经过了“百日末世”之后，太阳系全部沦陷，未能搭乘移民船离开的人类被灭绝。之后，机器人部队开始有组织地捕杀逃亡到太空的人类。
为了避免被大规模捕杀，人类不得不放弃了自身的组织，开始以每艘船为单位，分成无数个方向，在全宇宙范围内突围。在这个过程中，有将近一半的人类被捕杀，但还是有将近四千万人幸存下来。而个各自逃亡的人类也开始发展自己的移民船，使它变得更大，可以容纳更多的人。
在历经三十年的逃亡后，大部分人类在银河系一个叫“失落的历史”星系会盟，一共有3000多艘移民船，总人口3000多万。人类宣布形成松散联盟，会盟之后，继续各自逃亡，但他们约定每年会盟一次，同时决定了彼此联络和科技互通的方法，以便共同研发科技。
因为人类有在危机中潜力暴增的天性，在短短的六年内，人类就完成了过去一百年也不大可能完成的进步——他们在基因学方面取得了巨大突破，开始推出“新人类”计划。
相比过去的人类，新人类无论在体力还是智力甚至寿命上都拥有压倒性的优势，而且这种优势还将随着基因一代代的繁衍而变得越来越明显。
新人类计划推出后一百零四年的公元3831年，人类取得了另一项重大科技进步——“亚空间跳跃”航行法。这项科技使得人类每次“亚空间跳跃”可以前进五光年。
六十三年后，人类发现了通过自然繁衍来优化基因的方法。从这个时候开始，人类的基因优化就主要通过生育手段来完成。
又过了一百年，来到公元4000年，人类的寿命已经是从前的十倍，平均寿命高达八百六十二岁，而他们的智力和体力都与从前的人类完全不可同日而语。
更重要的是，人类内部形成了更加精确的分工制度，人类将所有的工作分为五个大类：战斗（战术）、技术、魅力、战略、操作。所有的职业都规划在这五个系统之下，每个人都根据人类的需要，一代又一代地通过基因优化来使得自己与子女更加适合所属的岗位。
这种方式使得人类的生产力和战斗力得到最大程度的发挥。
于是，总数高达十亿的人类派出一千二百名代表，在“失落的历史”再次会盟。通过这次会盟，人类宣布他们已经厌倦了逃亡生涯，他们要杀回老家去。
第二年，准备充足的人类在一千二百人组成的“星际大会”的组织下，向太阳系进发，开始了复仇之战。
这个时候，人类才发现机器人也已经不再是过去的机器人。机器人的科技虽然发展没有新人类那么快，但是，他们拥有近乎无限的量产能力。当人类在“失落的历史”星球附近自我发展时，机器人已经蔓延了将近一百个太阳系那么大，总“人口”高达一万亿。
这根本就是场无望的战争，在进行了为时三十年的复仇战争、消灭了近千亿机器人、自身也付出了丧亡过亿的代价后，人类不得不和机器人签订了《上海谅解条约》，宣布媾和。
虽然签署了和平协议，但因为人口上的劣势，新人类始终生存在机器人的包围中，惶惶不可终日。最后，这一问题也在公元4065年得到了解决--一名科学家发现了打开前往新宇宙的方法。
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