而柯南，在大阪的那个夜晚后，也陷入了前所未有的低谷。他带着满心的悔恨回到了东京，却再也感受不到侦探事务所的温暖。小兰的房间空荡荡的，仿佛时刻提醒着他，他亲手造成的疏离和失去。那个小小的东京塔模型，被他摆在书桌上，像一座沉默的墓碑，埋葬着他们曾经的爱情和约定。
他依然在追查组织，但那种紧迫感和动力，似乎被另一种更加沉重的悲伤所取代。他不再像以前那样热衷于每一个案件，只是机械地履行着作为柯南的职责。他知道，他必须变回去，必须找到解药，但他不知道，即使变回了工藤新一，他是否还能挽回已经破碎的一切。
服部平次在那之后，也察觉到了柯南的不对劲。他几次来东京，想问清楚大阪那天到底发生了什么，但柯南总是避而不谈，只是说“我和小兰之间发生了一些事情”。服部虽然心有疑虑，但看到柯南如此痛苦，也不好再追问。
时光荏苒，一年过去了。小兰在京都的训练已经结束，她在全国空手道大赛中获得了冠军，成为了名副其实的空手道女王。媒体争相报道她，称赞她为“不败的女王”。
比赛结束后，小兰没有选择立刻回东京。她接受了几家道场的邀请，决定留在京都继续深造，并开始担任一些助理教练的工作。她似乎下定决心，要在京都开启全新的生活。
在京都的郊外，小兰找到了一间清净的公寓住下。她的生活简单而规律，除了训练，就是阅读和偶尔和新认识的朋友聚会。她很少去想过去的事情，也很少去回忆那个让她心痛的少年。
直到有一天，她在整理行李时，无意中翻出了一个旧盒子。盒子里面，是她从东京带来的，一些旧物。其中，有她和新一小时候的照片，有新一送给她的生日礼物，还有…那个她曾经珍藏的红色护身符。
她拿起那个护身符，指尖触碰到上面冰凉的红色珠子。思绪仿佛被拉回了很久以前。那个在多罗碧加热带乐园的夜晚，新一为了追查案件，将她独自留在摩天轮下。她那时有多害怕，又有多担心他。她买下这个护身符，祈祷他能平安无事。
她想起了新一当时的眼神，带着一种她看不懂的焦急和无奈。那时她以为他只是因为案子，现在想来…
她又想到了柯南君。那个小小的身影，总是默默地跟在她身后，在她遇到危险时第一个冲上来。她想到了他在大阪那个夜晚的眼神，痛苦而挣扎，却又坚定地选择了沉默。
她现在明白了很多。大阪那晚，柯南君没有承认，也许不是因为不在乎，而是因为有更重要的原因，是她所不知道的，甚至比生命更危险的事情。她想起了新一曾经说过的，关于一个黑暗组织的传闻。难道…
她的心像是被什么东西猛地撞了一下。如果…如果新一变成小孩子，是因为那个组织…如果他一直隐瞒真相，是为了保护她…
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