又是一天。
但是。
多少不寻常。
工藤，毛利一家，
服部，和叶，柯南，少年侦探团，灰原哀，世良真纯，安室透，赤井秀一，FBI，CIA，琴酒，苦艾酒，伏特加，基安蒂，科伦都消失了。
转眼来到了一个类似电影院的地方。
安室透和灰原哀都不敢相信自己的眼睛。
因为。
他们看到了自己的同期（亲人）
柯南：安室先生。
安室透：你们…
松田阵平：我们也觉得不可思议，对了，你的警察梦怎么样了？
琴酒：€用枪指着安室透€
琴酒：波本，你可以告诉我你怎么是警察吗？
“不可以。”
一个声音响起。
琴酒的枪消失了。
“这只是让你们以天眼视角看到真相。”
高木：伊达前辈！
诸伏高明：景…
琴酒：我可没有时间看电影！
“不要激动，这里一天是你们世界的一百分之一秒。”
“忘了自我介绍，我叫4869。”
灰原哀：（怎么那么像）
观影座位：
第一排：柯南，灰原哀，毛利兰，铃木园子，黑羽快斗，安室透，诸伏景光，荻原研二，松田阵平，，伊达航，赤井秀一。
第二排：宫野一家（三个人）警察，服部，和叶
第三排：工藤家，毛利家，FBI，CIA，公安。
第四排：黑衣组织。
“好了，在此之前，我们有两个老朋友。”
基安蒂：库拉索！
琴酒：哼，爱尔兰。
帝丹三傻（不是）：啊！是大姐姐！
安室透：（库拉索…爱尔兰…）
“在观影前，我来扒几个人的马甲，以免发生误会。”
“降（jiàng）谷零，化名安室透 ，日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的角色。表面职业为私家侦探、波洛咖啡厅服务员，真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底 ，组织代号“波本”（Bourbon） ，擅长搜集情报，有极强的观察力与推理能力。曾伪装成伤疤赤井来观察赤井秀一是否已死 ，为了调查毛利小五郎与雪莉是否有关联而接近毛利小五郎并拜他为师 ，后对柯南的身份产生了兴趣 ，曾对FBI成员进行了一系列试探，并推断出赤井秀一未死和赤井假扮为冲矢昴活动的真相 。”
琴酒：波本，你果然是老鼠！
“库拉索，动画电影《名侦探柯南：纯黑的噩梦》原创角色，黑衣组织成员，黑衣组织二把手朗姆的心腹，一次被组织派出调查卧底在组织的名单时被日本公安警察发现，在她开车逃离时被赤井秀一用枪击中了车轮，车子失控落入河中，而后失忆，失忆后遇到少年侦探团，并逐渐被感化，最终为了挽救即将被失控的摩天轮辗轧的众人而牺牲。”
帝丹三傻：啊，大姐姐是为了救我们才…
琴酒：…
“一个名为冈仓政明的黑衣组织基层成员（即下文所述“组织卧底”）为了自保而随身携带存有组织卧底名册的闪存卡。然而他却被组织灭口之前就被卷入一场连环杀人案中死亡，随身携带的内装闪存卡的护身符也被凶手取走。为抢先警方一步找到闪存卡的下落以避免闪存卡落入警方手中，黑衣组织命令成员爱尔兰在贝尔摩得的协助下易容成管理官松本清长潜入警视厅，并将真正的松本清长监禁在米花森林中的一个小木屋内。为了确保易容成功，贝尔摩得也易容成了办案警官混入了警方搜查会议中，但由于给“那位大人”发电子邮件的手机按键音被柯南察觉到，爱尔兰注意到了追着贝尔摩得下楼的江户川柯南，起了疑心，借助自己的新身份之便在警视厅资料库里搜索了江户川柯南的资料。随后爱尔兰又在另一次搜查会议上意外得到了一些关于工藤新一曾在帝丹高中出现的信息，察觉到了一些许不对劲，同时在会议上得知了连环杀人案的一个嫌疑犯的踪迹，便报告给了贝尔摩得。该嫌疑犯最终被证实与连环杀人案无关，而柯南也从假装成被嫌疑犯挟持的人质的易容过的贝尔摩得处得知了爱尔兰的一些信息，而留神到被嫌疑犯挟持的人质在嫌疑犯被制服后消失的高木涉与佐藤美和子也嗅到了一丝异样。
随后，有人联系警方想要指认凶手，爱尔兰也将此报告给了组织。为了赶在警察来到之前逼供，组织狙击手科恩与基安蒂在指定地点埋伏并狙击前往案发现场的高木警官的汽车轮胎以拖延警方到达现场的时间。但组织赶到时，发现此人已经被凶手带走，离开时伏特加不慎踩中被凶手打翻在地的颜料，在现场留下了痕迹。
当晚，爱尔兰分别潜入帝丹高中与帝丹小学，将黑衣骑士头盔上工藤新一的指纹与美工课作品上江户川柯南的指纹进行比对，结果一致，意识到江户川柯南和工藤新一实为同一个人。于是在与琴酒联系时，爱尔兰刻意试探琴酒是否记得被他灌药“杀死”的高中生侦探工藤新一，琴酒则表示他不会记得被自己杀死的人，并追问，但爱尔兰只是冷笑着岔开了话题。次日，得知海豚背鳍消失和黑衣骑士头盔破裂的柯南意识到自己的真实身份已经被爱尔兰看穿，为了能比组织占上风，柯南意识到自己必须赶在组织发现凶手之前，提前侦破这一起连环杀人案，拿到闪存卡；而佐藤美和子联想到之前发生的一些不寻常的事，推测有一群身份不明的人在暗中干预此次杀人案，意识到在参与会议中的成员里有那些人的眼线。
警方最终查出了最后一个杀人地点为东都铁塔，而爱尔兰也从电话中得知柯南很可能也在那附近。警方开始赶往东都铁塔；柯南冲进东都铁塔的直播被铃木园子看到，出于担忧，毛利兰也往东都铁塔赶去；同时少年侦探团（除了柯南外）与阿笠博士去米花森林寻找在独角仙身上留下疑似求救信息的人，成功找到了关押松本清长的小木屋，并联系上了佐藤与高木两位警察进行协助，救出了松本清长。与此同时，米花森林的停车场，贝尔摩得坐在摩托车上给琴酒打电话通知说：“他是冒牌货这件事暴露了。”
爱尔兰击昏了其他跟随前来的警察，与柯南、水谷浩介和本上和树对峙。柯南误用麻醉针射中了水谷浩介，而爱尔兰则击倒了本上和树。柯南质问爱尔兰松本清长的下落，爱尔兰则表示自己还需要他来替自己顶罪，并取走了护身符中的闪存卡。爱尔兰好奇询问柯南是在什么时候得知“松本清长”为冒牌货的，柯南表示被假扮的人应该是跟贝尔摩得“体型相差太多”，才会派出其他组织成员易容潜入，因此松本清长就成了头号嫌疑人，而爱尔兰冷笑着回答“不愧是工藤新一”，并表示自己之所以还未向组织报告发现柯南的真实身份一事，是因为琴酒曾经在杯户城市饭店枪杀了一名犯错的组织成员（即皮斯克/枡山宪三，详见TV 178）并把他的尸体丢弃在大火中烧毁，而爱尔兰一直把这名组织成员当作父亲一样仰慕，因而痛恨造成这一切的琴酒。爱尔兰认为没能成功杀死工藤新一并且没有识破江户川柯南的真实身份是琴酒的重大失误，希望能借将柯南活着带回组织从而揭穿琴酒的失误并让琴酒垮台，随后对柯南出手想要把他击昏，而此时毛利兰赶到现场，躲开了爱尔兰的子弹与其搏斗。僵持中爱尔兰的面具破损，短暂惊吓到了兰而使爱尔兰得以抢占先机击倒兰。随后爱尔兰继续追击柯南，对峙中柯南的脚力增强鞋和足球腰带被爱尔兰开枪破坏。
柯南借助楼梯的高度差暂时击倒爱尔兰并夺过爱尔兰的手枪。然而此时东都铁塔的照明设施突然被破坏，组织的直升机赶到，爱尔兰趁柯南分神之机夺回手枪。在琴酒的命令下，爱尔兰拿出了闪存卡，而基安蒂也随即找到角度一枪击中爱尔兰（但尚未命中要害）同时击毁了闪存卡。而此时的东都铁塔已经被警车包围。这时柯南出手营救爱尔兰，表示等危机解除之后就要带他去治疗，等他养完伤后再逼他交待组织情报，而爱尔兰则虚弱地说道：“原来如此……难怪贝尔摩得会这么看中你……”
柯南救爱尔兰时也暴露了自己的踪迹，被琴酒发现。当基安蒂对准柯南开枪时，爱尔兰用身体护住了柯南，被子弹射穿了心脏，最终爱尔兰用最后的力气对柯南说道：“工藤新一，无论如何都要尽你所能地追下去……”随后死亡。
事件结束后，灰原哀、柯南与阿笠博士在米花森林内散步，灰原提到警方没有查出任何有关爱尔兰真实身份的线索，而松本清长也没有看到绑架自己的人的长相，相当于最终成为了一个悬案，爱尔兰的身份或许也就此永远地成为了一个谜。”
毛利兰：什么？柯南，你…你真的是新一吗？
柯南看着所有人都在看着他，说：“没错…我就是工藤新一…抱歉骗了你这么久，兰。”
所有人都不敢相信。
铃木园子：不得了了！小鬼头就是推理狂！
毛利小五郎：可恶的毛头小子！
妃英理：人家新一的能力要比你强多了。
“诸伏景光，日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的男性角色，长野县警部诸伏高明的弟弟，安室透的公安同事兼警校同学，任职于警视厅公安部。是日本公安警察派入黑衣组织的卧底，在组织中获得代号“苏格兰/Scotch”。
景光幼时亲身经历了父母被人杀害的惨剧，受到极大刺激并因此患上轻度失忆，同时患上失语症并维持了一段时间。后被东京的亲戚收养，哥哥高明则被长野县的亲戚收养，从此与哥哥分开生活。 [3] 之后在东京结交了降谷零。
TV 783（File.898）中，“苏格兰”这个代号在安室透与贝尔摩得的对话中被初次提及。其日本公安身份暴露后，在被组织问出真名前便自杀殉职。
TV 836~837（File.936~938）中，世良真纯提到一个“哥哥的朋友”过去曾经教过她一点贝斯。后在与安室透闲谈时，安室透表示自己的贝斯水平“不能保证比你哥哥的朋友高”，随后又询问世良是否记得那个教了她贝斯基础的男人的长相，而世良则反问安室透为何知道她哥哥的朋友为男性，被安室透以“直觉”为借口敷衍过去。
随后世良回忆起自己4年前在车站站台上遇见大哥赤井秀一的场景。当时秀一与另一个人都背着吉他盒，可能是要去执行组织任务（世良彼时不知道此事）。世良想要跟踪秀一但不久之后被秀一发现。秀一让她单独留在月台上，自己去帮世良买回去的车票时，跟秀一在一起的那个人从盒中取出贝斯，问她是否喜欢音乐，随后教会了世良弹贝斯音阶。
世良回忆起那个人取出贝斯后“盒子却还保持着原来的样子立在那里”，并指出“说不定贝斯只是个障眼法”，柯南也随即推测出盒中装的是来复枪。世良还提到，这个人被后来抵达的另一个人称作“苏格兰”【注：漫画中，柯南在听到“苏格兰”这个名称时的反应为省略号，表明他很可能意识到了世良真纯当时遇到的是正要去执行任务的黑衣组织成员】，并直白表示，那另一个人与安室透很相似，安室透则予以否认并转移话题（但世良回忆中的远影证明了此人的确为安室透）。
案件结束后，世良真纯提到了自己的大哥为FBI搜查官，铃木园子好奇询问她“哥哥的朋友”是否也为FBI，世良表示自己也不清楚。与此同时，安室透在内心冷冷地说道：不，那个人是警视厅公安部的卧底调查员，他就是被你哥哥杀害的……
TV 866~867中，安室透和赤井秀一分别回忆起诸伏景光3年前死时的场景。
在安室透的回忆中，当他收到诸伏景光诀别的短信冲上楼顶时，景光已经倒在了一片血泊之中，心脏被子弹洞穿。而组织成员黑麦威士忌（即赤井秀一）左手持枪站在一边，身上溅满鲜血。黑麦威士忌望着安室透，冷冷地说道：“对于背叛，只有用制裁才能予以回报……我说得没错吧？”安室透在确认了景光已气绝身亡后陷入极度的痛苦与愤怒之中，但黑麦威士忌只是淡漠地说道：“你没听说吗？这家伙是日本公安的走狗。可惜的是，他胸前口袋里的手机也被打穿了，结果也没能弄清这家伙的真实身份，感觉就像杀了个幽灵，真让人不爽……”
而冲矢昴（即赤井秀一）的回忆却表明当时的情况是，诸伏景光知道自己的公安身份已经在组织中败露（具体原因尚不明确），在面对自己尚不知晓其真实身份为FBI卧底的赤井秀一时，抢走了秀一的左轮手枪并试图自杀。为了阻止他扣动扳机，秀一抓住了手枪的转轮，向他坦白了自己的FBI卧底身份，并告诉了他自己的真实姓名，想要放他逃走。景光一度被秀一说服，想打消自杀的念头。正在此时，突然有踩着楼梯匆匆上楼的脚步声传来，景光误以为是其他组织成员赶来，趁秀一分神松开转轮之际扣动扳机击穿自己心脏自杀。随后秀一发现了景光胸前口袋内、内存卡已经被打得粉碎的手机，明白了景光的目的是想毁掉存有家人和朋友信息的手机，避免其落入组织手中【有争议】。脚步声渐近，来人却是安室透，尚不明确安室透真实身份的秀一只能假装是自己杀死了诸伏景光。”
降谷零：阿景…
诸伏景光：零，别哭了，我们不是都在这好好的吗？
工藤新一：原来如此，这是诸伏景光警官，松田阵平警官，荻原研二警官和伊达警官吧，他们都是安室先生的同期吧？
降谷零：没错。
“灰原哀，日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的角色，帝丹小学一年B班学生、少年侦探团成员，原黑衣组织科学家 ，本名宫野志保，曾隶属黑衣组织，代号为“雪莉（Sherry）”，是可使除神经组织以外的所有细胞退化至儿童时期的药物“APTX4869”主要发明者 ，因姐姐宫野明美遭组织无情杀害，而中断药品研究以示抗议，后被琴酒等人关押于研究所房间时，服下APTX4869，使得自己身体缩小，成功逃离并背叛组织 ，寄宿于阿笠博士家中，并在其安排下，替换本名，化名灰原哀，并与江户川柯南就读同所小学。”
帝丹三傻：灰原…
灰原哀：对不起，因为我的药，害了很多人…
琴酒：雪莉！我终于找到你了。
灰原哀：谢谢你们大家，我不会再逃避我的命运了。
“不可以动粗。”
“准备观影。”
赤井秀一：波本，绿川光的事…我深表歉意。
降谷零：我不需要你这个FBI假好心！
听到这话，琴酒心里咯噔一下。
“哎呀，看来某人马甲也保不住了。”
“赤井秀一，是日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的角色，FBI搜查官，赤井务武与赤井玛丽的长子，羽田秀吉与世良真纯的哥哥。知晓江户川柯南的真实身份为工藤新一。
有极强的狙击能力、推理能力和情报搜集分析能力，车技一流。冷峻坚定，不苟言笑。是左撇子，平时总喜欢戴针织帽。曾化名“诸星大”卧底黑衣组织，并获得“黑麦威士忌（Rye）”的代号，后身份暴露脱离组织，被组织称为“银色子弹”。
为了帮助CIA卧底水无怜奈重回组织并取得信任，假装被枪击身亡，之后以冲矢昴的身份继续活动，暂住在工藤宅中，暗中保护灰原哀。”
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