在小智顺利拿下卡洛斯联盟的冠军之后，闪焰队的头目弗拉达利也是来到了幻彩水晶塔顶部。在发现被打昏的闪焰队众人以及失踪的Z2之后，弗拉达利果断启动了控制着超进化巨石的机器。朝着百刻市的日晷冲去，同时卡洛斯各地地底突然冒出了数条恐怖粗壮的荆棘藤条造成了严重的破坏。
小智果然来了吗？
在见证了人类为了卡洛斯的安危做出的努力之后，小软绵和Z2集结了分布在各地的基格尔德分身进化为了最终形态。释放出的Z型的绿色光线成功将超进化巨石彻底粉碎。
小智等一下基格尔德！
就在其准备解体的时候，小智来到近前将手中凝聚了一颗羁绊光球送到了基格尔德手中。
小智这颗羁绊光球能够指引你们找到分布在各地残留的超进化藤条，希望能帮到你！（这样甲贺忍蛙就不能放生了）
基格尔德多谢了小智！
在小软绵与尤莉嘉告别之后，冠军卡露乃及众位道馆训练家都纷纷散去准备灾后的重建工作去了。而翔太，艾兰等人也找到了今后的目标，在与众人分别之后小智他们回到了莎莉娜的家里。
莎莉娜小智你可以跟我过来一下吗？
小智怎么莎莉娜？是爱儿小姐她们联系你了吗？
莎莉娜果然是瞒不过小智啊！按照爱儿小姐和八汐大人她们的打算接下来我会前往芳缘地区参加神奇宝贝华丽大赛。
小智华丽大赛啊！以莎莉娜的实力肯定没问题的。可我怎么感觉你有点心不在焉呢！
莎莉娜是因为 . . . . . .我舍不得离开小智。所以 . . . . . .
小智莎莉娜放心吧！我会等你的！
莎莉娜嗯！小智谢谢你！
在听到小智支持自己的话之后，莎莉娜顿时眼眶一热紧接着就扑到了小智怀里。此时在小智眼中莎莉娜的脸庞越来越近，在来不及做出任何反应的时候那温润如玉的红唇便印在了嘴上。
此时小智也感觉到自己居然又被强吻了，随后小智的双手便慢慢环上莎莉娜的腰肢 . . . . . .
在足足过了三分多钟的时间后两人才分开，此时莎莉娜那通红的侧脸上都浮现出一抹快要窒息般的苍白之色。
两人温存了良久之后便回到了家里，向大家公布了准备前往芳缘的消息。在莎莉娜与爱儿她们登机前往芳缘地区的时候，莎莉娜缓缓来到小智面前踮起脚尖在其嘴上点了一下。
莎莉娜谢谢你小智！
小智嗯，莎莉娜！再见了！
在送走莎莉娜之后小智和希特隆展开了离别前的最后一场对战，夜晚时分小智他们回到了久违的真新镇。
小智旅行终于结束了！皮卡丘我们回家吧！
#皮卡丘（皮卡，皮卡！）
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时光飞逝转眼一年时间便结束了。在小智结束了卡洛斯之旅后收到了关都地区冠军联盟的邀请函。经过严格特训之后在石英高原竞技场内，小智成功战胜了关都地区的科拿，希巴，菊子三位天王。只要成功战胜四天王之首的御龙渡便可成功继任关都冠军的职位。
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