，放弃与工藤新一斗智斗勇，“解药的方案，就在装aptx4869的药盒的底部”
“琴酒，你终于还是输了，早知道当初，你何必这个样子”
“小侦探，这场游戏，我输了，但我不后悔……呵呵（笑）”
“你……算了，不跟你说太多了，你这种人，是不知道自己的罪恶的”
琴酒被判处死刑，他的眼角泛起微光，刚才的笑容逐渐消失不见，心里想着:雪莉，我就快死了，你也不来见我最后一面吗？这么多年，我对你爱的不够明显吗。哼（冷冷一声）
“灰原，琴酒说aptx4869的解药，就在他的药箱里，你…知道他的药箱放在哪里吗”柯南迫不及待地说，
“工藤，你考虑好要恢复原状吗，在这之前，你不和柯南这个身份告别吗，名侦探~”
“我……有些兴奋过头，居然忘了这事，哈哈（挠头)”
灰原看了看这傻小子没出息的样子，不禁笑了笑，而这一笑，也是告别了与琴酒斗智斗勇的日子。
灰原哀一想到今后的日子，她可以安心做实验，没有琴酒的束缚，可以大胆地做宫野志保，她朝着天上开心地流着热泪，或许，她又想起了她的姐姐，这也算是对姐姐明美的一种交代吧！
拿到解药的柯南，并没有马上吃下去，而是与往日的小伙伴们告别，他找到光彦，步美，元太。
“光彦，步美，元太，我……”或许是以柯南的名字生活太久了，他有些舍不得柯南这个身份。
“我要搬家去西班牙了（哽咽）以后见面不知是多久了（尬笑）”“不要啊……柯南。呜呜呜X﹏X。”
“柯南，你以后，还会跟我们一起踢足球吗”“柯南，你以后还会跟我们一起破案吗。”
“恐怕……难说。”
柯南转过身，毅然决然地离开了，“柯南！”侦探团们喊着，柯南的眼泪忍不住滴下，可是，他知道，他还有着工藤的使命。
（毛利侦探事务所……）
“小兰姐姐~”
“柯南，今晚想吃什么呀，咖喱饭还是可可饼。”
“那个，小兰……姐姐”柯南哽咽住，眼神四处瞟，唯独不敢停留在兰脸上。
柯南与兰初遇时，紧急情况下給自己取名江户川柯南，转眼间，已经战胜了琴酒，即将与柯南这个身份道别。
“怎么啦，新一”“我……”忽然，柯南反应过来，心脏跳个不停。
“小兰，姐姐？”兰笑着抱起柯南，眼中泛起泪花，“跟你开玩笑的啦柯南（笑)你妈妈打电话给我，说要把你带到西班牙那边上学啦，要保重哦（哭)柯南，你一直是我的弟弟！”
（兰，别哭)“可是，妈妈是怎么知道aptx4869的解药找到了呢？”柯南心想着
“柯南~”有希子早已打扮成一位老大婶的模样，压着嗓子喊着柯南
“那么，柯南，以后要常来玩哦~”小兰哭着说，“小兰姐姐再见！”柯南转身走了。
回到熟悉的家，柯南把aptx4869的解毒药吃了下去。
“扑通——扑通”心脏在狂跳，身体发生剧烈的震动，头脑热得仿佛要炸开了，腿脚发麻，忽然，工藤感到四肢正在以一种光的速度生长。
醒来时，已经变回了工藤新一，这一次，比以往小哀拿给柯南的临时解毒药舒服多了，身体回来了。
身体恢复的新一，兴奋地往毛利侦探事务所跑去，期待着与小兰见面。
“新，新一？真的是新一吗，不会又是怪盗基德假扮的吧？”“是我，小兰，我打算回来继续上学了。”
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