1500年,昔班尼进入不花剌,接着出现在撒马尔罕城前,帖木儿帝国苏丹阿里仓皇出城谈判,结果被这一群野蛮人杀死,河中地区落入了昔班尼手中
在这期间,另外一位帖木儿后代拜哈拉,统治着呼罗珊地区,在家族之间进行大混战的时候,它成为吉尔甘和马赞达兰的统治者,把阿斯特拉巴德作为都城,1461年,他被自己的堂兄弟卜撒因驱逐,等到他去世,拜哈拉的命运才迎来转机,1469年,赫拉特居民承认他为国王,他继续统治着呼罗珊,一直到1506年5月4日去世
虽然它的领土范围有限,但是它的统治却长达37年,是东方历史上最有成效的统治者之一,他的继承者是忽辛,这个君主性格温和仁慈,他让赫拉特成为知识分子的聚集地,他邀请到赫拉特的人中,有波斯诗人扎米,两位波斯史学家米尔空和宽德米尔,伟大的波斯画家毕赫扎德,以及书法家阿迪,他任命最早用突厥文写诗的伟大诗人纳瓦伊作为自己的大臣,他能够流利地用波斯文和突厥文写作,并极力证明,作为文学语言的突厥文,可以和波斯文相匹敌,甚至还能超越波斯文,在这段时期,赫拉特可以说是帖木儿文艺复兴时期的佛罗伦萨
就这样,帖木儿大帝,这位历史上最残暴的突厥征服者和最野蛮的破坏者,它的第四代孙子却成了波斯王公,诗人和酷爱艺术的人,在他的保护下,波斯文明重新散放异彩,但是,正如赫拉特只是沙漠中的一片绿洲一样,这仅仅是两次入侵之间的短暂插曲而已,等到巴迪继位的时候,开始面临乌兹别克人的入侵,1500年开始,乌兹别克人已经成为河中地区的统治者,乌兹别克人的首领昔班尼在1507年占领了赫拉特
于是,和河中地区与撒马尔罕一样,呼罗珊也落入了昔班尼家族的乌兹别克人手中,在这100年里,成吉思汗家族最终战胜了帖木儿家族
事实上,从这个时候来算,帖木儿帝国已经算是灭亡了,但是还有一个火种保留了下来,身居在费尔甘纳的喀布尔的巴布尔,它是仅存下来的帖木儿帝国继承者
昔班尼成为突厥斯坦西部,河中地区,费尔干纳和呼罗珊的主人
乌兹别克帝国成为中亚地区的主要强国,接着,乌兹别克帝国和波斯爆发冲突,1055年到1502年,在这长达四个半世纪的岁月里,波斯不断臣服于各个突厥和蒙古族的君主,如今,萨法维帝国(1502到1736年)推翻了土库曼人白羊帝国,成为了独立的王国,独立后不久,又准备从乌兹别克帝国手中夺回呼罗珊,让波斯重新统一,实际上,萨法维帝国和乌兹别克帝国在各个方面都对立,因为它们分别代表着波斯人和蒙古人,分别代表着伊斯兰什叶派和伊斯兰逊尼派,所以,他们之间的战争带有宗教色彩