此外，朱棣还致书大宝法王分别于山西五台山、南京灵谷寺为仁孝皇后建斋追荐冥福， [25] 现存两份书信均为黄蜡纸本、描金龙纹、汉藏文，原藏大昭寺；命正一嗣教真人张宇初率诸道众为仁孝皇后举荐扬大斋祈福超度。 [26] 徐皇后的突然去世对朱棣打击很大，他一度无法接受这样的事实，因而十分悲伤，在谥册中提到“岂意盛龄，遽焉倾逝，朕心恸悼，万姓尽伤。” [1] 由于朱棣的重视，徐皇后的丧礼规格在明清两代历史上都是极为隆重的。
永乐五年十一月十四日，冬至，以仁孝皇后丧免朝贺，朝鲜国王李芳远派遣陪臣朴山言奉仪物致祭仁孝皇后。 [16]
永乐六年八月二十日，浡泥国王麻那惹加那惹乃率其妃及弟妹男女并陪臣来朝，王妃所要进献给皇后的笺表为金缕文，并且有本地土产奉上。这时徐皇后已经过世，朱棣便命人将其所进献的笺表和土产陈列于灵前。 [16]
永乐七年正月二十一日，暹罗国王昭禄群膺哆罗谛剌派遣使臣柰使赖卒等奉仪物致祭仁孝皇后，朱棣命中官到灵前告知。 [16]
出于对徐皇后的深爱，朱棣从未在其生前册封过一位妃子，直至永乐七年二月，徐皇后去世逾年，朱棣才举行册封典礼，正式册封后宫诸嫔妃。 [37-38]
永乐七年二月（1409年），朱棣北巡，回到了盛满往事的北平，并着手迁都事宜，于是命礼部尚书赵羾和江西术士廖钧卿等前往北京一带卜选陵址，随即选得吉地于昌平县天寿山，同年动工营建陵寝。由于徐皇后一时无法入土为安，朱棣便将她的灵柩停放在南京皇宫中整整六年。 [16]
永乐十一年（1413年）二月长陵地下玄宫落成，朱棣命次子汉王朱高煦将母亲仁孝皇后的梓宫从南京护送至北京葬于长陵，同时下令巡狩北京，跟随亡妻的灵柩北上。 [39] 徐皇后也是入葬明十三陵的第一人，此后朱棣频繁巡幸北京，动辄逗留数年。
永乐二十二年（1424年）七月十八日，壮志未酬的朱棣病逝于征讨漠北回师途中，享年六十五岁，临终之际除交代传位皇太子及身后丧礼等事，还留下遗嘱将来让仁孝皇后的神主与自己的梓宫合于一处祭祀。同年十二月，朱棣与徐皇后合葬长陵。 [42]
永乐二十二年（1424年）九月初一，仁宗朱高炽遵照朱棣临终时的遗嘱，将母亲仁孝皇后的神主与父亲朱棣的梓宫合于一处祭祀。也正是由于朱棣的遗嘱，使得他们成为明清两代唯一一对已经去世多年的皇后和刚刚去世的皇帝同一天、同地点、同礼仪上尊谥的帝后。九月初十，仁宗为朱棣上尊谥曰“启天弘道高明广运圣武神功纯仁至孝文皇帝”，庙号“太宗”；为仁孝皇后上尊谥曰“仁孝慈懿诚明庄献配天齐圣文皇后”。升祔太庙。 [11] [27]
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