最后，小智一行除开单独行动的小光，一共四人和森林管理员木叶小姐，最后都在巨蔓藤的据点汇合，最终才知道，巨蔓藤是为了拯救整片森林的核心大古树。
最后，在小智卡BUG，在树林龟被吸走体力后，又用光合作用恢复。
不过，这次因为小梦的存在，不等木叶小姐找到古树被雷劈开的根系部分可以治愈的位置，小梦却直接通过常磐之力找到生机连接处，然后叫出了罗丝雷朵，同巨蔓藤以及它的几个同伴，一起使用生长的力量外放将受损伤的根部长新重新连接了起来。
小梦然后用常磐之力看着这颗古树庞大的生命力，当然，受损伤的部分也已经得到了解决，现在它自己的自愈能力也能把其中的杂质排出。
最后，火箭队日常招仇恨，还让象牙猪自行学会了催醒。
经历了巨蔓藤事件后，一行人途径一个城镇，陪着小光看着一个电视节目《神奥小精灵大胜利》，小梦见此也就是闯关大冒险得奖品得节目罢了，在看到得时候，小梦脑海里冒出前世一个相当知名的闯关节目的名字。
就在一行人出发然后来到下一个城镇新芽镇的时候，就看到了举办《神奥小精灵大胜利》的广告，小梦立刻反应过来这是火箭队的新招。
所以，小梦直接选择了单独行动，准备去吃点东西，梓软则是和小智一行去参加了。
火箭队举办的假《神奥小精灵大胜利》勾出了两个犯罪份子，最后在小智一行的活跃下，以及暗访的君莎小姐成功抓获。
当小智一行和小梦汇合时，小梦手中还抱着一桶日式关东煮，小智也是佩服小梦这么爱吃。
结束了新芽镇的小插曲，持续旅行的一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。
就在小梦踏足这个城镇的一瞬间，宇宙虚空之中最深处的黑洞之中，一双眼睛突然睁开。
“终于要相遇了吗？外来者！前面铺垫的一切终于汇聚起来，希望‘它’会给你带来不错的体验。”
说完，这双眼睛之中，居然倒影出现在小梦旅行中的画面。
在进入米季纳城镇之前，看到外面清澈的河流，以及四周秀丽的景色，小智提议休息玩耍一番再说。
大家也都没有意见，叫出了小精灵们，五人换上了泳装跳入了河流之中。
就在玩得兴起的时候，从上流飘下来三个西瓜，然后西瓜的主人少年间太和少女佳子寻了过来，并提出了小精灵对战。
小智听到这个肯定来劲，大家回到岸上擦干换回日常服饰后，小智和小光组队和这对少年少女进行双打对战。
四人的双打对战也吸引了来往的路人驻足观看。
看着小智和小光赢下胜利后，间太和佳子也请了大家吃西瓜，顺便还当起了向导带领大家参观遗迹。
米季纳这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进，就在大家来到一处山崖河水旁时，异变突起······
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