崇德元年(1636年))八月十六日,额尔德尼琪琪格所出的察哈尔公主马喀塔入清宁宫见她,固伦额驸额哲依和衮定古希喇嘛不曾起立,皇太极称额驸年幼无知,免去其罪,衮定古希喇嘛则被贬作果莽绰尔济喇嘛的使令;八月二十二日,察哈尔公主及固伦额驸额哲依要离开,皇太极便带同国君福晋、西大福晋、西侧福晋率领和硕福晋等命妇及文武各官,在巳刻出地载门,至十里外举行大宴。和硕郑亲王夫妇在礼毕后,迎送察哈尔公主夫妇离开。
崇德元年(1636年)十一月初二日,额尔德尼琪琪格所出的察哈尔公主马喀塔又再回京,皇太极命睿亲王、豫亲王率领大臣去迎接公主;十一月初三日,清明平安宫国君福晋、根本仁爱宫西大福晋、有福宫西侧福晋率领诸王、贝勒之福晋及诸大臣之妻,在十里外举行大宴迎接公主他们入城;十一月初四日,察哈尔公主进献琥珀素珠、嵌绿松子石青金石辔鞧对等物。
崇德五年(1640年),皇太极偕国君福晋、诸妃去察哈尔公主所在地行猎;同年十月,额哲依夫妇回京探亲。
顺治元年(1644年),八月,皇太极去世后以国礼焚化梓宫及安葬山陵时,在康熙版《世祖章皇帝实录》中,这两天的活动似均以额尔德尼琪琪格领衔,为完善制度位份称其当时已为“中宫太后”;而乾隆版《世祖章皇帝实录》则改以摄政和硕郑亲王领衔,删减大部分“皇太后”额尔德尼琪琪格的内容。
顺治帝继位后,未没有尊额尔德尼琪琪格为皇太后。
顺治朝满文版的《内国史院档》等史料记载蒙古进贡物品给哲哲抑或蒙古亲贵入宫时,都称额尔德尼琪琪格为国君福晋或固伦额真福晋,而和硕特汗国的顾始合罕哈屯在顺治初年曾写了一封信给哲哲,信中就写有“献给国君哈屯”的字眼。满文祭文内顺治帝对哲哲的称呼则为“母亲国君福金”。
顺治二年(1645年)九月十四日,蒙古科尔沁部和硕福妃衮布、和硕贤妃博礼、满珠习礼的妻子多罗格格和桑噶尔斋国舅夫妇进京朝见顺治帝,福妃、贤妃及桑噶尔斋舅母等女眷由固伦额真福晋额尔德尼琪琪格在所住宫室接待。九月二十日,皇宫内再次为福妃及贤妃等举行筵宴,依旧是由固伦额真福晋额尔德尼琪琪格招待。
顺治六年四月十七日(1649年5月28日),身为国君福晋的额尔德尼琪琪格在北京紫禁城内病逝,享年五十一岁。初祭、大祭等丧葬礼仪与清太宗之例相同。
顺治七年(1650年)二月丁亥,上尊谥曰:孝端正敬仁懿庄敏辅天协圣文皇后; 二月戊子,奉移梓宫于昭陵。雍正、乾隆两朝累加谥,曰孝端正敬仁懿哲顺慈僖庄敏辅天协圣文皇后。