李岩成了人类抵抗军的最高统帅，带领部队在全球范围内与神明作战。
普罗米修斯也招募了更多反抗神界暴政的神明加入，形成了一个特殊的联盟。
但神明并非没有反击之力。他们开始利用人类的恐惧和贪婪，培养"神之仆从"——一群放弃自由意志，甘愿成为神明工具的人类。这些人获得了部分神力，却全听命于神明的指挥。
当李岩率军解放北方最后一座被神明占领的城市时，他遭遇了这样一群"神之仆从"。
"你们为什么要背叛自己的种族？"李岩质问被俘虏的仆从首领。
"背叛？"那人冷笑，"是你们背叛了人类的本质。看看你们自己，半人半树的怪物，还自称是人类的救星？"
李岩低头看自己布满树皮的手臂："我们是在进化，与自然和谐共存。"
"你们只是另一种奴隶，被古树操控的傀儡。"仆从首领嗤笑，"至少我们选择了强者为主。"
这番话引起了李岩的思考。五年来，他从未质疑过自己的选择。但现在，一个可怕的问题浮现在脑海：他们真的是在拯救人类，还是将人类引向另一条未知的道路？
带着这个疑问，李岩决定回到翡水河谷，与魔树/刘念交谈。
当他回到那片已经扩展成浩瀚森林的圣地时，发现更多的树人战士选择了全融合，放弃人类形态，成为林中的树灵。
"我们真的在做正确的事吗？"李岩站在主魔树前，仰头问道。
树干上刘念的面容比五年前更加模糊，更像是树皮的自然纹理："你在怀疑什么，李岩？"
"我们打着自由的旗号与神明对抗，但我们是否只是用一种依附替换了另一种？"
长久的沉默后，魔树/刘念回答："每个生命都有选择的权利。有人选择成为神的奴仆，有人选择与魔树共生，还有人选择保持全的人类形态。真正的自由，不在于形式，而在于选择本身。"
李岩若有所思："那么魔树的最终目标是什么？"
"平衡。"魔树/刘念的声音如同微风，"神明代表规则与秩序，人类代表变化与创新，魔树则追求平衡与和谐。没有任何一方应该全统治世界。"
这番对话让李岩重拾信心，但也让他意识到战争的复杂性。这不再是简单的正邪之战，而是三种力量——神明、人类、自然——为各自理想世界观而战的冲突。
13
奥林匹斯山，众神最后的议会。
神战已持续七年，神明的力量大幅削弱。没有了人类的信仰和服从，他们的神力正在流失。
宙斯坐在王座上，面容憔悴："我们低估了人类与魔树的联合力量。"
"不仅如此，"赫拉补充道，"普罗米修斯已经拉拢了半数底层神祇加入反抗。我们的军队正在溃散。"
阿波罗——太阳神提议："也许我们应该谈判。寻求和平共处的方式。"
"永不！"宙斯怒吼，"我们是神明，统治是我们的权利！"
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