函馆港的黎明被硝烟撕裂，工藤新一在灯塔废墟的碎石堆中挣扎起身。爆炸的气浪将他抛至百米外的防波堤，西装外套被灼出焦痕，口袋里的珍珠母贝碎片正随着远处直升机的轰鸣微微发烫。他摸向领口的变声器，却发现通讯器在爆炸中失灵——灰原哀被宫本志保带走的画面如刺青般刻在视网膜上，而琴酒临走前那句“全球港口的傀儡序曲”仍在耳畔回荡。
“新一！”阿笠博士的声音突然从废墟缝隙传来，老人拄着拐杖拨开钢筋，身后跟着伪装成救援队的少年侦探团，“快！志保的直升机信号在函馆山北侧消失，但我在灰原的发带里植入了纳米追踪器——信号源正在地下移动！”
追踪器的光标在平板地图上划出诡异的弧线，最终定格在函馆山下的废弃医院。当新一等人撬开锈蚀的地下室铁门时，消毒水与机油的混合气味扑面而来。实验室中央的玻璃舱内，漂浮着数十具覆盖珍珠母贝甲片的改造体，他们胸口的荧光绿芯片正与墙上的全息屏同步闪烁，屏幕上赫然显示着东京湾、纽约港等二十个港口的卫星图像，每个坐标旁都标注着“神经毒素投放倒计时：72小时”。
“姐姐...？”灰原哀的声音从实验台后方传来。她被束缚在金属椅上，而站在操作台旁的宫本志保正将一支荧光绿试剂注入克隆舱——舱内漂浮的女性躯体与志保容貌 identical，只是左脸覆盖着与志保同款的机械义肢，胸口的珍珠母贝芯片却泛着异样的红光。
“宫本志保！放开她！”新一举起麻醉枪，却发现枪管在爆炸中扭曲变形。琴酒的身影从阴影中走出，他摘下兜帽，露出额角被火焰灼伤的疤痕：“工藤君，你以为毁掉灯塔实验室就结束了？”他按下腕表按钮，克隆舱的营养液开始剧烈翻涌，“‘凤凰计划’的核心，是用志保的基因培育出能操控改造体的‘母体’——而你的小女友，正好是激活母体的最佳祭品。”
灰原突然剧烈咳嗽，嘴角溢出淡绿色泡沫：“新一...别管我...那些芯片的能源核心...是珍珠母贝里的...意识控制蛋白...”她的话语被实验台的电流声打断，而志保握着注射器的手突然颤抖，机械义肢不受控制地指向琴酒：“不...不能伤害她...”
“看来你的机械义肢又‘短路’了。”琴酒冷笑，抬枪击中志保的义肢关节。金属碎片飞溅的瞬间，志保猛地将试剂注入自己手臂，荧光绿液体顺着血管蔓延至半张机械脸，“姐姐！”灰原的尖叫被克隆舱的爆裂声淹没——舱内的克隆体破茧而出，机械义肢竟与志保的动作完全同步。
“这就是双生母体的力量。”琴酒将枪口抵住灰原太阳穴，“现在，帮我激活全球港口的改造体，否则她的心脏会被纳米虫啃噬。”他甩出一枚遥控器，屏幕上的倒计时已缩减至48小时。
新一突然注意到克隆体胸口的芯片红光正在减弱——志保的机械义肢正用纳米探针插入自己的芯片接口，绿色数据流在两者之间疯狂传输。“原来如此...”新一拍手，“珍珠母贝蛋白的特性是‘镜像共鸣’，只要有母体自我毁灭，所有改造体都会失效！”
琴酒瞳孔骤缩，扣动扳机的瞬间，志保的克隆体突然扑向他，机械义肢死死钳住枪管。真正的志保则抓起实验台上的电磁脉冲枪，对准中央控制台嘶吼：“哀，快跑！”脉冲波击穿电路的刹那，所有改造体的芯片同时迸裂，而志保的身体开始被数据流分解——她在将自己的意识上传至克隆体，以此永久封锁芯片网络。
“姐姐！”灰原挣脱束缚冲向志保，却被新一拦腰抱住。实验室顶部的储油罐在电磁脉冲中泄露，绿色毒素与燃油混合成致命的火海。琴酒踹开克隆体，在爆炸前遁入通风管道，而志保的克隆体抓住灰原的手，将一枚闪烁蓝光的芯片塞进她掌心：“带着‘解药模板’...活下去...”
当消防队员冲进地下室时，只剩新一抱着昏迷的灰原站在废墟中央。灰原掌心的芯片正在投影出云纹工坊的设计图——那是二战时期生化实验室的真正坐标，而珍珠母贝的秘密，远不止意识控制那么简单。远处的函馆港传来货轮鸣笛，海平面上，一艘印着白鲸标记的货轮正缓缓驶离港口，船舷上的云纹标记在晨雾中若隐若现。
新一将灰原抱上救护车，口袋里的珍珠母贝碎片突然与她掌心的芯片产生共鸣。他望向灰原颈间若隐若现的APTX4869疤痕，突然明白黑衣组织的终极目标：他们要的不是傀儡军队，而是能让死者“重生”的生化技术——而宫本志保的机械义肢与克隆体，不过是这场疯狂实验的冰山一角。
“博士，”新一接通卫星电话，声音在警笛声中格外冷静，“准备好追踪白鲸号货轮，我们接下来要去的地方...是云纹工坊的发源地——琉球群岛。”救护车呼啸着穿过函馆的晨雾，后座的灰原突然睁开眼，掌心的芯片蓝光映亮她眼角的泪痕：“新一...我好像...听到了姐姐的心跳声...”
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