三个月前，工藤新一以柯南的身份成功潜入了黑衣组织内部，搜集到了至关重要的犯罪证据，还获取了神秘药品APTX4869的珍贵资料。
自那以后，好事接连发生。黑衣组织的重要干部落网，组织的势力被大幅削弱。而灰原哀也不负所望，经过日夜钻研，成功研制出了解药。工藤新一终于告别了寄人篱下的小学生身份，重新恢复了原本帅气的高中生模样。
为了避免不必要的麻烦，对外统一宣称柯南被父母接回了家。朋友们得知这个消息，心中满是不舍。但与此同时，新一成功从警方那边逃脱的消息，又让大家由衷地为他感到高兴。这份复杂的情绪交织在一起，真是悲喜参半。
工藤新一混在现场忙碌调查的警方人员之中，敏锐的直觉让他突然感到背后一阵寒意，仿佛有一双眼睛正紧紧盯着自己。他心中一动，装作若无其事的样子，朝着无人的小巷走去。
「差不多了吧？」 工藤新一停下脚步，头也不回地说道。话音刚落，原本在天上徘徊的白鸽纷纷散开，一个身着白色西服、头戴白色礼帽的少年，如同优雅的魔术师般凭空出现。
「我还以为被哪个仇家给盯上了呢，没想到是大名鼎鼎的头号通缉犯啊，小偷先生……或者，我该称你为“爆破专家”？」工藤新一微微挑眉，嘴角挂着一抹嘲讽的笑意。
「不愧是名侦探！反应还是这么敏锐。」对面的少年轻叹一声，语气中满是遗憾，仿佛对自己这么快就被识破身份感到惋惜。
「你就不怕我现在叫刑警过来，把你这位“爆破专家”带回去好好审问一番？」 工藤新一一边说着，一边从口袋里掏出手机，手指快速按动着一串号码。
「哎呀哎呀，先别急嘛~首先，就算你叫了人来，也抓不到我的。我们可是多年的宿敌，我怎么会这么轻易就被你抓住呢？而且，要是你真的像那些警察一样，认定我就是刚刚制造爆炸的真凶，我又怎么会主动来找你呢，名侦探大人？」少年摊开双手，脸上带着自信又从容的笑容。
「哈哈，你说得倒也没错。」 工藤新一停下按动手机的动作，将屏幕上显示的数字——“2422334”(在日语中表达的意思是有人正在“监视”) 展示给对方看，
「我确实知道你不是真正的凶手。不过，我为什么要帮一个小偷洗清嫌疑呢？」 新一耸了耸肩，脸上露出一副无所谓的神情。毕竟，在明面上自己确实没有理由去帮一个小偷摆脱嫌疑。
基德身形一闪，如同一道白色的幻影般瞬间出现在了新一的面前，动作之快让人几乎捕捉不到他的身影。他一把握住工藤新一的手，表面上神色如常，脸上挂着那标志性的自信笑容，可拇指却在新一的手心里轻轻划动，似是在书写着什么秘密信息。从他的表情上，完全看不出他此刻内心所想，只让人觉得神秘莫测。
「哎呀，名侦探大人，您大人有大量，就帮帮我吧。」基德一边轻声说着，一边嘴角勾起一抹邪魅的笑容，那笑容里带着一丝狡黠与期待。话音刚落，他潇洒地一挥斗篷，在一阵白色的烟雾中消失得无影无踪，只留下工藤新一独自站在原地。
「真是花哨……但是……」 新一微微皱了皱眉头，脸上露出一丝无奈，口中喃喃自语道，随即陷入了沉思。他的脑海中思绪如潮，各种线索和信息不断翻滚。 “真正的凶手和连续杀人事件有关。”(这是刚刚基德在新一手中写的) 新一在心中默默想着，他清楚基德知道自己也参与了这起案件的调查。仔细想来也是，以基德的性格，这么大的事情，真正的他肯定会到现场来一探究竟。而且从刚刚基德的异常举动判断，他极有可能掌握着某些至关重要的线索。
新一逐渐意识到，或许此刻真的到了自己该助基德一臂之力的时候了。尽管心底满是不情愿，毕竟对方是个让自己又爱又恨的小偷，但一想到案件的真相很可能借此机会大白于天下，他便不得不强压下心中的抵触情绪，予以重视。
「真是不爽啊。」 新一轻轻叹了口气，脸上露出一丝懊恼的神情，但眼中却闪烁着坚定的光芒。他整理了一下思绪，转身朝着案发现场走去，准备重新投入到调查中，誓要将这复杂案件背后的真相查个水落石出。
在距离工藤新一和基德不远处的阴暗角落里，两个人影正凑在一起低声商讨着什么。
「啧，这两个人说起话来完全不在点儿上，还以为他们能多聪明呢，说到底不过是两个小屁孩罢了，看来没什么可担心的。」其中一人撇了撇嘴，满脸不屑地说道。
「还是别掉以轻心为好，谨慎才是成功的关键。咱们可不能大意，稍有疏忽就可能满盘皆输哦。」另一人皱着眉头，神情严肃地提醒道。
「你说得在理，确实得谨慎些。」那人伸了个懒腰，活动了一下筋骨，随后便又投入到手头的夜间工作中。毕竟，这份工作不仅忙碌，而且责任重大，稍有差池就会出大乱子，又哪有闲工夫去管别的事呢？相信大家都是这么认为的吧？
而好不容易将爆炸现场的人群疏散完毕的目暮警官，还没来得及喘口气，就又突然接到了新的报案。在距离这栋大楼很远的米花大街56号，又发生了一起命案，而且据报案人描述，现场的场景竟与近期的连环杀人案的作案场景极为相似。
「哎呀，大家又有新任务了，地址是米花大街56号，各部门立刻前往。大家都打起精神来，今晚的工作还远没结束呢！」目暮警官神情凝重地对着对讲机大声说道。
对讲机那头立刻传来几声坚定的回应：「是！」
夜幕深沉笼罩着米花市，大街小巷间，红蓝两色的警灯相互交织闪烁，犹如暗夜中跳动的诡异音符。在这令人紧张的氛围里，一场新的调查行动正紧锣密鼓、争分夺秒地拉开帷幕…
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