超时空飞空大针蜂的空间折叠通道在百刻市上空展开时，诡异的时间乱象瞬间扑面而来——街道上，有的行人正正常行走，有的却像被按下慢放键般迟缓移动，甚至有飘落的树叶在空中停滞几秒后才继续下坠。城市中央的“时计塔”是乱象的核心，塔顶的巨大时钟指针疯狂旋转，塔身上缠绕着黑色的机械混沌能量，每转动一圈，周围的时间流速就会剧烈波动一次。
“这里的时间好奇怪！我的能量方块明明刚拿出来，怎么就变凉了？”小智看着手中的能量方块，满脸困惑。甲贺忍蛙则绷紧身体，手中凝聚出创世羁绊手里剑——它能感受到，时计塔中不仅有机械混沌能量，还夹杂着紊乱的时间能量，稍有不慎就会被卷入时间裂隙。
莉娜的检测仪屏幕上，时间能量与机械混沌能量的波形图相互交织，呈现出危险的红色：“时计核心在时计塔底部的‘时间密室’里，机械混沌能量已经扭曲了核心的时间流！再这样下去，百刻市会被永远困在时间循环里，甚至影响整个卡洛斯地区的时间秩序！”
众人刚靠近时计塔，一道紫色的身影就从塔门内走出，正是百刻市的时间守护者——紫菀。她的青铜钟周身环绕着淡绿色的时间能量，却显得有些虚弱：“林夜先生，小智，你们终于来了！机械混沌体不仅污染了时计核心，还唤醒了塔内的‘时间幻影’——那些幻影是过去被时间能量困住的宝可梦，现在被混沌能量控制，变得极具攻击性！”
跟随紫菀进入时计塔，走廊里果然布满了时间幻影——有的是过去的风速狗，有的是曾经的青铜钟，它们的身体泛着半透明的黑色，眼中闪烁着混沌光芒，一看到众人就发起攻击。“甲贺忍蛙，用创世水幕净化它们！”小智喊道，甲贺忍蛙立刻释放出蓝金交织的水幕，水幕笼罩住时间幻影，黑色的混沌能量被逐渐净化，幻影也恢复了原本的透明色，缓缓消散。
终于抵达时间密室，众人看到了“时计核心”——那是一个悬浮在密室中央的金色钟形装置，表面刻满了时间符文，黑色的机械混沌体像藤蔓般缠绕在符文上，每一根藤蔓都在吸收时间能量，导致核心周围的空间不时出现扭曲，甚至能看到过去或未来的碎片画面：有的是百刻市过去的繁荣景象，有的是未来被时间紊乱摧毁的城市废墟。
“核心里有三块机械骑拉帝纳的核心碎片！它们正在同步吸收时间能量，形成‘时间混沌场’！”林夜调动火眼金睛，金色光芒穿透机械混沌体，清晰看到碎片的位置，“必须同时净化三块碎片，否则时间混沌场会瞬间爆炸，让整个百刻市陷入永久的时间停滞！”
紫菀立刻补充：“我的青铜钟能暂时稳定时间流，但最多只能维持十分钟！你们一定要在十分钟内净化碎片！”说完，她让青铜钟释放出淡绿色的时间能量，笼罩住时计核心，核心周围的空间扭曲瞬间减缓，密室里的时间流速也恢复了正常。
“行动！”林夜一声令下，众人立刻分工。超时空飞空大针蜂扇动翅膀，释放出空间能量，将三块碎片的位置标记出来；喷火龙X展开七彩时空熔岩护盾，将时间混沌场与密室隔离开来；小智和甲贺忍蛙则纵身跃到核心旁，甲贺忍蛙手中的创世羁绊手里剑分裂成三把，分别瞄准三块碎片。
“三刃创世羁绊手里剑·破障！”小智与甲贺忍蛙的意志完全同步，三把手里剑同时射出，精准地击中机械混沌体，黑色的外壳瞬间破碎，三块核心碎片暴露在空气中。就在这时，碎片突然释放出黑色的时间混沌能量，形成三道时间裂隙，朝着众人袭来！
“创世守护·时空禁锢！”林夜立刻举起创世守护鳞，淡金色的创世能量与诸天光轮的时空能量交织，形成一道金色屏障，将时间裂隙暂时禁锢。他趁机释放出三道创世光柱，分别射向三块碎片：“创世净化·时间剥离！”光柱中的创世能量将碎片中的机械能量、混沌能量与时间能量强行分离，机械能量被超时空飞空大针蜂带走，混沌能量被净化成光粒，时间能量则重新流回时计核心。
随着碎片被净化，缠绕在核心上的机械混沌体逐渐消散，时间符文重新亮起金色光芒，塔顶疯狂旋转的时钟指针也恢复了正常，百刻市的时间乱象彻底消失——街道上的行人恢复正常行走，停滞的树叶继续下坠，城市又恢复了往日的平静。
紫菀看着恢复正常的时计核心，激动地说：“成功了！百刻市的时间秩序回来了！你们拯救了这里的未来！”莉娜的检测仪显示，甲贺忍蛙的能力又有了新的突破：“小智版甲贺忍蛙现在能操控‘时间羁绊能量’，释放的创世羁绊手里剑不仅能破甲、净化，还能短暂修正时间紊乱，以后面对时间类混沌能量，也能轻松应对！”
傍晚，众人站在时计塔顶，看着夕阳下的百刻市。紫菀递给林夜一份时间检测报告：“根据报告，目前全球只剩下Sinnoh帷幕市的‘帷幕核心’还存在机械混沌能量异常，那里是控制Sinnoh地区暗能量的中枢，要是被污染，可能会唤醒沉睡的暗之力量！”
林夜接过报告，目光坚定：“那我们下一步就去帷幕市！彻底清除所有机械骑拉帝纳的核心碎片，让整个宝可梦世界恢复和平！”小智立刻举起拳头，甲贺忍蛙也跟着举起手中的创世羁绊手里剑，喷火龙X发出激昂的咆哮，超时空飞空大针蜂则在众人头顶盘旋，翅膀扇动着，画出一道青金色的空间轨迹，指向Sinnoh地区的方向——最后的决战，在暗能量与机械混沌的交织中，即将拉开序幕。
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