平成哥斯拉带着布莱特雷德去找拉顿，在路上夜晚寂静的可怕，夜晚上空没有一点亮星，也没有明亮的月亮，只有两头巨兽在海里游过的波痕。布莱特雷德只觉得心里，似乎有点……落寞……
另一边，拉顿找到合适的地方落下休息，在这一战它一直在天上飞难免也是会累的。拉顿在地上歇息着，也看着远处的海面。虽然在视野中平成它们的战斗根本看不见，但是它心里认为只要平成哥斯拉和布莱特雷德还在，就一定能打赢魔格平成。可，事实真是如此吗？
魔格平成趁着爆炸潜进海后忽然想起好像有个天上飞的对手不见了，于是它动用满脑的“智慧”努力感知拉顿的位置。在一番探测后勉强探测到拉顿的位置，魔格平成毫不犹豫地游向拉顿所在的方向。
人类静静观战了几十分钟终于找到机会带走了戴斯特洛伊亚，此时在日本的一个军事基地里，人们正在忙着给戴斯特洛伊亚造一个更强的躯体，有的在讨论设计出来的机甲蓝图，有的在准备造机甲的材料，有的在给戴斯特洛伊亚组装机甲……途中戴斯特洛伊亚已经醒过来多次，但都被人类一次次镇压过去，这使造生物兵器的计划显得危险了很多。参与这项计划的人们纷纷辞去，生怕以后一不小心就被这头怪兽杀了，但是仍有部分人留了下来，他们为了消灭可怕的哥斯拉等怪兽不顾自己的危险，坚持到造出生物兵器。
而在那场战斗的海底，被魔格平成杀死的摩斯拉平静的躺在海床上，它的翅膀早已破烂不堪，躯体更是被腐蚀的不像样。摩斯拉的灵魂脱离了身体并飞升天堂。灵魂回头看了一眼自己的身体，虽然很不舍，但是这个世界的死亡机制是不会让它一直待在躯体里。很快灵魂飞到天堂，在那里遇见了之前被魔格平成杀害的冤魂，其中就有和它一起出生的巴特拉。天堂很美，在这个美的衬托下，摩斯拉和巴特拉的重逢似乎更像是命运安排的，之后在人间几个月里，摩斯拉一直和巴特拉在一起，直到魔格平成和平成哥斯拉的第二次决战……
军事基地里，在几个月的秘密进行下，生物兵器终于造完了。它的整体由纳米材料制造，呈深蓝色，头部安装的红色眼灯和蓝色的机械躯体相比，这个机甲怪兽看起来极为霸气，比先前主要为纯恶魔红配色的身体更加具有压迫感。头上的红角也被改装了一下，现在这根角可以近战兼远程攻击，其特有的恐怖的量子切割不再限于只是切割技能，它甚至可以以光线的形式释放出去。手部安装了量子电磁炮装置，这样本来就强有力的手部加上量子科技外挂，机甲怪兽足以给对方送上“电麻麻的舒爽”免费服务。身体上被安装了许多导弹发射器，给机甲怪兽提供了强大的物理火力支持。而胸部菊花的位置也被改装了一下，原本菊花胸被废掉了一个技能名为【胸炮】，该技能释放时胸部的菊花瓣会打开，露出里面的眼状物，眼状物蓄力，然后释放。（虽然作者不知道胸炮威力怎么样，但被废掉了应该也很强）被改装后，菊花胸表面富有强大的科技感，外面分布着均匀分布的蓝色发光装置，而里面则是更亮的蓝色发光装置。眼状物也被改装成量子聚能炮，这样可以提升机甲怪兽的魔攻实力。尾部也被改装成一个量子聚能炮，机甲怪兽把它的尾部架在肩膀上，蓄力时由尾钳的中间出现蓝色粒子聚集，然后释放出较细的光线炮。两边的肉翼改造后，一对巨大的肉翼上由翼膜的位置新增了增幅器装置，它可以吸收对方的魔攻能量并强化自己的实力。一对小的肉翼上则改装成加速器。两对肉翼共计加了10个加速器，这使得机甲怪兽的飞行速度可以提升十倍。一切准备完毕后，人类接下来计划对付那些怪兽的策略。
另一边，拉顿正在休息，忽然，它感觉到有一股危险的气息正在逼近它。拉顿警觉起来，它向四周看了看，确定附近没有紧急情况后便起飞欲飞离这地方。突然，海面上放出一发橙色的热线，与拉顿擦肩而过，差点打到拉顿。没错，这发热线正是魔格平成打的。拉顿受到热线的突然袭击，大叫了一声，它看向海面，朝海里的魔格平成大声叫骂。海里的魔格平成哪能受此气，它也对上面的拉顿作出回应。不过，回应拉顿的不是叫骂怼回去，而是一发魔格无限热线应答。拉顿差点又被打到，不过，拉顿的反应力灵敏的很，怎么可能那么轻易的被打到。拉顿怒气冲冲，一言不合就要冲进海里大干一场。
这时又一发白热射线打断了两个的打架。正是平成哥斯拉和布莱特雷德及时赶到增援。平成哥斯拉父子俩二话不说直接下潜和魔格平成又来一场战斗，三头怪兽就这样在海里打的不分上下，使附近的海域发生较大的波动，搞得附近的海域产生了较大的海啸，而拉顿在上面只看到了大水波、听到几声爆炸和水浪溅起的声音。过了几十分钟，三头怪兽都打累了。魔格平成想再制造一个假爆炸然后跑路。在它一顿乱炸后准备下潜跑路。布莱特雷德反应很快，直接一发白热射线打过去，不偏不倚正好打中魔格平成的胸部，魔格平成惨叫一声，沉下海底。魔格平成现在已经体力不支，不够它快速逃跑了，更别说和平成哥斯拉父子俩再打一场。它就这么沉下去，在海底养精畜锐，准备下一场战斗。
平成哥斯拉父子俩确定魔格平成被打败后，亲切的问候拉顿，然后它们便回到布莱特雷德当初训练的那座岛，准备给布莱特雷德强化训练，也开始准备后面的第二次决战。
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