哲哲因后金重视蒙古的联盟也受到重视,在天聪、崇德年间,哲哲的母亲、莽古思的妻子科尔沁大妃曾多次来朝,每次都受到皇太极的礼遇。他以尊崇的礼节迎送科尔沁大妃,宴赏优厚。在清崇德二年(1637年)科尔沁大妃到来时,皇太极为她举办了隆重的酒宴。宴中哲哲以皇后暨女儿的双重身份,率贵妃、庄妃向母亲行蒙古族礼。皇太极又追科尔沁贝勒为和硕福亲王,并立碑于墓前。还赐封科尔沁大妃为科尔沁和硕福妃。
哲哲没有生下过男孩,先后为皇太极生下的是三个女儿。第一位是皇次女固伦温庄长公主。出生于后金天命十年(1625年)八月,后金天聪十年(1636年)正月下嫁蒙古察哈尔部和硕亲王额哲。这位额哲是因为率领其父林丹汗的余部投降皇太极,并献出了元朝皇帝的传国玉玺之功,而被封为亲王的。他当了六年驸马后去世,这位公主又改嫁给额哲之弟阿布鼐,并生下儿子布尔尼与罗不藏。第二位是皇三女固伦端靖长公主,出生于后金天聪二年(1628年)七月,清崇德四年(1639年)正月下嫁蒙古科尔沁部多罗郡王奇塔特。奇塔特是哲哲同母异父亲的弟弟。母亲科尔沁大妃在父亲莽古斯逝世后,被宰桑-布和三子索纳穆收继。科尔沁大妃与索纳穆至少生下二女一子,达哲(多铎嫡福晋)、义皇后(多尔衮嫡福晋)、奇塔特。推算起来,哲哲是他的姐姐暨岳母,他是哲哲的弟弟暨女婿。皇太极册封奇塔特为驸马的丝绢诰命原件,制作华美,堪称档案精品,弥足珍贵,曾在科左中旗档案馆中保存了三十余年,不慎于上世纪九十年代中期遗失,想来真令人扼腕叹息!第三位是皇八女固伦端贞长公主,出生于后金天聪八年(1634年)闰八月,清顺治二年(1645年)四月下嫁蒙古科尔沁部和硕土谢图亲王巴雅思护朗。这位巴雅思护朗的曾祖父翁果岱与哲哲的父亲莽古斯,是同一祖父的叔伯兄弟,他们曾一起参加九部之战与努尔哈赤为敌,兵败后逐渐归附。巴雅斯护朗的祖父奥巴曾与努尔哈赤结盟,并迎娶努尔哈赤的侄孙女肫哲公主为妻,成为科尔沁的首位后金驸马。
清一代,满蒙联姻始终是清王朝维护其统治的重要政策。多年前,哲哲出嫁皇太极原本就是这一政策的产物;他们的三位金枝玉叶、血管中奔流着满蒙两个民族鲜血的女儿回嫁蒙古名门望族,特别是其中两位还嫁回了哲哲的娘家科尔沁部,同样也是这一政策的继续。由此看来,哲哲在客观上不正是扮演了这一政策的体现者、实行者、推动者的角色吗?
清崇德八年(1643年)八月初九日,皇太极在清宁宫溘然长逝,走完了自己南征北战的戎马一生。顺治帝即位后,哲哲被尊为母后皇太后,后随清廷迁都到北京,住在北京紫禁城里。