后来因为司徒长老的陷害，欧斯校长被诬蔑，不得不逃跑。谜亚星也因为过度阅读暗黑档案X而被染黑，随后失踪了。
最终司徒长老的阴谋被识破，欧斯校长重新成为了萌学园校长。
因为kiki的到来刺激到了大甜甜，所以大甜甜从萌学园离职去考魔法教师资格证去了。
谜亚星因为过度阅读暗黑档案X，而导致脸变黑失踪了，智之星随之陨落。欧趴和哈利波波也因为暗黑档案X脸变黑了。
暗黑大帝已经集齐了四颗灵石，就差最后一颗威力最强的海地司了。大长老来到萌学园，通过暗黑档案X找出了海地司就在萌学园里。随后他便带着暗黑档案X消失了。肯豆基也被正式认命为大长老。
kiki帮助暗黑大帝在萌学园里掀起了一片混乱。一次无意之间，乌克娜娜和艾瑞克发现木兰花花的传家信物竟然是海地司。
但是海地司被前几任的智之星封印了，只有智之星才可以开启。
众人将盒子给每个同学开一开，最后是哈利波波打开了盒子。
随着海地司的出现，隐藏在萌学园里的暗黑卧底也随之涌现出来。一名卧底趁众人不注意抢走了海地司。
虽然萌骑士们及时抢回了海地司，但还是被暗黑卧底打开了地下水道，放暗黑小兵进入了萌学园。
萌骑士众人被围攻，还好熇炎及时出现打退了暗黑小兵，暂时封印了地下水道。
同学们在帕滑落地的组织下，全部向宿舍跑去。
在萌学园一个角落里，消失已久谜亚星出现在了那里。谜亚星的脸也恢复了原样，他看了看四周的环境，来不及多想他就去寻找萌骑士的其他人了。
暗黑毒渗透到了萌学园的每一个角落，几乎隔绝了萌学园与外界的一切联系。
熇炎为了不让暗黑大帝拿到海地司，决然的带着海地司进入了反噬镜。此时熇炎的下的封印被破，暗黑军团入侵了萌学园。
办公室里，艾瑞克指着手中的时间计时手环说道：“我们一定要在这个时间范围之内把反噬镜送出萌学园，让熇炎老师成功出来。”
萌骑士众人和乌克绾绾决定分头行动，誓要把反噬镜送出萌学园。
萌骑士一人拿着一个装有镜子的袋子用来混淆视听。真正的反噬镜在乌克娜娜身上，她和乌克绾绾一起负责寻找电话亭，把反噬镜送出萌学园。
众人一出办公室就被暗黑小兵包围了。
乌克娜娜和乌克绾绾摆脱追兵，成功找到电话亭，但是她们发现电话亭早已被毒藤蔓包围完全无法使用。
不管乌克娜娜怎么攻击毒藤蔓就是杀不干净，她们两个也被暗黑小兵发现围了起来。
就在他们准备奋力一搏之时，谜亚星突然出现。
“无心术。”
暗黑小兵被打倒了，乌克绾绾看着谜亚星陷入了呆滞状态。谜亚星拉起两人的手，将她们两个带到了安全的地方。
“到底怎么回事，为什么萌学园会变成这个样子？”谜亚星看着陷入灰暗的萌学园问到。
这时乌克绾绾反应了过来，她一把上前抱住谜亚星，哭诉着：“你这段时间都去哪里了啊！你知不知道我有多担心你！”
谜亚星看着还中哭成泪人的女孩心疼不已，他轻声安慰着。
乌克娜娜向谜亚星解释了他不在期间发生的一切。谜亚星听完之后感慨万千，没想到他失踪的这段时间萌学园里发生了这么多的事情。而且他还发现虽然他陨落了，但是他的身上还有着智之星的图腾，只是它变成红色的了。
谜亚星的回归让众人开心不已。在经过一番查询之后，他们找到了恢复电话亭的方法。
萌骑士、谜亚星和乌克绾绾几人来到电话亭。谜亚星负责戒备，其他几人则是帮助焰王消灭毒藤蔓。四星将自己的能量输送给焰王，再加上乌克绾绾的增幅，焰王魔法能量大增，一举消灭了毒藤蔓。但他们几人也被暗黑小兵围攻了。乌克娜娜将反噬镜交给了哈利波波，让他快去修复电话亭。
就在众人坚持不住的时候，电话亭终于被修复了，欧斯校长带着老兵们来到了萌学园增援。
他带领五星使用五芒星魔法阵封印了地下水道，除非五星合力，不然地下水道的入口便无法打开。
萌学园再一次进入了重建状态。
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