滔天的火焰不断蔓延，君砂小姐带领警卫队灭火并寻找茂智二人。
君砂和卡蒂狗在灰烬中奔跑着。忽然卡蒂狗向一处狂吠，警卫队员把灰烬扒开看到的是两人一宠的尸体。
电视上播放着新闻“世界冠军小智和知名研究员小茂在追查犯罪团伙Q时牺牲……”
下葬那天茂智二人的好友都来了。小智的妈妈花子哭成了泪人，她不愿意相信前不久还和她通话的两个孩子，说要趁这次假期回来待几天。
花子：“说好回来的！怎么会这样。”
魔墙人偶扶着花子。灵堂内哭声一片。没有人注意到的地方一个黑色的身影一闪而过。
真新镇后山的森林里一个浑身是伤的小孩紧皱眉头，嘴里喃喃自语“皮卡丘……小茂……快跑……”
这个小孩就是五岁的小智，小智猛然惊醒大喊“小茂！皮卡丘！”发现自己处在一片森林中，身体还变小了。
“这是什么情况？”小智愣愣的看着自己变小的手。还没有反应过来就听到了神奇宝贝的叫声“丘，丘”
小智下意识的向声源跑去就见是一只皮丘掉在一棵悬崖边树上小小的爪子抓住一根小树枝，最要命的是皮丘的体力快耗尽了，树枝也快断了。
“咔……咔……”树枝最终断裂皮丘从空中掉下来。“丘！”皮丘绝望的闭上了眼睛，但没有像预想的疼痛而是落入一个温暖的怀抱里。
皮丘睁开眼睛看到的是一张熟悉又稚嫩的脸“丘……”（小智……）皮丘的泪水不知怎的落下。
小智愣愣的看着皮丘不由的说：“皮卡丘…是你吗？”皮丘点点头“丘，丘”（是我，是我，小智）
两个好搭档抱住对方，虽然不知道他们为什么会回的过去，但这都不重要不是吗。
大木研究所内五岁的小茂从午睡中惊醒“智！”大木博士被他吓了一跳“怎么了小茂？”小茂没有说话，因为他在看到自己变小了之后整个人都陷入沉思或是懵逼中。
他这一反常举动把大木博士又吓到了。“小茂，你怎么了？”
小茂终于把当下的情况弄理清，但也把大木博士吓得够呛。“小茂，你怎么了？怎么一直不吭声？是做什么噩梦了吗？”
小茂这才反应过来，自己好像把这个时间段的爷爷给吓到了。于是露出了一个他这个年纪该有的表情，对爷爷说：“我没有事，爷爷只是刚刚做了一个很奇怪的梦而已，对了，小智呢？”
大木博士见自家孙子没有事情才松一口气：“没事就好，小智他今天没有来哦！”
“什么他没有来吗？”一个担忧的女声从门口传来。来人是小智的妈妈，花子。
大木博士把花子领进来说：“是的，他今天没有来。”
花子焦急的说：“别的朋友家我都去看过了，都没有找到他。”
听到这小茂好像想起了什么，五岁那年，小智跟他赌气，一个人跑到后山去了，结果受了很严重的伤，全村人出动找他到了晚上才找到他。
想到这小茂门跳下床去，不顾一切的向门口奔去。就是小茂心里最大的阴影同时找到小智的时候，因为下午下了场雨，小智一个人缩在一个山洞里，整个人发起了高烧。是镇子里的长辈送他去了医院。他清楚的记得，当时医生说如果再送来晚一点的话，这个孩子可能就挺不过去了。
“小茂，你等等！”“小茂，你去干什么？”
花子和大木博士的声音在小茂身后响起，但他无暇顾及，他的脑海里现在只有那个小小的身影。
就在小茂推开门时，撞入了一片琥珀色的眼眸中。“小茂，你这是要去哪？大木博士，在家吗？”
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