这次的犯人在画还在纽约的时候就已经打算下手，但没成功。在飞机上用炸弹炸门想顺便毁画的阴谋又被基德阻挠。看到第二幅画破坏无望以后又打起了在日本本土展出的第五幅画的主意，但被基德事先察觉，给毛利侦探事务所送了一张预告卡片，意在提醒他们重点盯防第五幅画。这么一来破坏者的计划又破产了，无奈只能在新博物馆直接下手烧毁两幅画。但这个阴谋也被基德和柯南联手击碎，柯南更借由基德打入七武士中的卧底侦知了真犯人。犯人的动机是，他认为第二幅和第五幅向日葵不是梵高本人所作，而是赝品，因此无法忍受它们被作为梵高的作品而展出，于是就想烧掉。基德保护画的原因则是受到了自己家的老管家寺井老爷子所托。老爷子年轻的时候曾是那个收藏了第二幅向日葵的大家族的下人，他暗恋着这家的大小姐。有一天，房子着起了大火，大小姐喜欢的那个小伙子在火中奋力抢救出了那幅向日葵然后死于火海，那时候还是个年轻人的寺井就拿着画，带着大小姐逃出了火场。那个大小姐就是前面提到的柯哀发糖那段的那个老奶奶，在火场里死了的就是她那个“只是盯着他看的话迟早会后悔”的那个心上人。寺井化装以后混入了七武士，其实一直暗中在给基德提供情报。至于基德为什么会知道有人要对画动手，是因为那个人曾经拜托过基德去偷那两幅画，大概是寺井知道了这事所以反过来让基德去保护那两幅画，为了能让他心爱的那个老奶奶每天都可以继续看到，也是为了守护她的回忆，这就是基德出手保护画的原因。
所以，这次基德确实不是来偷画，而是来保护画的。
外面，基德抱着小兰逃出，降落在湖边的森林里，心里担忧这里面的两个人。毛利小五郎等人看到了基德的滑翔翼，跑了过去。
毛利小五郎小兰，小兰，你没事吧？
毛利兰【睁眼】新一…
毛利兰新一呢？
毛利小五郎什么新一啊？现在还想着工藤那小子？
毛利兰不是新一救我出来的吗？
毛利小五郎我们看到基德往这边降落过来的，应该是他救的你。
毛利兰糟了！那新一柯南和娜娜还在里面！
那边传来了轰隆隆的声音，美术馆塌了
毛利小五郎！
毛利兰！
天上的白色身影望着那边神情严肃
怪盗基德（你们不要有事啊…）
里面，柯南和欧阳娜娜在已经坍塌的美术馆里再度遇险落入水里，但发现了被卡在水下未能到达地下室的第二幅画。
他用足球腰带做了一个会爆炸的足球，利用爆炸产生的冲力在水里炸开了墙壁。使得画顺利上浮到湖面被毛利一行人发现，但自己却因为力竭没能抓住画框，沉入水底。
江户川柯南（不好…）
欧阳娜娜（该死的！！死神，快醒醒！）
欧阳娜娜（只能这样了…）
欧阳娜娜身边，一个黑色光圈慢慢扩大，她拉上，柯南之后两人和第二幅向日葵一起突然消失了
岸边
#毛利兰柯南！
江户川柯南兰…姐姐？
江户川柯南我…
江户川柯南我怎么在这里啊？
毛利小五郎你们俩是什么时候上的岸啊？
欧阳娜娜也就刚刚啦
毛利小五郎明明我们都在岸边，为什么没看到你们？
欧阳娜娜我们从那一边上来的，可能你们没看到吧！
毛利小五郎好吧…
天上的基德看向那边露出了一抹会心的微笑。
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