小智和皮卡丘正在田野里散步,突然一个女孩气喘吁吁地跑来,焦急地问:“对不起,请问你们有没有看到我的尼多兰,她叫美莉?”小智有些困惑,因为尼多兰是神奇宝贝的名字,他并不熟悉。女孩描述了美莉的样子,小智这才明白过来,原来是一只可爱的尼多兰。
与此同时,皮卡丘被田野里的紫色果实吸引,悄悄地跑过去想要尝一尝。小智则遇到了另一个男孩,他也在寻找自己的神奇宝贝尼多朗,名叫强恩。男孩描述了强恩的样子,小智这才意识到两个神奇宝贝都失踪了。
女孩和男孩开始互相指责,认为对方藏起了自己的神奇宝贝。夜罗嘉发现情况不对,便告诉小智已经找到了尼多兰和尼多朗。男孩和女孩立刻冲向花园,发现他们的神奇宝贝正亲密无间地在一起玩耍。
小智提议让两个神奇宝贝决斗,以解决他们的争端。男孩和女孩同意了。战斗开始,但尼多兰和尼多朗的实力差距太大,即使配合默契也无济于事。战斗结束后,小智劝说他们和解,并建议他们共建一个共同的小窝,以方便两个神奇宝贝一起玩耍。
男孩和女孩接受了小智的建议,决定在两家之间建造一个神奇宝贝的小窝。小智虽然觉得用夜罗嘉的实力碾压对方有些不妥,但最终还是同意了以后再进行神奇宝贝决斗的提议。就这样,事情得到了圆满的解决。
小智带着皮卡丘和夜罗嘉来到了大都会,听说地下道有怪物出没,他们决定前去一探究竟。在地下道中行走了一段时间后,小智听到了铃铛声,感到有些奇怪。夜罗嘉提议去看看情况,他们还没走几步,突然一根藤鞭从黑暗中伸出。夜罗嘉迅速控制住藤鞭,并将其拉扯过来,小智借着微弱的光亮看清了对方的模样,竟然是一只妙蛙种子。
夜罗嘉觉得这个标识很熟悉,推测可能与这里的市长有关。小智决定去问问看。在下水道的入口处,市长正在阻止特殊部队消灭怪物。没想到小智居然带着自己曾经丢弃的妙蛙种子出现。见到对方真的将神奇宝贝丢弃,小智感到非常愤怒,他要求市长向妙蛙种子道歉。然而,市长并没有觉得自己做错了什么。
妙蛙种子看到市长的冷漠态度,愤怒地将市长扔了出去。小智询问妙蛙种子是否愿意跟随自己,妙蛙种子盯着小智,点了点头。小智高兴地说:“太好了,我收服到了妙蛙种子。”就这样,小智和妙蛙种子开始了新的冒险旅程。
小智在前往柚子岛的途中,目睹了一位小女孩不慎落水。他立刻请求夜罗嘉帮忙救援。夜罗嘉迅速操控水流,巧妙地将小女孩安全救上岸。码头上,柚子道馆的训练家看到妹妹玛丽安然无恙,急忙跑过来,松了一口气说:“太好了,下次可不能再这样让人担心了。”玛丽乖巧地点点头,表示明白了。