四年后─
江户川柯南已经11岁了 柯南在组织待了四年，在组织的训练下已经成为一个非常厉害的人，而雪莉依旧从事着她最熟悉的化学研究，其实早在三年前雪莉就已经完成了解药，只是他们两个都曾服过暂时性解药，身体已经产生了抗体，再也变不回来了。
在柯南担任组织。boss
之后，组织便已经成为了一个琢磨不透的存在，做事风格跟以往完全不一样，他们甚至有时候还会帮助警察逮捕那些罪恶不煞的人，只是他们依旧会在地底下贩卖一些违禁物跟枪械之类的，政府对于这个组织的存在早就已经知晓，只是这个组织可以给日本带来很大的利益，所以他们打算睁一只眼闭一只眼。
小兰和圆子都已经上了大学，其他人的生活也慢慢的步入正轨，只是他们依旧忘不了当年那个像天使一般突然降临在每个人生活中的小男孩，虽然政府对这个组织睁一只眼闭一只眼，但是警察方面还有FBI、CLA之类的联邦调查局依旧在寻找着这个组织的踪迹，不仅是因为这个组织曾经干过很多掌管人们的事，也是为了给当年的江户川也就是工藤新一报仇……
“喂，江户川，你是打算后半辈子都闷在组织里吗，不无聊吗？”雪莉看着坐在办公桌前不断敲打电脑的柯南无奈的说
“啊，这个，我也不太清楚，还有别叫我江户川”柯南眼皮都没抬下，对雪莉的日常发牢骚表示已经习惯
正巧路过办公室的贝尔摩德听到了两个人的对话“要不然，boss，你去上小学吧？”
“嗯？可以啊，去帝丹小学吧”柯南终于停下手中的工作
雪莉看着以前这个小男孩，虽然这几年的几年的样貌产生了很大的变化，但依旧能看出当年江户川的影子，只不过多了分黑暗，没了光明。不知道为什么，自从江户川柯南加入组织之后，本来只会在明月之夜才能显现出来的异色瞳孔，变成了只会在明月之夜才会显现的双蓝色瞳孔
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