次日，小智一行人和政南跟大木博士、花子、亚玄分别，朝港口走去。
虽说，政南不和小智等人一起走，可也是得去港口搭通信船。
不过，小智等人并没有赶上通信船，因此，几人无聊的在海边钓神奇宝贝。
很快，小智的钓竿有了反应，小智拉起钓竿后，发现了一只墨海马。
小智“皮卡丘，就决定是你了。”
皮卡丘“皮卡～”
小智“皮卡丘，十万伏特。”
小智让皮卡丘使用了对墨海马非常有效的电系绝招十万伏特。而墨海马则是因为刚被钓上来，还没明白发生了什么，便被十万伏特击中了，效果拔群。
小智“去吧，神奇宝贝球。”
小智看到墨海马已经开始昏昏沉沉了，于是就立刻丢出了神奇宝贝球，成功的收服了墨海马。
收服了墨海马后，小智传回了比比鸟。
小霞看着小智收服了墨海马，十分羡慕道：
小霞“是墨海马啊！我也好想要啊！”
小霞“好，我也要加油！看我的秘密武器——小霞钓钩。”
小霞说完，拿出了一个盒子，里面有小霞特制地钓钩。
小刚“这些钓钩好特别啊！”
小霞听到小刚地话，很是自豪地说道：
小霞“那是，这可是我的秘密武器，只此一家，别无分号。”
小霞“去吧。”
然后小霞就用力的丢出了鱼竿，不过小霞可能真的是和海星星比较有缘吧，总是海星星上钩，最后小刚实在是看不下去了，于是也收服了一只海星星。就这样在小霞钓与丢的动作中，终于迎来了她的那只来报信的受伤的墨海马。
看道墨海马吐出的信息后，小刚说道：
小刚“它好像在说什么。”
小智“好像与毒刺水母有关。”
而小霞，则是看着身受重伤地墨海马，心痛地说道：
小霞“还是先给墨海马疗伤吧！”
小霞“去吧，神奇宝贝球。”
随后，小霞扔出了神奇宝贝球，收服了墨海马。
收服墨海马后，小霞交给了小刚治疗。
就在小刚给墨海马喷完药时，海面上的一艘船突然发生了爆炸。
小刚“不好了，那艘船……”
小智“杰尼龟、墨海马，就决定是你们了。”
小霞“角金鱼、海星星、宝石海星，你们也去帮忙。”
小刚“海星星，你也去吧！”
小智、小霞、小刚三人派出了自己地水系神奇宝贝去帮忙。
救回来掉下水的海员后，小智等人见到了一个婆婆，然后听了她的一堆废话。
就在婆婆说玛瑙水母讨厌的时候，小霞终于忍不住了，怒道：
小霞“你说玛瑙水母讨厌？”
万能人物“（婆婆）它们不能吃也不能帮我赚钱，就只会给我捣乱。这样吧，你们来帮我赶跑这些水母怎么样？成功的话，一年之内全世界最豪华的晚餐随便你们吃到高兴，还有奖金100万元。”
小智“我们拒绝。”
小智“我相信神奇宝贝不会随便攻击人类的，肯定是有什么原因的。”
皮卡丘“皮卡～”
小智说完，便头也不回地离开了，小霞和小刚也是紧随其后跟了上去。
离开那之后不久，就听到了广播里开始召集神奇宝贝训练家来赶走玛瑙水母，最后这个工作还是被火箭队得到了。然后还是和动漫一样，巨大的毒刺水母被国产三杯醋给催化了出来。
小刚看到这么巨大的毒刺水母吃惊的说道：
小刚“是毒刺水母，可是毒刺水母在怎么大也不可能有二十公尺的？”
大家看着海啸都四处的逃散了，而小智也拉着小霞到了一栋楼的顶层，看着这么大的毒刺水母，小智真的是一点辙都没有。
毒刺水母开始大肆破坏，而玛瑙水母也顺着海水进入了城市。然后就是喵喵被控制住了，使小霞、小刚知道了事情的起因，是人类破坏了他们居住的地方，它们才来报复的。
小霞“原来，墨海马想要告诉们我们的是这件事啊！我竟然没有办法了解它的意思，身为水系神奇宝贝训练家，我太失败了。”
知道了这件事的始末，小霞跑了出去。
小智“小霞……”
小智虽然知道水母们会被小霞劝回去，最终会没事，但还是担心的追了上去。
就在毒刺水母要继续破坏的时候，从一座高楼上传来了小霞的声音。
小霞“住手啊，毒刺水母！求求你，快点带大家回海里去吧！”
小霞“毒刺水母，请你回去吧！你们的意思人类已经都知道了，我们再也不会破坏你们住的地方了，毒刺水母，求求你们，求求你们快回去。”
小智“可恶……可恶……为什么看到小霞流泪，我就那么难受？”
毒刺水母看着四处逃窜地人们，又看了看小霞，最终说道：
毒刺水母“下一次不会这么简单就了事了。”
巨大毒刺水母说完，便带着玛瑙水母和毒刺水母们撤退了。
但婆婆还是出来攻击毒刺水母了，被毒刺水母一下甩飞，不知去了什么地方。
事情终于平复了，小智等人也在傍晚坐上了去下一个目的地的通信船。
小智等人也和政南告别了，政南表示暂时不去挑战金黄道馆，向其它道馆发起挑战去了。
上了通信船后，小智递给了小霞一个神奇宝贝球。
小霞“小智，这是？”
小智“这是玛瑙水母，我知道你很喜欢，因此收服了一只送给你。”
小霞“谢谢！”
小霞高兴地收下了，毕竟小霞对玛瑙水母可不是一般的喜欢。
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