记完笔录后，步美，元太，光彦回了家，家长们都急坏了。长长的街道上，柯南，灰原，千绘一起走着，三人均不语。最后，柯南打破了寂静。
“堂本同学，今天谢谢你。对了，你家在哪？” 千绘踢着石子，眼睛看向空中飞舞的白鸽，“我是个孤儿，堂本中良医生收留了我。”
堂本中良？柯南想起来了，就是那个闻名于众百姓的善良医生，曾做过帝丹高中的前校医，但自己总觉得他怪怪的。又是一阵寂静，柯南还是开了口。“请告诉我你到底是谁？当时你故意把枪打偏，举枪的动作十分熟练，还有为什么你会在那时给我，一个小孩子解开绳子？”
她仅仅犹豫了一下，便说，“抱歉出于一些原因隐瞒了你，我已经16岁了，我的真名叫宫本秀瑛，我被黑衣组织下药后变成了小孩。我也知道你们，工藤新一和宫野志保。不过你们放心，我和组织没有任何关系，并且我可以告诉你们关于我所知道的组织的一些事情。” 一旁的二人半信半疑地张大了嘴。
因为上次古塔一事，元太三人对千绘崇拜有加，于是硬是邀请她加入了少年侦探团。一日，博士家里。柯南回想着之前与堂本千绘的谈话，陷入沉思。
“我的父亲是警察，母亲是医生，他们都潜入组织做卧底，最后身份暴露被组织杀害了，与爸爸关系较好的警察同志告诉了我一些事。”
“组织里有两大部门，一方面是杀死我父母的以琴酒为代表的一行人，负责掌管组织的大部分事物；另一部门则是以代号为X的神秘人为代表的团体，负责追查与惩处。此部门不以酒名为代号，他们的首领X地位稍高过琴酒，心狠手辣，行动无常。与神秘的琴酒不一样的是，他已暗中与公安多次交涉，也是公安的重点调查对象。”
柯南曾问过灰原，被证实确有此事，只是灰原并没有和X所在部门接触过，也没有见过他们。但这仍减少不了二人对她的怀疑。
为什么？明明这么隐蔽的事情工作多年的老警察却像唠家常一样说给一个小孩子听，不可理喻。二人对她时时提防，只能背着她偷偷讨论对策。
另一方，组织里，一名身着黑色大衣，脸色阴郁严肃的男子把一份文件丢给一旁毕恭毕敬的下属。“你去把这个时间段内附近新来的并频繁出现的人筛查清楚。” “是，X大人！”
调查结果出乎预料，只是三个小孩子而已。X盯着照片上的柯南，灰原，千绘看了许久，陷入沉思，“相近时间段莫名其妙出现的三个小孩……是不是有点眼熟……”
……………………
熙熙攘攘的大街上，柯南一行人有说有笑地走着。柯南身旁经过一个高大的男人，宽大的连衣帽几乎盖住了整张脸，当他的目光猛然扫过三人时，灰原忽然抓紧了柯南的手臂，惶恐地拉紧了帽子。
柯南下意识警觉地回头看，但黑衣人已无影无踪。谁也没有注意到，千绘感受到来人的目光，低下头站住了脚，眼睛瞪大，手不停颤抖着，像是在害怕什么……
阴影中，一辆汽车启动着。黑衣人打开车门进去，摘下帽子，点燃了一支烟。火光照亮了他宽大却又略显憔悴的脸，以及闪着寒光的犀利的眼睛。
“X大人，情况怎么样？” 驾驶座上的人毕恭毕敬地问道。“哼，跟踪了他们一段路程，被一个小鬼发现了……那件事，今晚就得动手。” “那，您怎么知道埋伏他们的位置？” X把烟摁灭，狞笑了一声，“晚上去那个医生家里。”
堂本医生今晚留下加班，只有千绘一人在家。由于某些原因，千绘十分害怕孤身一人。夜深了，她躺在床上怎么也睡不着，忽然间，她猛地直起身，因为她看到墙上本不应该存在的高大身影。
为什么……这是谁？X一把捂住她的嘴，把颤抖的她抱在怀里不断安抚，做了一个禁声的手势，“乖孩子，不乱动的话我就不会伤害你。” 说罢便靠近她把一针管液体注入她的体内，一阵熟悉的头痛恶心感涌上了，“不要！” 视线渐渐模糊了，仿佛天旋地转，连自己也不认识了。
“你们交易的地点在哪里？” X拧住她的脖子问。“在……米花仓……402号。” “谢谢你啊……” 男人用力摸了摸她的头，满意地狞笑着离开了。
可怜的千绘松了口气。原来不知为何，X的药没有起作用，她的思想没有被药水控制，于是对他说了警方明日埋伏的地点。
柯南预料到组织有活动，便与安室先生推荐的公安少有的知情组织的人——平田泽树先生商定好了最好最安全的埋伏地点，千绘偷偷地听到。
“这下你们没有理由不让我去了吧！” 千绘把昨晚发生的一切告诉柯南，得意地问道。
柯南和博士对视一眼，千绘又说道，“你我都是组织的眼中钉，为什么不在关键时刻合作呢？换句话说，我应该比你们更有经验，更了解他们的弱点。”
柯南听后快速撇了她一眼，她意识到自己说多了，赶忙闭了嘴。“果然，她还有事瞒着我们，” 柯南想，不过他还是说，“好，我们一起去。” 千绘长舒了口气。
夜深了，“吱呀”一声，一个瘦高的男人打开米花仓尘封已久的大门，里面空无一人，殊不知此地已被警方布置下天罗地网…
他将枪拔出，忽得看到了柯南。手电筒照亮了他的脸——鸭舌帽下的是一张带有红色倒十字的漆黑面具，阴森又狰狞。
“小朋友？” 他迟疑了一下，但当他看到柯南猛地跑向对面，跑向那群早已恭候多时用枪指着他的警察时，他真的确信自己上了当。为首的警察平田泽树气定神闲地看着他嘲讽地说，“别来无恙啊……” 不慌不忙，似乎已经拿捏了全局。
——一其实，除了平田以外的其他公安并不知道组织的存在，这些警员只以为这是个普通的危险罪犯。
他似乎并不慌乱，忽然间他注意到最靠近他的微微颤抖的千绘，便以迅雷不及掩耳之势抓住她，拿枪抵住她的脑袋向众人威胁。灯光照着的面具越发凶残瘆人，他一步步向后退，最后无影无踪了……
他一直挟持着千绘来到车中，把她丢在座位上，“那些人怎么想的，竟然放任让小孩子来添乱。” 驾驶座上一个约莫20岁的年轻男子扭过头来笑着说，“不会是…派来的奸细吧。” “才这么点大就当间谍了？有意思。”
戴面具的人挑衅地笑了一声，随即摘了面具，是X。汽车发动了，X拿枪指着她，“喂，小家伙，怎么处置你？” 千绘瞪眼看着他，一脸惊恐。驾驶者有些不安地向后瞥了一眼，似乎一场灾难就要发生。
车子行驶到一处荒地停下了，X打开车门，示意千绘下车离开。看到他这么轻易地放自己走，千绘有些不安，以至于当她听到轻微的拔枪的声音时，她低下头停住脚步。
X面无表情，拿枪指着她。
眼看着将要扣动扳机，千钧一发之际，年轻的驾驶者冲上前去护住千绘。“X大人……求求您…放过她吧……”
X在两人脚边开了一枪，像是早已预料般阴险地冷笑一声，也走过去对千绘说，“帮我向他们带个口信——期待与他们的再次合作。”
这次千绘安全离开了。留下来板着脸的X和颤抖的部下。年轻的部下藤原正清吓破了胆，“对…不起，大人，请……处罚我吧。”
X没有多说话，只是示意他开车离开。看到千绘毫发无损地回来，众人舒了口气，平田感到有些奇怪，但很快恢复了正常，毕竟这正符合X那令人捉摸不透的作风。
然而这件事更加引起柯南的警觉。回家后，他与博士一同讨论，并注意他不要让灰原听到。博士担忧地说，“的确很可疑，不过她似乎有难言之隐，还是再看看情况吧，千万不能让无辜人因为她陷入不必要的危机。”
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