哈利、罗恩和赫敏决定调查魔法石的事情。他们首先怀疑的是斯内普教授，因为他总是形迹可疑，而且似乎对三楼的那扇门很感兴趣。
一天晚上，他们偷偷来到三楼走廊，看到斯内普正在试图打开那扇被禁止进入的门。斯内普念了一个复杂的咒语，门上的锁发出了咔哒一声，但门并没有打开。他皱了皱眉，转身离开了。
“他肯定是想偷魔法石！”罗恩小声说。
“我们必须告诉邓布利多校长！”赫敏说。
但哈利觉得事情可能没有那么简单。他想起了奇洛教授，那个总是戴着围巾、看起来胆小如鼠的老师。奇洛教授的围巾下面似乎藏着什么秘密，而且他总是在斯内普教授出现的时候表现得很不自然。
为了验证自己的猜测，哈利、罗恩和赫敏开始密切关注奇洛教授。他们发现奇洛教授经常在深夜去禁林，而且他的围巾似乎越来越厚了。
与此同时，魁地奇比赛开始了。格兰芬多的第一场比赛是对阵斯莱特林。比赛当天，天空下起了大雨，但这并没有影响比赛的激烈程度。
哈利作为找球手，在球场上飞来飞去，寻找金色飞贼的踪迹。斯莱特林的找球手是德拉科·马尔福，他骑着最新款的“光轮2001”，速度非常快。
比赛进行到一半时，哈利突然发现金色飞贼在他面前闪过。他立刻追了上去，马尔福也紧随其后。就在哈利快要抓住金色飞贼的时候，他的扫帚突然开始不受控制地摇晃起来，似乎有人在下面施了咒语。
“是斯内普！”罗恩在看台上大喊，“他在诅咒哈利的扫帚！”
赫敏立刻明白了，她拿出魔杖，念了一个破解咒，然后把一大瓶水倒在了斯内普的头上。斯内普被浇得浑身湿透，诅咒也被解除了。
哈利趁机抓住了金色飞贼，格兰芬多赢得了比赛！整个球场都沸腾了，哈利成了格兰芬多的英雄。
比赛结束后，哈利更加确定斯内普有问题。但他和罗恩、赫敏分析后，又觉得事情有些蹊跷。如果斯内普真的想阻止他，为什么不直接在训练的时候动手，而要等到比赛这么关键的时刻？
他们决定再深入调查一下。通过查阅图书馆的资料，他们发现守护魔法石的机关一共有七个，分别是：
1. 斯普劳特教授的魔鬼网，一种会缠绕人的植物，只害怕阳光。
2. 弗立维教授的飞行钥匙，需要找到正确的那把才能通过。
3. 麦格教授的巨型巫师棋，需要下棋赢了才能通过。
4. 奇洛教授的巨怪，被关在一个房间里。
5. 海格的三头犬路威，负责看守通往魔法石的活板门。
6. 斯内普教授的魔药谜题，需要选出正确的魔药才能通过火焰的考验。
7. 邓布利多校长的厄里斯魔镜，只有心怀坦荡、不想利用魔法石的人，才能得到它。
哈利、罗恩和赫敏意识到，要想阻止伏地魔（他们猜测是伏地魔附身或者控制了某个人）得到魔法石，他们必须亲自去闯这些机关。
圣诞节假期来临，大部分学生都回家了，哈利因为没有地方可去，选择留在学校。罗恩也留了下来，他的父母带双胞胎兄弟去了埃及。赫敏则回家过圣诞，但她很快就回来了，因为她担心哈利和罗恩。
圣诞夜，哈利收到了一份礼物，是他的父亲留下的一件隐形衣。有了隐形衣，哈利可以在城堡里自由活动，不被人发现。他决定利用隐形衣，去调查三楼的那扇门。
一天晚上，哈利穿着隐形衣，来到了三楼走廊。他看到奇洛教授正在试图打开那扇门，而斯内普则在旁边阻止他。
“你不能这么做，奇洛！”斯内普严厉地说，“邓布利多会发现的！”
“我必须得到魔法石，为了主人！”奇洛的声音变得嘶哑而怪异。
就在这时，三头犬路威被吵醒了，它发出了震耳欲聋的咆哮声。奇洛和斯内普赶紧离开了。
哈利明白了，真正想偷魔法石的是奇洛教授，而斯内普一直在暗中保护他。他之前误会了斯内普。
哈利赶紧回到公共休息室，把这个发现告诉了罗恩和赫敏。他们决定立刻去阻止奇洛。
他们来到三楼走廊，打开了通往活板门的门。路威正在睡觉，哈利用海格给他的竖琴弹奏了一首催眠曲，路威很快就睡着了。
他们沿着活板门下去，开始闯各个机关。他们先是通过了魔鬼网，赫敏用火焰咒点燃了火柴，魔鬼网害怕阳光，自动退开了。然后他们找到了正确的飞行钥匙，通过了弗立维教授的机关。
接下来是麦格教授的巨型巫师棋。这是一个非常危险的机关，棋子都是活的，而且会真的伤人。罗恩自告奋勇，担当了下棋的任务。他指挥着棋子，和对方展开了一场激烈的战斗。最后，罗恩牺牲了自己的“骑士”，让哈利和赫敏通过了棋盘。
“你们先走，”罗恩说，“我会没事的。”
哈利和赫敏继续前进，他们遇到了奇洛教授放出来的巨怪。赫敏用“统统石化”咒把巨怪定住了。
然后，他们来到了斯内普的魔药谜题前。面前有七个瓶子，分别装着不同的液体，旁边还有一段诗：
“危险在眼前，安全在后方，
我们中间有两个可以给你帮忙。
把它们喝下去，一个领你向前，
一个把你送回原来的地方。
还有四个是凶手，喝了它们会死。
一个是毒药，一个是酒，
两个在左右，两个在前后，
毒药在左，酒在右，
如果你想前进，
请选择那瓶最小的，
或者那瓶最大的。”
赫敏仔细分析了诗句，很快就找出了正确的魔药。“哈利，你喝那瓶最小的，它能让你通过火焰。我喝那瓶最大的，它能让我回到原来的地方，去通知邓布利多校长。”
“可是你一个人太危险了！”哈利说。
“没时间了，”赫敏坚定地说，“你必须去阻止奇洛，阻止伏地魔！”
哈利点点头，喝下了那瓶最小的魔药。火焰在他面前分开，露出了一条通道。他沿着通道往前走，来到了最后一个机关——厄里斯魔镜前。
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