椰蛋森林的阳光格外炽热，嘉年华节的欢笑声从远处传来。小智和沈凌霜刚踏入森林，就听到一阵混乱的嘶吼——十几只椰蛋树正疯狂地挥舞着叶片，追得游客们四处逃窜。“怎么回事？”小智急忙掏出精灵球，“小火龙，我们上！”
红色的小火龙跃出精灵球，对着最前面的椰蛋树喷出一道“火花”。火焰命中椰蛋树的树干，它吃痛地停下脚步，却更加愤怒地发起攻击。沈凌霜见状，轻轻抚摸着怀里的伊布：“伊布，该我们了，用‘电光一闪’！”伊布身形一闪，灵活地绕到一只椰蛋树身后，用身体狠狠撞去。椰蛋树重心不稳，踉跄着摔倒在地。
战斗中，小火龙越战越勇，周身突然泛起耀眼的白光——它的体型变大，鳞片变得更坚硬，尾巴上的火焰燃烧得更旺，竟进化成了火恐龙！进化后的火恐龙力量大增，一口“喷射火焰”就逼退了三只椰蛋树。可没过多久，火恐龙却突然变得暴躁起来，小智让它停止攻击，它反而对着小智吼了一声，独自冲进椰蛋树群里乱打一通。
沈凌霜则专注于对战，他发现一只格外强悍的椰蛋树，便让伊布用“撞击”吸引其注意力，趁它不备，抛出精灵球成功将其收服。“终于解决了！”沈凌霜松了口气，转头却看到小智正焦急地呼唤着火恐龙，可火恐龙根本不理会，反而对着天空喷出一道火焰。
离开椰蛋森林后，两人听说爷爷峡谷发现了已灭绝的宝可梦化石，便急忙赶去。峡谷里到处都是挖掘者，小智的劲敌小茂正指挥着手下小心翼翼地挖掘化石。“小智，你也来凑热闹？”小茂瞥了他一眼，语气里满是不屑。小智刚想反驳，脚下的地面突然塌陷，他和沈凌霜双双掉进了一个深不见底的洞穴。
洞穴底部漆黑一片，小智掏出打火机照亮，竟看到许多本应灭绝的宝可梦——菊石兽在水中游动，多刺菊石兽挥舞着触手，化石盔和镰刀盔在岩石上爬行。“这是……化石宝可梦！”沈凌霜惊讶地说。可就在这时，洞穴深处传来一声巨响，显然是挖掘爆炸惊醒了这些远古精灵，它们愤怒地朝着小智和沈凌霜发起攻击。
“来而不往非礼也！”沈凌霜眼神一凛，派出刚收服的椰蛋树用“飞叶快刀”反击，又让飞天螳螂用“劈开”对抗镰刀盔。战斗中，他发现一只多刺菊石兽和一只镰刀盔格外勇猛，便决定收服它们。沈凌霜让小磁怪用“电磁波”干扰，趁它们行动迟缓时，精准抛出精灵球，成功将两只化石宝可梦收服。
突然，一只巨大的化石翼龙从洞穴顶部飞了下来，它锋利的爪子抓住小智的肩膀，带着他飞出了洞穴。“小智！”沈凌霜急忙派出暴鲤龙，骑上它朝着化石翼龙追去。空中，火恐龙被化石翼龙的攻击击中，愤怒之下再次进化——这次，它变成了威风凛凛的喷火龙！喷火龙对着化石翼龙发出一声咆哮，展开翅膀追了上去。
化石翼龙带着小智飞到一片空旷的山顶，或许是察觉到喷火龙的威胁，又或许是对这个人类没有恶意，它松开爪子，将小智轻轻放在地上。小智刚站稳，就看到喷火龙怒气冲冲地扑了上来，对着化石翼龙展开攻击。可喷火龙刚进化，还无法完全掌控力量，几个回合下来就被化石翼龙打得节节败退，翅膀上还被划出一道伤口。
“喷火龙！”小智焦急地大喊，却依旧无法让叛逆的喷火龙听从命令。就在这时，沈凌霜骑着暴鲤龙赶到山顶，他一眼就看到了受伤的喷火龙和气势汹汹的化石翼龙。“小智，你没事吧？”沈凌霜跳下暴鲤龙，立刻掏出精灵球，“卡比兽，出来挡住它！”
圆滚滚的卡比兽瞬间落地，像一堵墙一样挡在小智面前。化石翼龙的“翅膀攻击”打在卡比兽身上，卡比兽只是晃了晃，毫发无伤。沈凌霜又派出超音蝠：“用超声波！”超音蝠发出尖锐的声波，化石翼龙的飞行轨迹开始变得混乱。可没过多久，它就挣脱了干扰，对着卡比兽喷出一道“热风”，卡比兽被烤得连连后退。
“雷丘，偷袭！”沈凌霜大喊。雷丘从岩石后面窜出，纵身跳到化石翼龙背上，用充满电力的拳头狠狠砸下——“雷电拳！”化石翼龙惨叫一声，身体剧烈震颤，显然受了重伤。一旁的奈亚眼中闪过奇异的光芒，对着化石翼龙轻轻一点，无形的力量让化石翼龙瞬间晕眩，在空中摇晃着差点摔倒。
沈凌霜此时已经筋疲力尽，汗水顺着脸颊滑落，但他还是抓住这最后的机会，掏出一枚精灵球，用尽全身力气扔了出去。精灵球精准地命中化石翼龙，红光闪过，将它收了进去。球身在地上晃了三下，终于稳定下来。沈凌霜长长地舒了口气，连忙将所有宝可梦收回万象图，才瘫坐在地上。
就在这时，一只胖丁从天而降，它看到山顶上的众人，便张开嘴巴唱起了歌。温柔的歌声响起，所有的宝可梦和人都渐渐睡着了。第二天早上，小智醒来时，发现身边多了一颗粉色的宝可梦蛋。后来，这颗蛋孵化出了一只可爱的波克比，成为了队伍里的新伙伴。而喷火龙虽然依旧叛逆，却在这次战斗中，悄悄认可了小智的关心。
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