黎明前的米花码头笼罩在浓雾中，工藤优作独自站在约定的集装箱区，手中拿着一个精致的金属盒。有希子躲在暗处的指挥车里，通过微型耳麦保持联系。
工藤有希子（轻声）“优作，检测到三个热源，两点钟方向集装箱顶一个，水里两个。”
工藤优作（从容地推眼镜）“果然准备了惊喜。”
贝尔摩德从雾中缓缓走出，依旧美艳动人，但眼神比以往更加复杂。她身后，Vodka押着被绑的柯南和灰原。
贝尔摩德（微笑）“工藤优作，久仰大名。”
工藤优作（打开金属盒）“你要的潘多拉。放了孩子们。”
盒子里是一枚散发着幽蓝光芒的宝石。贝尔摩德眼神微动，却突然笑了。
贝尔摩德“很美的仿品，但骗不了我。真正的潘多拉……在这里。”
她突然指向优作身后。浓雾中，明夏不知何时出现，眼神空洞如傀儡。
#工藤有希子（惊呼）“明夏怎么会……”
松田阵平（在另一个埋伏点咬牙）“被催眠了！”
原来昨晚温泉旅馆的袭击是幌子，贝尔摩德真正目的是在明夏身上植入催眠指令！
#贝尔摩德（轻声）“来吧，我亲爱的妹妹。回到姐姐身边。”
明夏如同梦游般向前走去。就在这时，松田毫不犹豫地从高处跃下，挡在明夏身前。
松田阵平（举起手枪）“离她远点，Vermouth。”
令人震惊的一幕发生了：明夏突然夺过松田的枪，对准了自己的太阳穴！
#贝尔摩德（冷笑）“真是感人。但你以为这样就能阻止我吗？”
工藤明夏（用机械般的声音）“放下武器，否则我开枪。”
所有人大惊失色。优作立即示意大家不要轻举妄动。
工藤优作（冷静地）“你想要什么，莎朗？”
#贝尔摩德（眼神柔和了一瞬）“叫我莎朗的人已经不多了……我只是想要回我的妹妹。”
这时灰原突然开口，语出惊人：
灰原哀“APTX4869的真正目的不是杀人，而是筛选合适的'容器'对吗？为了容纳你们母亲的意识？”
#贝尔摩德（惊讶）“哦？你比我想象的还要聪明，雪莉。”
原来组织的"永生计划"并非让人长生不老，而是将逝者的意识转移到特定基因的活人体内。明夏和莎朗这对双胞胎，正是最完美的"容器"。
柯南（震惊）“所以你们想用明夏姐姐的身体复活你们的母亲？”
#贝尔摩德（抚摸明夏的脸）“不是'想'，是必须。明夏的寿命只剩下不到一个月了。”
这个真相让所有人愣在原地。松田猛地看向明夏，想起她异常的体温和血液。
松田阵平（声音沙哑）“什么意思？”
#贝尔摩德（露出悲哀的表情）“我们姐妹天生患有基因疾病，活不过二十五岁。只有意识转移能救她。”
就在这时，异变突生！Gin突然带人从另一侧包围过来，举枪对准贝尔摩德。
琴酒（冷冷地）“Vermouth，你违背了那位先生的命令。”
#贝尔摩德（将明夏护在身后）“Gin，这件事与你无关。”
琴酒“那位先生要的是完整的潘多拉。你打算私吞吗？”
趁组织内讧之际，优作突然按下某个按钮。所有集装箱同时打开，露出里面严阵以待的警察——警校组全员到齐！
萩原研二（通过扩音器）“Surprise！没想到吧？”
伊达航“Gin，你因多项罪名被逮捕了！”
安室透（举枪）“公安也在此恭候多时。”
诸伏景光（狙击红点落在Gin额头）“放下武器。”
一场混战随即爆发。松田趁机扑向明夏，将她护在身下。令人意外的是，贝尔摩德并没有反抗，反而配合警方的行动。
贝尔摩德（对诸伏景光做手势）“苏格兰，按计划进行！”
诸伏景光（点头）“明白！”
原来诸伏景光一直在暗中与贝尔摩德合作！他精准地射击，每一枪都打掉组织成员的武器而不伤及性命。
Gin见状暴怒，向贝尔摩德疯狂射击。诸伏景光迅速还击掩护，但贝尔摩德还是中弹倒地。
工藤明夏（哭喊）“姐姐！”
她突然挣脱催眠控制，扑到贝尔摩德身边。记忆如潮水般涌来——小时候姐姐如何保护她，如何偷偷把她送出组织，如何代替她承受实验的痛苦...
混战中，柯南和灰原被成功救出。Gin最终被诸伏景光和安室透联手制服。
安室透（给Gin戴上手铐）“游戏结束。”
诸伏景光（对贝尔摩德伸出手）“坚持住，莎朗。我们的约定还没完成。”
医院里，经过抢救的贝尔摩德被严格看守起来。在特殊会面室，她终于向众人坦白了一切。
贝尔摩德（虚弱地）“诸伏警官三年前假死时，我就发现他的真实身份。但我们达成协议——他帮我保护明夏，我帮他对付组织。”
#松田阵平（看向景光）“所以你一直暗中......”
诸伏景光（点头）“零也知道。这是公安的最高机密。”
明夏握着姐姐的手，泪流不止。
工藤明夏“为什么不说出真相？我们可以一起想办法...”
贝尔摩德（温柔地擦拭她的眼泪）“那位先生监视着一切。只有让所有人以为我要背叛，才能骗过他。”
灰原通过研究贝尔摩德提供的资料，有了重大发现。
#灰原哀“明夏姐姐的基因缺陷确实无法治愈，但不需要意识转移。可以用基因编辑技术修复。”
柯南“组织明明有这个技术，为什么不用？”
#贝尔摩德（冷笑）“因为那位先生想要的不是治疗，而是完美的容器来复活他死去的妻子。”
一周后，贝尔摩德配合警方制定了抓捕"那位先生"的计划。明夏发现姐姐的项链与自己的一模一样。
工藤明夏（比对项链）“这是...”
贝尔摩德（微笑）“真正的潘多拉是一对。你的项链里藏着抑制剂，我的里面...是解毒剂。”
她轻轻转动宝石，里面露出微小的针头。
贝尔摩德“那位先生给我下了慢性毒药，用解药控制我。现在...该反击了。”
行动前夜，松田找到在天台发呆的明夏。
松田阵平（递过热牛奶）“紧张吗？”
工藤明夏（接过杯子）“有点...但更多的是担心姐姐。”
松田阵平（沉默片刻）“我会保护你们俩。”
明夏突然注意到松田手上的伤口正在以肉眼可见的速度愈合。
工藤明夏（惊讶）“你的伤...”
松田阵平“自从码头那次之后就这样了。灰原说可能是你的血液...”
工藤明夏（脸红）“对不起...”
松田阵平（轻轻握住她的手）“该说谢谢的是我。”
就在这时，贝尔摩德和诸伏景光走来，看到这一幕相视一笑。
#贝尔摩德（调侃）“看来我不用担心妹妹没人照顾了。”
诸伏景光（对松田挑眉）“终于开窍了啊，松田。”
次日行动中，众人根据贝尔摩德提供的情报突袭组织总部。在最后的房间里，他们见到了"那位先生"的真面目——
乌丸莲耶（坐在轮椅上）“终于来了吗...我亲爱的孩子们。”
#贝尔摩德（举枪）“为了母亲...为了所有被你害死的人！”
乌丸莲耶（疯狂地）“潘多拉计划必须完成！我要复活我的莲子...”
关键时刻，明夏突然冲上前，用自己的项链刺入乌丸莲耶的脖颈。
工藤明夏（坚定）“结束吧，爷爷。”
解毒剂迅速生效，乌丸莲耶在惨叫声中倒下。组织的统治终于结束。
事后，贝尔摩德因为立功表现获得减刑，被安排在秘密设施接受治疗。明夏经常去看她，两姐妹终于可以像普通人一样相处。
贝尔摩德（看着窗外）“有时候我在想...如果当年没有被爷爷找到...”
工藤明夏（握住她的手）“现在开始也不晚，姐姐。”
某个傍晚，松田在工藤宅找到明夏。夕阳下，他罕见地显得有些紧张。
松田阵平（递过一个盒子）“给你的。”
明夏打开盒子，里面是一条崭新的项链，吊坠是樱花形状的宝石。
工藤明夏（惊讶）“这是...”
松田阵平（别过脸）“代替那条旧的...以后由我来保护你。”
工藤明夏（眼眶湿润）“阵平...”
少年侦探团突然从草丛里跳出来，嘻嘻哈哈地起哄。
吉田步美“求婚！求婚！”
圆谷光彦“松田警官好浪漫！”
小岛元太“什么时候吃喜糖啊！”
松田尴尬地咳嗽一声，明夏红着脸笑了。这时天空突然绽放烟花，映照在相拥的两人身上。
而在远处的疗养院里，贝尔摩德通过监控画面看着这一幕，露出欣慰的笑容。
贝尔摩德（轻声）“要幸福啊...明夏。”
她转身走向实验室，那里有灰原为她准备的新型治疗方案。潘多拉的盒子终于打开，但这次，带来的是希望而非灾难。
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