内丹学的基本原理是认为宇宙演化和人体生命都可以从逆的方向上进行反演的思考。顺则生人生物，逆则修炼成仙。内丹家以“三关修炼”阻止人体熵效应，通过“炼精化”的初关仙术将精化尽只剩下和神，为“三归二”的过程；然后“炼化神”的中关仙术为“二归一”的过程；最后“炼神还虚”的上关仙术返还于虚无之道。这样人体沿着逆的方向由“第三变”返到“第二变”，再从“第二变”返到“第一变”，直到虚无之道，内丹就修成了。
内丹学要追求一种长生不死、永恒不灭的状态，而根据自然科学定律凡是产生的东西最终都要灭亡，仅有虚无是不生不灭的。这样，返还虚无之道就成了内丹学追求的目标。
《唱道真言》云：“夫道之要，不过一虚，虚含万象。世界有毁，惟虚不毁。道经曰形神俱妙，与道合真。道无他，虚而已矣。形神俱妙者，形神俱虚也。”内丹学认为在宇宙未创生之前，是一片虚无。当宇宙创生之时，虚无之道化生出元始先天一气)(太乙真气)，这种先天一气被认为是宇宙万物运动的一片生机，也是生命运动的源泉。因之，阴阳双修和清净孤修两派丹法都以招摄先天一气为目标。
我们推测，先天一大概是宇宙大爆炸之前的初始信息，是时间和空间还没展开的宇宙本源，是自然界最根本的内在节律。初始的宇宙中隐藏着秩序，存在着产生普适的宇宙节律的信息源。内丹家通过一种将人体节律和宇宙节律调谐的技术、使人体精、气、神等元素充分激发，在量子层次上和自然界的本源相互作用，将这种残留在宇宙中的初始信息招摄到体内。内丹家将人体和大自然的内在节律相调谐，使自己的身心与混沌的宇宙融汇为一体，返回先天的初始状态，才能同宇宙的自然本性契合，进入道的境界
根据我们对内丹学的研究，发现人的意识的官不仅是大脑皮质，还包括丘脑、网状结构，甚至还有心脏等，中国古医学认为心主神明、肝出谋虑，胆主决断，肾出伎巧等是有根据的。
这就是说，思维和情感活动在躯体层次上是以人脑及内脏器官等相互制约的复杂生理系统为基础的。人体的内分泌激素，后天和先天的精、气、神也是一个系统，是可以相互影响，互相转化的。人体生命运动的精、气、神恰好和物理化学运动中的热、力、光三种效应相互对应，它们都是生命的运动的存在形式，其中最要害的是神。人的心理也是有结构的，是一种过程的秩序。意识是生命运动的最高形式，它可以凝聚为一种有着超微结构的高度有序的客体。
人的心理系统中的意识活动和无意识活动都是人类在进化过程中大自然赋予的重要心理功能，其中无意识活动绝非无足轻重的自然现象，而是一种深层意识，是人类改造自然和社会的重要潜能。意识活动的生理机制主要在大脑额叶，无意识活动的生理机制在大脑的网状结构和丘脑。随着人类进化，人的大脑皮质日益发达，网状结构的范围相对减小，但网状结构中的核体却日益复杂和分化，人的深层意识也愈加显示其重要的调节作用。我们可以断定人的意识共分为三个相互联系的层次，即常意识(日常的认知、思维活动)、潜意识(隐藏在心理深层的欲望)和元意识(遗传的本能意识)。常意识是心理表层的理性思维活动，内丹学家称之为“识神”，它包括人们的感知、判断、推理等一系列心理程序。
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