左中郎将皇甫嵩和右中郎将朱儁一起率领四万多人,共同讨伐颍川黄巾军。皇甫嵩和朱儁各自统领一支军队。朱儁与黄巾贼波才相遇,双方交战,朱儁的军队战败撤退;波才进攻皇甫嵩,皇甫嵩暂时避开贼人的锋芒,退守长社,凭借城池来巩固自己的防御。皇甫嵩环绕着城池进行坚守。他部下的士兵不过几千人,而贼人的数量大约有几万,军中的士兵都很害怕。皇甫嵩向军中下令说:“贼人的气势虽然很盛,但我自有破敌的计策,你们只要能够安静地坚守,听从我的号令,保证能打败贼人!”士兵们听闻后,渐渐安定下来,齐心协力守卫城池,波才多次进攻,因为城上箭和石头交替射下、投下,无法得手。当时正值盛夏,天气炎热潮湿,贼人大多用草结成营寨,皇甫嵩和朱儁谋划说:“用兵有奇妙的变化,不在于人数的多少,如今贼人靠着草结成营寨,正好可以用计谋消灭他们!”朱儁问是什么计策,皇甫嵩不慌不忙,说出了一条火攻的计策,并且嘱咐说:“贼人借助草来隐蔽自己,一旦遇到火烧,必定会四处蔓延,蔓延燃烧之后,他们还能不惊慌混乱吗?我如果趁势出兵,从四面环绕攻击,一定可以大获全胜,消灭贼人建立功劳,就在今夜了!”朱儁一起称赞这是好计策。于是命令士兵各自捆扎草把,每人一捆,等到黄昏快要安静下来的时候,都拿着草把登上城墙;正好赶上刮大风,各士兵用火点燃草把,一起向贼人的营寨中抛去,草遇到火就燃烧起来,火势随着风猛烈地燃烧,霎时间烟火冲天,贼人非常惊慌。皇甫嵩又派精锐的士兵打开城门出城,从四面逼近贼人的营寨,再次放火并大声呼喊,声音响彻郊野,城上也举起火把与之呼应,贼人万分惊愕,不知所措;皇甫嵩和朱儁各自率领军队从城中呐喊着冲出来,挥动旗帜指挥部队,冲向贼人的阵营,贼人十分惊慌,战马来不及上鞍,士兵来不及穿上铠甲,四处逃散奔走。恰逢骑都尉沛国人曹操带领军队刚好到达,曹操率领军队截杀一阵,贼兵冲开一条求生的路逃走,曹操指挥士兵杀了众多贼兵,夺得的旗帜、战鼓和马匹,多得数不过来。等到残余的贼兵全部逃走后,皇甫嵩也带领军队赶到,和曹操会合。五月,皇甫嵩、曹操和朱儁合兵一处,再次和贼兵交战,波才等人收拢残兵再次作战,又被官军打败,被击毙的有数万人,被斩首的有上万颗,夺得的旗幡、金鼓、马匹非常多,颍川于是被平定。波才拼死作战后逃走。皇甫嵩因为功劳被封为都乡侯,曹操被升任为济南相。皇甫嵩、朱儁乘胜进军讨伐汝南、陈国的黄巾军,波才刚刚逃到阳翟,就打家劫舍,抢夺百姓的粮食,一听说皇甫嵩等人又到了,慌忙召集众人对抗,已经来不及了,波才没有路可逃,于是上吊自杀。皇甫嵩等人又快速赶到西华,恰好有个贼寇头目彭脱,在该地肆意祸害百姓,没有经历过强大的敌人,冒冒失失地前来和皇甫嵩等人交战,交战一两个时辰后,就被皇甫嵩等人攻破了阵势,纷纷溃散逃跑,皇甫嵩下令招降,贼兵大多匍匐在地请求饶命,彭脱见无法支撑,于是自杀;汝南、陈国的各路贼兵,都到皇甫嵩的军营投降,三个郡全部被平定。皇甫嵩上书奏报情况,把功劳归给朱儁,于是朱儁被进封为西乡侯,升任为镇贼中郎将。皇帝下诏让皇甫嵩讨伐东郡的黄巾军,让朱儁讨伐南阳的黄巾军。汉灵帝命令皇甫嵩等人继续进军讨伐东郡、南阳的黄巾军。八月,皇甫嵩在东郡攻打黄巾军卜已,大败他,斩首一万多颗。