超时空飞空大针蜂的空间折叠通道在绿岭市上空展开时，最先映入眼帘的是城郊的太空中心——银白色的建筑体直插云霄，巨大的火箭发射架在阳光下泛着金属光泽，却在发射架底部缠绕着淡淡的黑色雾气，那是机械混沌能量在空气中凝结的痕迹。城市里的警报声此起彼伏，悬浮警车在街道上穿梭，显然正紧急应对机械装置失控的情况。
“绿岭市的情况比密阿雷市更严重！”莉娜的检测仪屏幕上，机械混沌能量的波形图几乎达到峰值，“太空中心的‘太空核心’是能量源头，它控制着火箭的动力系统和卫星通讯，一旦核心彻底失控，不仅太空中心会爆炸，还会影响全球的宝可梦卫星信号！”
小智抱着甲贺忍蛙，刚落地就看到一台失控的机械搬运车朝着路边的小孩冲去！“甲贺忍蛙，用水之波动拦住它！”甲贺忍蛙纵身跃起，前肢甩出一道淡蓝色的水纹，精准地击中搬运车的车轮，搬运车瞬间失控侧翻，停在安全区域。小孩的父母急忙上前道谢，小智笑着摆手：“不用谢，这是我们应该做的！”
众人刚靠近太空中心，一道深蓝色的身影就从大门内跑出，正是绿岭市道馆馆主枫与南。他们的太阳岩和月石周身环绕着岩石能量与超能力量，显然刚从失控的机械室中突围：“林夜先生！你们可算来了！太空核心被机械混沌体包裹，我们的宝可梦根本无法靠近——那些机械混沌体还会吸收火箭燃料的能量，变得越来越强！”
跟随枫与南进入太空中心主控室，透过巨大的玻璃幕墙，众人终于看到了“太空核心”——那是一个位于火箭发射台底部的圆柱形能量装置，表面覆盖着厚厚的机械混沌体，黑色的“蛛丝”不仅缠绕着核心，还连接着火箭的燃料管道，每吸收一次燃料能量，机械混沌体就会膨胀一圈，核心表面的指示灯也从绿色变成了危险的红色。
“核心的能源储备已经快满了！再过半小时，要是还没净化，就会触发自爆程序！”南看着主控屏幕上的倒计时，声音带着焦急，“而且我们检测到，机械混沌体的中心，有两块机械骑拉帝纳的核心碎片，比密阿雷市的碎片能量更强！”
林夜深吸一口气，立刻制定计划：“超时空飞空大针蜂，你用空间折叠将燃料管道暂时切断，阻止机械混沌体吸收能量；喷火龙X，用七彩时空熔岩护盾保护主控室，防止混沌能量扩散；小智和甲贺忍蛙，你们负责破坏机械混沌体的外壳，我来净化核心碎片！”
“收到！”众人齐声回应，立刻行动。超时空飞空大针蜂扇动青金渐变的翅膀，释放出空间能量，将连接核心的燃料管道暂时折叠到异空间，机械混沌体失去能量来源，膨胀的速度明显减慢。喷火龙X则展开翅膀，金红的熔岩能量与淡蓝的时空能量交织，形成一道巨大的护盾，将主控室与太空核心隔离开来。
“甲贺忍蛙，我们上！”小智纵身跳到发射台上，甲贺忍蛙紧随其后，手中的创世羁绊手里剑融入更多的创世能量，变成一把两米长的“超大型创世羁绊手里剑”。“超大型创世羁绊手里剑·裂甲！”小智与甲贺忍蛙的意志完全同步，甲贺忍蛙将手里剑掷出，手里剑旋转着，带着撕裂空气的巨响，狠狠砸在机械混沌体上。
“咔嚓！”机械混沌体的外壳瞬间裂开一道巨大的口子，黑色的混沌能量与机械能量从裂缝中溢出。就在这时，两块黑色的机械骑拉帝纳核心碎片从裂缝中飞出，在空中凝聚成一道机械混沌触手，朝着甲贺忍蛙袭来！“甲贺忍蛙，用创世水幕！”小智喊道，甲贺忍蛙立刻释放出一道蓝金交织的水幕，将触手挡在水幕之外。
林夜抓住机会，纵身跃到太空核心旁，举起创世守护鳞，淡金色的创世能量与诸天光轮的七彩能量交织，形成两道光柱，分别射向两块核心碎片：“创世净化·双碎片剥离！”光柱中的创世能量像两只无形的手，将碎片中的机械能量与混沌能量强行分离，机械能量被超时空飞空大针蜂的空间能量带走，混沌能量则被光柱彻底净化成无害的光粒。
随着核心碎片被净化，缠绕在太空核心上的机械混沌体逐渐消散，核心表面的指示灯也从红色恢复成绿色，主控室的倒计时也随之停止。枫与南看着恢复正常的核心，兴奋地击掌：“太好了！太空中心安全了！你们拯救了绿岭市，甚至整个丰缘地区！”
莉娜的检测仪显示，甲贺忍蛙的能量又有了新的突破：“小智版甲贺忍蛙的羁绊能量与创世能量融合度达到100%，现在它能释放‘超大型创世羁绊手里剑’，还能通过水幕同时防御和净化，以后面对更强的机械混沌体，也能轻松应对！”
傍晚，众人站在太空中心的观测台上，看着夕阳下的绿岭市。枫与南递给林夜一份卫星检测报告：“这是我们通过卫星拍摄的全球能量分布图，除了Sinnoh的帷幕市，卡洛斯的百刻市也出现了机械混沌能量异常，那里有控制时间的‘时计核心’，要是被污染，可能会导致时间紊乱！”
林夜接过报告，目光落在百刻市的标记上：“时计核心比太空核心更重要，我们明天就去百刻市！一定要在机械混沌体影响时间之前，净化核心碎片！”
小智举起拳头，甲贺忍蛙也跟着举起手中的创世羁绊手里剑，眼中闪烁着坚定的光芒：“好耶！我们一定会成功的！甲贺忍蛙，我们一起加油！”超时空飞空大针蜂展开翅膀，带着众人缓缓升空，朝着百刻市的方向飞去。太空中心的灯光在夜色中亮起，像是在为他们送别——新的挑战，在时间与机械的交织中，即将开启。
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