深夜的东京警视厅档案室，柯南借着帮目暮警官整理文件的机会，调出了三年前「鹤唳屏风」修复项目的全部资料。泛黄的验收报告里，施工方「云纹工坊」的印章鲜红刺目——而这个工坊，正是匿名电话中提到的与文物走私案密切相关的组织。更诡异的是，验收签字栏上，本该由馆长亲笔的签名，经笔迹鉴定竟出自不同人之手。
「有人伪造了验收记录！」柯南将放大镜对准签名边缘的细微涂改痕迹，突然发现纸张背面隐约透出类似摩斯密码的压痕。当他用铅笔轻轻涂抹，一串数字浮现而出——正是拍卖会暗码字条上缺失的后半部分。
与此同时，毛利侦探事务所再次接到神秘包裹。拆开牛皮纸，里面竟是一枚镶嵌着珍珠母贝的怀表，表盘上的鹤纹与屏风如出一辙。怀表夹层里藏着半张老照片，画面中年轻的馆长与一位西装革履的老者举杯相庆，背景墙上的牌匾写着「云纹堂」三个烫金大字。小兰翻出家族相册，赫然发现那位老者正是已逝的铃木财阀顾问——三年前离奇死于「心脏病突发」的北川弘一。
「所有线索都指向三年前！」柯南摩挲着怀表背面刻着的「1992.07.15」，突然想起技术科报告中提到，走私案关键物证上的金粉成分，与北川弘一收藏的鎏金佛像完全一致。就在这时，楼下传来剧烈的爆炸声，一辆黑色轿车撞向事务所外墙，车内燃烧的文件在火舌中显现出「云纹工坊」的出货单。
柯南冲进火场，从灰烬里抢救出半张烧焦的地图。地图上，用红笔圈出的废弃码头与陶瓷窑厂形成诡异的三角连线，交汇点正是即将开幕的国际艺术博览会场馆。当警方突袭码头仓库，发现大批伪装成普通工艺品的走私文物，而货箱夹层里藏着的微型芯片，经破解竟是全球文物走私网络的加密名单。
博览会开幕式当天，贵宾云集。柯南混在人群中，敏锐察觉到几位戴着珍珠母贝袖扣的宾客举止异常。当主舞台幕布拉开，巨型全息投影呈现出「鹤唳屏风」的动态影像时，柯南突然发现投影中隐藏的二维码——扫描后，竟链接到一个匿名交易网站，页面正实时拍卖被盗的佛首。
「他们要利用博览会的网络掩护完成交易！」柯南正欲通知警方，却见人群中闪过一抹熟悉的身影——那个戴着宽檐帽的神秘人再次出现，手中遥控器对准了场馆中央的水晶吊灯。千钧一发之际，柯南射出足球撞飞遥控器，剧烈的爆炸声中，吊灯轰然坠落，会场陷入一片混乱。
混乱中，神秘人趁乱逃脱，却在楼梯拐角遗落一枚沾着血迹的怀表链。经鉴定，血迹属于重伤住院的山崎弟弟，而怀表链内侧刻着的「Y·N」缩写，与北川弘一的秘书柳生奈绪子名字首字母完全吻合。当警方赶到柳生家时，只发现一封遗书和被烧毁的账本残页，遗书中写着：「有些真相，我必须用生命守护……」
夜深人静，柯南站在北川弘一的故居外。月光下，庭院中的枯井突然传来金属碰撞声。他顺着井绳滑下，在积水中摸到一个防水保险箱。箱内除了走私账本，还有一盘录像带——画面里，北川弘一与馆长激烈争吵，馆长举着一份文件怒吼：「你想让整个走私网络曝光？我们都会死！」话音未落，北川突然捂住胸口倒地，而馆长慌乱中藏起了那份文件。
「所谓的心脏病突发，是蓄意谋杀！」柯南握紧录像带，忽然注意到井壁缝隙里嵌着的半枚珍珠母贝。当他将其与怀表链上的碎片拼接，完整的鹤纹竟与屏风暗纹组成了一个坐标——指向东京湾海底的沉船遗址。
与此同时，技术科传来紧急消息：走私网络加密名单中，一个标注为「K」的神秘买家，其交易特征与黑衣组织的洗钱模式高度吻合。暴雨再次倾盆而下，柯南望着波涛汹涌的海面，耳边回响着黑衣主犯的冷笑：「真正的操盘手，还在暗处看着这一切。」而这场横跨二十年的文物迷局，似乎正将他引向一个更危险的深渊……
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