此事同样见于唐海沂《我的两位姑母——珍妃、瑾妃》记载“珍妃、文廷式、志锐的行动引起了主和派的忌恨，加之文廷式、志锐又奏过李鸿章一本，因此李鸿章授意其心腹——御史杨崇伊，反奏“文廷式企图支持珍妃夺嫡，取代隆裕皇后；反对慈禧听政，支持光绪皇帝自主朝纲。”这样，慈禧恨透了文廷式、志锐和珍妃。她本来就想废掉珍妃，正无碴儿可找，借此机会正可解心头之恨。就下旨以“交通宫闱，扰乱朝纲”的罪名，将文廷式革职，赶出毓庆宫，永不录用；志锐从礼部侍郎被贬职，出任乌里雅苏台（蒙古境内，距乌兰巴托正西1800里）参赞大臣。珍妃之事也把姐姐瑾妃牵连进去，姐妹双双受了廷杖，二妃从贵妃降为贵人。”
此次珍妃挨打，应发生于光绪二十年十月二十八日，学界注意到珍妃脉案奇怪记载，，太医张仲元脉案记载：“抽搐气闭，牙关紧闭”、“人事不醒，周身筋脉颤动”、“恶寒发烧，周身筋脉疼痛”，这些现象只能以受过廷杖解释。
另外光绪帝在1894年曾杖责过慈禧太后宠监李莲英，慈禧太后杖责珍妃，从某些方面来说，也是为了私愤。
1898年，戊戌变法失败，光绪帝被幽禁，作为为光绪帝发展了不少维新人才（如文廷式，志锐）的珍妃受到牵连，再次被施以褫衣廷杖，并幽闭于钟粹宫后的北三所。
《故宫通览》中说珍妃被囚禁的这个小院原是明代奶妈养老居留的地方，珍妃入住后，正门被牢牢关上，打上内务府的十字封条，珍妃住在北房三间最西头的一间，屋门从外面倒锁着，吃饭、洗脸等均由下人从一扇活窗中端进递出。珍妃所食为普通下人的饭，平时不准与人说话。逢年过节或每月初一、十五，这些别人高兴的日子，看守她的一位老太监就代表慈禧对她进行训斥。训斥在午饭时进行，老太监指着珍妃的鼻子列数罪状，珍妃得跪着听训。训斥结束，珍妃还必须向上叩头谢恩，她每天只许上一次厕所。
沉井与后事
光绪二十六年（1900年）7月20日，八国联军兵临北京城下。慈禧决定携带光绪等一行人出走西安。此时，大家都换了百姓布衣聚在宁寿宫后殿的乐寿堂，慈禧忽感触前事，出珍妃于牢院。以“珍妃年轻貌美，必遭洋人侮辱，愧对列祖列宗。”等藉口，强词带走珍妃不便，留下又恐其年轻惹出是非，因命太监将乐寿堂前的井盖打开，要珍妃自尽，珍妃不肯死。众人遂令太监将珍妃推入井中，年仅二十五岁。执行此命的是慈禧的领班太监崔玉贵和宫女王德环。
主流史学界认为珍妃的死因是因为支持光绪进行戊戌变法，向慈禧争夺最高权力而触怒了慈禧太后，但部分史学家认为，珍妃主要因多次违反宫闱禁忌，卖官受贿，再加上清德宗对她情有独钟，冷落了慈禧的亲侄女隆裕皇后，最终落得被杀害的下场。
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