这一次会搬照原著的剧情，但是会让奇警娜莎出现，因此，剧情会有所改动，这也是在本书中，她第一次在剧场版中登场，这里跳过她和基德逐步信任与升温的剧情
一群恐怖分子抢劫了一个微生物实验室，紧接着，一个秃秃头警官开始讲话
宇野忠羲（警视厅刑事部参事官）遭到炸毁的实验室里有一种非常危险的细菌，致死率高达80%
一旁的记者本想记录下这件事
宇野忠羲（谁知）各位记者们只准报道抢劫，禁止报道细菌与生化恐怖袭击，如果不能解决问题，我们就把提出问题的人封杀！（直接威胁）
本来想着把消息封杀，结果话没讲到一半，恐怖分子就在网上发表了声明
红暹罗猫我们是十年前被以为已经歼灭的恐怖组织：“红暹罗猫”，我们已经取得杀人细菌，将在七天之内就会发动下一次袭击
说完，这封恐怖组织的邮件就中断删除
在柯南那边
江户川柯南这种细菌主要通过飞沫传播，咳嗽和打喷嚏都容易传染，一旦被这种细菌感染身体，某些地方就会发痒（正在读报道）
灰原哀同时，小孩子特别容易感染
江户川柯南看来我们必须好好防备了
铃木园子你们知道吗？这次我们要去世界第一的飞行船！（兴高采烈地跑了过来）
毛利兰哦，是吗？那船具体长什么样？
铃木园子全长246米，最大直径42点2米！
毛利兰那还愣着什么，赶紧出发！
因为这篇文章是我看解说写的，所以跳过了一部分内容
等柯南一行人到了船上之后，众人都趴在玻璃欣赏着天空
灰原哀（都不禁感慨）人家也好想坐飞在空中的魔法船飞往云层上方的魔法国度呢！
江户川柯南这是你能说出来的话？
灰原哀我也是个女生，只是冷漠了点儿！（故作傲娇的双手抱臂）
毛利兰话说，你伯父又对基德下战帖了！（这里的伯父就是指铃木次郎吉）
铃木园子对呀，他是一天不跟基德挑战，就浑身痒痒，不过也没事，我家经得起！还能又见到基德大人！
阿笠博士本次在飞行船上将展出的宝石是“天空的贵妇人"
铃木园子（直接就是虎狼之词）你们是不知道我是多么希望他桀骜不驯双唇与我的双唇交迭！
毛利兰你可收敛点吧，你做梦吧！
本次剧场版被分为两条故事线，第一条是恐怖分子抢走了杀人细菌，同时预告七天之内将发动袭击，另一条就是怪盗基德预告会来飞船上盗取宝石
而另一边，毛利来也私下找到了变成服务生的基德
毛利兰怪盗基德，你别想逃！（抓住服务生的手）中森警官！（扭头就去叫中森银三）
所有警察（眼瞅着中森银三带兵过来，于是想了一个最牛逼的逃脱方法，直接把头套一摘）
毛利兰（看到那张脸之后，瞳孔一缩）
工藤新一（基德假扮）没错，怪盗基德就是我假扮的！
毛利兰新一…（就这么水灵灵的信了）
江户川柯南阿堤！（正在打牌，打了个喷嚏）
毛利兰原来你说的一直忙案子，就是当小偷！
画面一转，铃木次郎吉老伯就开始立flag
铃木次郎吉各位就放心吧，不管他们在日本的哪个角落散播细菌，只有待在这艘飞行船上就不会有事的！
他不说还好，这一说完，恐怖分子马上就登上了这座船
恐怖分子头目我们已经投放了病毒，很快就会将这艘装满杀人细菌的飞船直接撞向大阪的铃木塔
因为这是视频通话，导致大阪的人都非常的慌张，直接逃离了，大阪直接变成了一座空城
而恐怖分子真正的目的是为了在大阪空城之后盗取没有监控摄像头看管的价值不菲的佛像
其中电视台制作人水川和服务员1号疑似被感染后去隔离了
服务员2号（直接跳反，拿走了小哀的求救设备）
灰原哀还给我！啊！（被扇了一巴掌）
服务员2号想求救？没那么容易！（直接走到了恐怖分子那边去了）
伙伴们急忙扶起了小哀
柯南也是直接跟恐怖分子的头目来了个战术术叉腰，一脸坚定地盯着
恐怖分子头目小屁孩儿，你竟然不怕我？
黑衣人1老大，我们好像发现了基德…（悄悄的凑到那个头目旁边说）
恐怖分子头目哦，是吗？盯好那个服务生！
找死是吧你！（直接一只手拎起柯南，打开飞船的窗户，把柯南丢了下去）
毛利兰柯南！（急忙趴到窗户边）
所有警察（刚想从窗户跳下去，结果就被剩下两个恐怖分子按住）
恐怖分子头目别伪装了，怪盗基德！（扯掉那个服务生的伪装）
怪盗基德啊！快放开我，我要去救他！
铃木园子（又激动又害怕的捂住嘴巴）
毛利兰放开新一！（一脚踢飞了一个黑衣人，一顿空手道）
怪盗基德谢谢小兰！（立马从窗户跳下去，以最快的速度抱住柯南，落入云层中）
不一会儿，怪盗基德就伸出背后的滑翔翼，抱着柯南从云层中飞出
毛利兰好险…
回到柯南和基德那边
怪盗基德幸亏我跳的及时吧！（看着怀里的柯南）
江户川柯南及时，但是现在命令你马上掉头回去！
怪盗基德做梦吧，哪有滑翔翼能转弯啦，你活着就应该偷笑啦！（继续向前飞）
与此同时，在船上，那个服务员2号却躲到了阴暗处，在这里再次改动一下剧情，那个服务员2号就是奇警娜莎易容的
服务员2号（把灰原哀拉了过来）嘘，小点声！
灰原哀是你这个家伙！（想到刚才她扇自己一巴掌）你！
服务员2号真是抱歉呐，我当时也是迫不得已！等一切结束之后，我会补偿你的！
灰原哀稀罕你补偿，话说你想干什么？
服务员2号这个给你！（拿出解药的配方）
灰原哀你怎么会有这个？（瞪大了双眼）
服务员2号不知道，反正好像是一个女人给我的，她自称什么毒玫（故意装傻充愣）
灰原哀（内心：又是她，她的进速怎么变这么快了？）你为什么要帮我？
服务员2号算是刚才打你一巴掌的补偿！（之后赶紧把灰原哀送了出去，躲到了阴影处）
灰原哀（默默地将配方收好，回到了众人那）
恐怖分子头目真是两个可笑的家伙，真的以为他们能逃脱我们的范围吗？
铃木次郎吉你这话什么意思？他可是怪盗基德！
恐怖分子头目怪盗基德又如何？只要他那个滑翔翼一烂，他就算是再怎么变花样，也不可能原地起飞
毛利兰你们对新一做了什么？
黑衣人1不过是在刚才按住他的时候，在他的背部那儿开了个小口子，当时都还在惊讶他怎么没叫出声呢？（一脸无所谓的表情）
毛利兰所以说新一他们现在有危险！
果然，怪盗基德察觉到自己的滑翔翼飞得不稳
怪盗基德糟了，我的滑翔翼被人动了手脚，飞不起来了！（飞得摇摇晃晃的）
江户川柯南什么！坚持住，我看看有什么道具！（急忙翻手表）
怪盗基德你以为你哆啦a梦呢，什么都找得到！！
怪盗基德（滑翔翼马上就要断了）来不及了，名侦探你先下去！（看准时机，把柯南扔进了一个俯冲力稍微较大的草堆里）
江户川柯南啊！（掉进草堆里，吃了满嘴草）
怪盗基德死包快解呀！（眼看自己下坠的越来越快，拼了命的扯开降落伞）
怪盗基德（不曾想，刚才黑衣人还做事做全把他的降落伞给换没了）这帮该死的家伙！（惊恐，咬牙切齿）
江户川柯南基德！（急忙向基德坠落的方向跑去）
服务员2号（最终莫过于感情纠纷，还是选择在另一个窗口处跳下去）
铃木园子看那个服务员！（这么一喊，全部人都向窗外看去）
奇警娜莎（迅速脱掉伪装，拼尽全力打开自己的滑翔翼，一个公主抱接住了基德）
铃木园子娜莎小姐！（见又是自己的一位偶像，又是花痴，但很快就回归状态）
毛利兰（看着别的女人抱住“工藤新一”，心里有点不爽）
怪盗基德（下意识搂住她的脖子，缓慢睁开眼）娜莎！是你
奇警娜莎对，是我！（对他露出自信的微笑）
江户川柯南是那位女警察…（看着两人从空中落下）
怪盗基德（感觉自己的心跳又开始加快，她好美，真的好美）
奇警娜莎落到柯南面前，将滑翔翼收起来后，便将基德放下
江户川柯南你这家伙没事吧，担心死我了！（跳来跳去）
怪盗基德死不了，还得多亏了这位警察小姐！（对奇警娜莎传来感激的眼神）
奇警娜莎不客气！
之后，基德和娜莎在一旁玩起了公牛，而柯南则看到了有警视厅的飞机在尾随
江户川柯南（再次以工藤新一的身份拨打了目暮十三的电话，拿起蝴蝶结变声器）喂，是暮目警官吗？
暮目十三哟，是工藤老弟啊！这么久不见，有何事干？
江户川柯南请让今天派出去的警视厅的直升飞机来接我！
暮目十三啊，行吧
怪盗基德就这么轻松的搞定啦？
江户川柯南目暮警官关系跟我好的很
怪盗基德话说这哪有工藤新一？
奇警娜莎笨蛋，他是让你假扮他！（敲了一下基德的脑袋）
怪盗基德好吧！（一脸不情愿的样子）
怪盗基德那娜莎小姐，你怎么办呀？
奇警娜莎我，我先返回飞船上，反正到时候你们两个也要来
怪盗基德那就分头行动
到了飞机上之后，柯南和基德将手伸出机舱外，确保风向没问题之后
工藤新一（基德假扮）那么两位，我们就先离开了！（摘下耳机，之后一把抱住柯南跳了下去）
佐藤美和子基德！（看向机舱外）
两人跳到飞机上之后，结果基德的滑翔翼收不起来了，于是就出现了更经典的一幕
江户川柯南哎呀，滑翔翼滑翔翼！（一个劲的挠）
怪盗基德哎哎！（感觉到一阵骚痒）你别乱动啊，不是那！
奇警娜莎（早已在这等候多时，看到这一幕之后，默默转过头去）
怪盗基德（见到还有个女生在这儿，差点就想把柯南扔下去）你这小子能不能正经点！（脸通红）
奇警娜莎哎呀，算了，我来吧！（跑过去帮助基德收起了那架白色的滑翔翼）
怪盗基德多谢啦！（紧接着，三人急忙重新翻回了船内）
按计划行事，柯南负责去对付恐怖分子，而基德和娜莎子去干其他的事
江户川柯南（先是装睡，然后给了一个黑衣人一个麻醉针）
黑衣人2带着黑衣人1想逃离出去，结果绳子却是柯南的足球腰带，下线
黑衣人3用这个！这个可是抓基德的超强陷阱！
江户川柯南（直接启动那个陷阱，黑衣人3自投罗网）
紧接着，黑衣人就接二连三的被柯南解决了
恐怖分子头目我就不信我解决不掉你一个小屁孩！（拿起机关枪就是一顿人体扫射）
江户川柯南废话真多！（一个足球暴击打倒了头目）
江户川柯南说，幕后主使是谁？
恐怖分子头目（死活不开口）
江户川柯南（拿出那支杀人细菌药剂）不说的话，这个就会出现在你身上哦
除了主角团之外，其他上船的人基本上全部都是坏人，而幕后黑手就是自建的记者藤冈
江户川柯南（没能打赢）真是可恶！
藤冈（本以为自己赢了，结果被柯南释放的巨大足球挤进了海里）
另一边在大阪
服部平次工藤！我们已经解决了那一批要偷佛像的人了！
江户川柯南好样的，服部！
之后真相一切都大白，根本就没有什么恐怖细菌，都只是恐怖分子放出的一个幌子，而飞船上所有人都只是因为过敏而已
当然还有一个名场
怪盗基德（将宝物归还之后，便静静地站在天台上，欣赏着月光）
毛利兰新一！去自首吧，新一，不管怎么说（抱住基德的腰）小偷就是小偷，那是不对的行为
怪盗基德（整个人都僵住了，不敢轻易动弹）
毛利兰拜托你了，新一！（抱的更紧）
怪盗基德（嫂子啊，快点松手吧，我怕我哥骂我）
奇警娜莎那个毛利小姐，你先冷静一下！（上前轻轻拉开了毛利兰）
怪盗基德如果你愿意把你最想要的宝物赠给我，我就去自首
怪盗基德（说完，便慢慢贴近了毛利兰的唇）
毛利兰（迎了上去）
江户川柯南不！（感觉到自己头上一片绿，急忙跑了过去）
毛利兰（感觉到了基德要摸自己屁股，于是掐住了基德的手）你不是新一对吧？
怪盗基德哈哈，不是小姐，还真是警惕啊
怪盗基德但小偷的本质就是偷东西，为了生活！（单膝下跪对毛利兰献上一个吻手礼）
怪盗基德再见，美丽的小姐！（撤离）
毛利兰（静静的看着基德离开）
江户川柯南差点就让这家伙得逞了！（心想我都还没亲小兰呢，就让你这家伙亲了）
怪盗基德之后看到奇警娜莎在另一个地方欣赏着月光
怪盗基德（看着那张美丽的脸，以及那曼妙的身姿，自己不自觉抱住了她的腰）
奇警娜莎（并没有抗拒，任由他抱着）
怪盗基德（终于下定决心）我喜欢你…
奇警娜莎（先是一愣，然后回头）我也喜欢你！
奇警娜莎（微微低头，吻上了基德的唇）
怪盗基德（闭上眼睛回应着）
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