自从gemdeus降临后,许多的人都感染了游戏病。而现在医院里已经人满为患了,所有的患者全都是感染了gemdeus的病毒。gemdeus刚降临就释放了大量的病毒,而新檀黎斗表示自己不记得设计过这种程序。贵利矢说如果新檀黎斗没有说谎的话,那十有八九就是檀正宗搞得鬼了。而此时檀正宗看到现在这样子非常高兴,并表示自己事先改写了gemdeus的思考程序是正确的。这样子就可以增加感染者和获取人类的生命数据,并且来证明他才是世界的规则了。而此时gemdeus还在不断的释放病毒,随后表示要将所有活着的生物全部消灭。
而这时永易和永梦还有帕拉德赶到了这里,三人对gemdeus发起了攻击。而新檀黎斗几人只能选择相信他们了,而新檀黎斗也不知道无敌卡带能否攻略gemdeus。贵利矢则表示要不是他搞了个这么麻烦的东西出来,也许就不会有这么多事了。而新檀黎斗表示自己可不会做出,轻轻松松就被攻略的最终BOSS。这个时候poppy拿出了故障驱动器2威胁他不要这么得意忘形,并表示全部的事都是他引起的。而这时贵利矢夺走了poppy的驱动器,新檀黎斗以为贵利矢救了自己。结果没想到对方反手就将驱动器对准了他,随后贵利矢让poppy把新檀黎斗交给他。
另一边gemdeus拥有所有bugster的力量,永易几人虽然拥有无敌的力量。但依旧不是gemdeus的对手,随后gemdeus使用了aranbura的魔法攻击三人。另一边新檀黎斗询问贵利矢想要做什么,而贵利矢表示不论是新檀黎斗还是他。都是作为bugster获得了本不该复活的生命,而他一直在思考着。这条性命到底有什么意义,而现在他终于找到了答案。并表示这是为了不让悲剧重演,只有他才能做到的事情。接着贵利矢启动卡带变身,随后贵利矢切换了场景。然后将gemdeus病毒植入了新檀黎斗体内,并表示如果不服气的话。
那就在生命用尽之前活下去,见状新檀黎斗也启动卡带变身。接着两人扭打在了一起,随后贵利矢再次向新檀黎斗植入gemdeus的病毒。而新檀黎斗直接抱住了贵利矢,并让其也感染了gemdeus的病毒。接着贵利矢第三次向新檀黎斗植入病毒,新檀黎斗正感叹LV0的力量也无法抑制gemdeus的病毒的时候。贵利矢一记重腿踢了过来,随后新檀黎斗便死了。在死了还剩五十条命后,新檀黎斗询问贵利矢到底要做什么。而贵利矢表示自己在给他最开始也是最后的机会,随后将一个白色的双重卡带插入了新檀黎斗的驱动器。
看到贵利矢这一举动新檀黎斗瞬间明白了,而贵利矢说在看到graphite对gemdeus病毒的适应性后。他坚信bugster的身体可以承受的住gemdeus的病毒,而他们的身体就是制造gemdeus病毒抗体的实验体。新檀黎斗也明白贵利矢说的是什么了,那就是最后活下来的人就可以对抗gemdeus了。随后贵利矢不断的释放着gemdeus的病毒,并且与新檀黎斗扭打在一起。随后贵利矢表示患者还在痛苦,自己可不能当缩头乌龟。而此时卫生部的人来到了CR要求他们交出新檀黎斗,而poppy表示他们现在做的事情关乎到能否抑制流行病拒绝交出新檀黎斗。
而此时新檀黎斗还剩下五条命,贵利矢再次释放gemdeus。而新檀黎斗终于对gemdeus适应了,接着贵利矢使用终结技再次消灭了新檀黎斗。而新檀黎斗复活后gemdeus病毒已经对他没用了。随后新檀黎斗吸收了贵利矢体内的gemdeus病毒。随后两人连忙赶回CR然后制作出了对抗gemdeus的卡带,接着贵利矢将新檀黎斗收进了故障驱动器2内。随后便将其交给了卫生部的人,并表示该怎么处理随便他们。随后卫生部的人便带新檀黎斗走了,此时贵利矢赶到了永梦那里。并将新的卡带交给了他,随后永梦启动卡带然后插入武器必杀槽。
接着使用终结技砍在了gemdeus的身上,随后所有的游戏病患者都在恢复。而gemdeus则不断的在下降,对于这个檀正宗非常的生气。随后永易几人在攻向gemdeus,受到抗体的影响gemdeus已经不是几人的对手了。而这时檀正宗突然出现在这里表示不会让几人攻略假面骑士编年史的,并表示他要让幻梦公司君临这个世界。随后使出终结技一脚踢爆了gemdeus,但是游戏通关的特效刚出来。檀正宗就将gemdeus吸收进了自己的驱动器,然后将其植入了自己的体内。接着檀正宗表示他作为人类的生命已经结束了,并表示同时获得了克罗诺斯和gemdeus力量的他。
作为假面骑士编年史的运营方才是真正的BOSS,事情结束后日向审议官让贵利矢加入了CR。贡献自己的力量,贵利矢接过了poppy手上的衣服披到了身上。随后日向审议官表示因为新檀黎斗对此次疫苗开发有着巨大的贡献,所以特别批准他留在CR。但是没有卫生部的批准不允许给予他人身自由,而新檀黎斗觉得这不是明智的选择。并表示如果没有他怎么可能阻止的了檀正宗,而永梦表示他们会阻止的。而新檀黎斗突然表示自己已经舍弃新檀黎斗这个名字了,现在的他是檀黎斗神。说完还降下了横幅,而电话那头的日向审议官无语的挂了电话。永梦则表示要让檀黎斗神改过自新看来是不可能的事情了,贵利矢则表示就把他当神供在那也挺好的。