在旅行的过程中，皮卡丘不小心被苹果噎住，大家带它到一家医院里，遇到了杜医生，在杜医生的治疗下，皮卡丘被治好了，就在这时，神奇宝贝中心紧急来电，要求杜医生所在的医院接受一些受伤的神奇宝贝，杜医生只得临危受命，然后委托小智他们帮忙，最终一伙人留下来帮忙治疗。墨染和晓柒的常磐之力负责治愈有严重外伤的神奇宝贝，其他一伙人给其他的神奇宝贝进行治疗，然后火箭队的神奇宝贝也来接受治疗，他们的神奇宝贝治疗好后他们想抓住这里的神奇宝贝，但阿柏蛇它们不肯，然后他们又一次空手；然后一行人在继续旅行的途中，发现了小次郎的寻人启事，被小次郎家的管家带走，然后得知小次郎为何抛弃原有的生活，要离家出走的原因，大家想帮忙，但无奈只能一旁观看，最后小次郎终于逃离了出来，并且带上了他的卡蒂狗小卡；一行人在旅行中被一只大葱鸭骗走了所有的精灵球，同时火箭队的神奇宝贝也被骗走了，大家一起去找那个骗子算账，最终骗子被抓，小霞的神奇宝贝也拿回来了；一行人在继续旅行中，发现小智在大傻谷捡到的那枚蛋要孵化了，大家开始为争夺这枚蛋的归属是谁的问题展开了争夺，最后蛋孵化出了一只波克比，而这只波克比像原著中那样选择了小霞；然后一行人在旅行中发现妙蛙种子有要进化的征兆，然后大家发现了不可思议花园，但小智的妙蛙种子拒绝进化，惹恼了妙蛙草和妙蛙花，之后火箭队又跑出来捣乱，小智的妙蛙种子在这个时候学会了阳光烈焰，并没有蓄力太久，一下子就发射出去，最终赢得了妙蛙花长老的谅解；后来一行人来到了玩偶镇，这个时候正在举办娃娃节，莎莉娜和晓柒一听说在这个时候女孩子买任何东西都可以打折，马上展开了疯狂的购物，可苦了他们这些男孩子了(墨染表示明明我也是女孩子啊！只是打扮的像男孩子而已！！！)然后玩偶镇举办了一场神奇宝贝娃娃女王的比赛，一行人中也就小霞参加了比赛，因为他们家虽然有很多的娃娃，但基本上都是她姐姐的，她自己的一个也没有，莎莉娜和晓柒对女儿节娃娃并不感兴趣，也就没有参加。最终，小霞用自己的神奇宝贝闯入了决赛，武藏也打到了决赛，而打到最后，小霞的神奇宝贝前三只都败给了武藏的大舌头，最后还是可达鸭力挽狂然，打败了大舌头，让小霞成为了冠军；一行人继续旅行，路过一家育幼院，大家放出自己的神奇宝贝跟孩子们玩耍，一位名叫阿勉的孩子希望可以和喵喵玩耍，最终大家开始寻找那只喵喵，最终找到了；后来一行人走在森林的路上，发现了一座警犬卡蒂狗训练所，小智他们参加了训练，和原著完全不一样，分分钟完美过关，之后火箭队用气体把大家的声音都改变了，还让卡蒂狗的鼻子失灵，企图以假乱真，还命令卡蒂狗们攻击君莎与小智等人，但最终卡蒂狗与君莎小姐的羁绊起了作用，卡蒂狗们没有上当，还赶跑了火箭队；然后一行人又继续旅行，遇到了天才摄影师阿彻，他想给皮卡丘和小梦拍照，小梦表示无所谓，反正也拍不了(幽灵系的)，但皮卡丘有些不习惯按快门的声音，所以是拒绝的，而阿彻非常执着，一定要给皮卡丘拍照，最后得知火箭队欺骗了他，同时他们还跑出来要对付小智他们，但还是被打飞了
为了得到第七枚徽章，小智等人坐游轮前往红莲岛
小智呀呼！第七枚徽章！我来了！
小智在游轮上大喊道
墨染别叫啦！像个白痴似的！
小智可是一想到可以得到第七枚徽章我就止不住兴奋啊！
小茂果然是笨蛋啊，连这么大的事都没听说过
此时一个熟悉的声音传来，小智和墨染转身一看，小茂穿着一身度假服坐在那里，以藐视的语气对小智说
小智你怎么会穿成这样在这啊！
小茂看不出来吗？笨蛋，在度假啊
小茂本少爷给某个笨蛋说明一下，红莲岛在过去的确是神奇宝贝训练家的憧憬之地，但自从温泉被挖掘出来后，红莲岛就成为观光旅游胜地了
莎莉娜啊！红莲岛已经变成了观光岛了，那么我们还能不能预约到酒店或旅馆吗？
小茂我和你们不一样，酒店什么的我早就预定好了
墨染酒店我在准备要来红莲岛就预定了
抵达红莲岛后，众人遇到了一个喜欢猜谜语的老伯，他问一个简单的谜语，但小智竟然说成冷笑话了，最后还是小霞猜出正确答案，并且老伯还跟他们说红莲岛目前的情况，然后离开
拿到深红徽章后，一行人在前往常磐市的道馆，但海刺龙开始精神不振，小刚分析是因为运动量不足，需要大型的水面，于是众人决定在前往常磐市的途中先绕远路到华蓝市，反正他们目前的时间也充沛，再加上从小茂口中得知石英大会因为要收集圣火，所以从3个月延迟到4个月
来到华蓝道馆，大家发现华蓝道馆要开办一场水中芭蕾秀，(剧情和原著一样，不同的是小智他们没有帮忙，小霞一个人就把火箭队打飞了)
一行人继续旅行，遇到了致力于寻找外星人的奇怪博士，他说皮皮可能是来自外星，还说皮皮他们现在正在制造宇宙飞船，结果如他所说，皮皮它们不断盗窃这座城市的东西，用来作飞船的材料，被盗走的还有胖丁的麦克风画笔，它们同时还抓住皮卡丘，要把皮卡丘当做发电源，经过一番交涉，众人得知皮皮们为何要到外太空的原因，因为它们想到月球上面去，皮皮们认为能让它们进化的月之石来自月球，所以它们想到月球上面去，带走大量的月之石，给地球的伙伴们，但墨染说大气层表面有着天空霸主烈空座，它们是绝对无法到月球上去的，于是皮皮们放弃了这个想法，同时归还了它们偷来的东西。一行人继续旅行，终于抵达常磐市，得到徽章的过程跳过
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