书接上回
二十五年前，第一只怪兽--百慕拉袭击了地球，日本东京被毁的龙森湖已成为永久的历史。蓝色的球状物体的激光将世界惊动了。
而蓝色球状物体正是百慕拉的前身。
从此，新闻已将怪兽推上了网站。因为，全世界开始恐惶，因此，科特队成立了。
但仅仅以人类的技术还是无法击败怪兽的，人类一度陷入了恐慌。所以人类只能拿出最后杀手锏，核弹。
随着核弹发射次数越加频繁，怪兽开始适应核辐射，而人类，却因为核辐射危害与怪兽增多，只能被迫移居月球。
但随着物资减少，人类只能让老弱病残死亡，来节约物资，而健次朗的爷爷正是其中一位。
健次朗的父亲早田进为了让人类重回地球，不让他父亲的牺牲白费，组织成立了第2支科特队，重新与怪兽战斗。
但，又一次失败了，在飞机坠毁的那一刹。早田进，彻底消失在了世界上。可事情并没有就此完结，奥特曼来到了地球，人类的历史重新开始。
最后一战，芝顿星人途经地球，因其飞船带有放射性物质被人类视为敌人。究极兵器--芝顿降临。奥特曼的故事，或许将要结束了，可谁也没有想到，早田进，消失了……
队员们意外发现，早田进的尸体出现在空中，并慢慢降落之时，奥特曼的尸体，消失了。
在验尸的过程中，队员们发现早田进的尸体中残存的DNA与奥特曼完全相同。
这代表着，旱田进就是奥特曼。为防止早田进遗体被解刨，众人保留了这个秘密。但，谁又料到，风波未平呢?
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