北海道的暴风雪呼啸着掠过度假村，柯南在黑暗中迅速掏出足球充气装置，朝着声源方向踢去。只听“砰”的一声闷响，神秘人踉跄后退，乌鸦面具被气流震落，露出一张戴着半脸机械义肢的面容——竟是失踪多年的黑衣组织科学家宫本志保，灰原哀的亲生姐姐！
“志保姐？你还活着！”柯南瞳孔骤缩，却见对方冷笑一声，按下腕表按钮。冰雕底座突然喷射出高压水流，将宾客们冲得东倒西歪。混乱中，琴酒的替身戴着珍珠母贝面具现身，举枪瞄准铁笼：“工藤新一，想要拆除炸弹，就交出沉船里的加密图谱！”
千钧一发之际，小兰带着目暮警部破窗而入。她甩出空手道的回旋踢踢飞枪手，柯南趁机将足球充气抵住铁笼，用变声器模仿毛利小五郎的声音指挥：“所有人趴下！灰原，听我指令——用发夹撬开炸弹右侧卡槽！”
灰原苍白的手指在颤抖中精准操作，倒计时读秒归零的瞬间，炸弹外壳应声裂开。然而此时，度假村外传来直升机轰鸣声，数十名持枪黑衣人包围建筑。宫本志保甩出烟雾弹，裹挟着灰原消失在雪幕中，只留下一张写着“明日正午，函馆灯塔见”的纸条。
回程车上，柯南在分析证物时发现，琴酒替身面具内侧残留着与云纹工坊相同的荧光绿物质。阿笠博士远程连线：“那是新型神经毒素载体，接触者会逐渐失去痛感！更可怕的是，我破解了沉船符号，它们指向一个二战时期的生化实验室——就在函馆灯塔下方！”
次日，柯南等人伪装成维修工人潜入灯塔。地下通道里，冰冷的实验舱中浸泡着半人半机械的“改造体”，墙壁投影正在播放黑衣组织的疯狂计划：利用珍珠母贝中的特殊成分，制造出能控制人类意识的生化武器。而宫本志保的机械义肢，正是她被迫参与实验的“成果”。
当众人靠近核心控制室时，突然触发红外线警报。数百个改造体破土而出，琴酒本尊戴着兜帽现身，枪口对准灰原：“工藤，看看这些‘完美士兵’——多亏你送来的沉船线索，让组织找到了百年前的实验数据。”他身后，宫本志保正将荧光绿试剂注入巨型反应炉，猩红的指示灯开始疯狂闪烁。
柯南握紧麻醉手表，却发现电量耗尽。灰原哀突然扯下项链，露出里面暗藏的APTX4869解药改良版：“新一，这是我们唯一的机会...”她将胶囊塞进柯南口中，转身冲向反应炉，“我来拖住他们，你必须摧毁这里！”
剧烈的爆炸声中，柯南的身体开始不受控制地生长。在变回工藤新一的最后一刻，他用足球引爆了实验室顶部的储油罐，冲天火光映照着琴酒愤怒的脸。而在雪地里，宫本志保抱着昏迷的灰原登上直升机，她望着燃烧的灯塔喃喃自语：“妹妹，我们的赎罪之路，才刚刚开始...”
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