黄药师被人带走醒来后，发誓要为师父报仇，灭了魔教，他回来后，重整逍遥派，继承了逍遥派掌门之位，石青璇继承了魔教教主，回到魔门，居然发现自己怀孕了，石青璇和黄药师接触中，对他也不是全然无情，所以她犹豫了一瞬，决定生下这个孩子，石青璇最终产下一子，8年后，逍遥派恢复正轨，黄药师也练成了逍遥派至高心法《逍遥宝典》，他要灭了魔教，替师父和众位师兄弟报仇，魔教被灭时，石青璇将儿子托付给自己衷心婢女，让她带着儿子离开，自己决定甘心等死，可没想到，自己的儿子摆脱了婢女又跑回来，抱着石青璇不松手，要石青璇和他一起离开，就在这时黄药师拿着剑进来了，他看着8年未见的石青璇，神色复杂，他看着石青璇护在怀里的孩子，道：“没想到8年未见，你居然又嫁人生子了。”
石青璇说道：“你要是有恨，朝我发，不要波及到孩子，我并没有嫁人，这孩子是你的骨肉，我死后，希望你能将他接回去，好生抚养。”说完，石青璇打晕了儿子，自己拔剑就要自刎，却被黄药师用剑拦住了她，黄药师说道：“我不会让你死的，我要让你活着，生不如死。"黄药师废除了石青璇的武功，带她和孩子回了逍遥派。
黄药师发现他还是不舍得杀石青璇，但他也放不下对她的芥忌，就将石青璇关了起开，孩子也接到了自己身边，想要好生教导，但因为儿子自小长在石青璇身边，和其关系亲厚，并不买他这个生父的账不说，还对他充满了怨恨，怨恨他将石青璇关了起来，不让他见母亲，怨恨他带人灭了魔教，使得他的好友还有对他十分好的魔教的叔叔阿姨们身死。因为大家都知道石青璇被关起来了，逍遥派许多人因为石青璇出卖逍遥派，使得魔门攻打进逍遥派， 造成逍遥派死伤无数，对她怨恨不已，要求黄药师杀了她，黄药师不为所动，姜如雪是黄药师的小师妹，也是她师父的女儿，当年父亲身死时，她还小，如今她得知石青璇被关起来 ，她想要亲自杀了她，结果被黄药师用剑拦下，让她离开这里，姜如雪知道自己不是黄药师的对手，只好愤恨离开，她为了复仇，就想给黄药师下药，让他暂时不能使用内力，这样黄药师就不可能拦住她，她就可以杀了石青璇了，黄药师对姜如雪不设防，所以喝下了她倒得茶，等他意识到不对时，他已经不能动用内力了，姜如雪拿着剑去找石青璇，正要杀了她时，黄药师赶来，挡在了石青璇身前，自己被姜有雪一剑刺中，姜如雪没想到会刺中黄药师，吓得直接跑了出去，石青璇抱住黄药师问道：”为什么你不杀我，却将我关起来，又为什么救我？“
”因为我爱你，所以不想要你死，但因为师门的仇，我不能不报，所以只好将你关起来。“黄药师回答。
石青璇听了他的话，神色复杂，她说道：”剑上有毒，你怕是活不下去了，这毒会让人活活痛死的，你师妹还真恨我，居然在剑上涂了这种毒，用来杀死我，如今你怕是也会活活痛死了。“
”青璇，我想问你，你有没有爱过我？“黄药师问道。
”爱过。"石青璇见黄药师痛成这样，还有心情问自己这个问题。
“那就好。”黄药师听后笑了起来，他道，“你杀了我吧，我想死在你手里，起码是死在自己心爱之人手里。”
石青璇听黄药师这么说，又见他十分痛苦的样子，拿起了他的佩剑，拔了出来，颤抖的刺进了黄药师的心口，黄药师嘴角流出了血，缓缓闭上了眼。
一阵天旋地转，石青璇回了现实世界，黄药师也醒过来，突破成为大宗师了，他醒来后，将石青璇搂在了怀里，道：“夫人，谢谢你。”谢谢你不顾危险，进入我精神世界，助我突破生死大关，让成为大宗师。
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