因此，凶手很快就被揪了出来。事情也就此了结了，但等到柯南回到家后，小兰就告诉他，自从放寒假英祐就失去了联络，而在此之前，小兰从他那里听说他好像在杯户中央医院找姐姐的时候发现了关于自己父亲的线索，柯南急忙找茱蒂老师商量对策，并推断出他的父亲就是被黑暗组织杀掉的CIA谍报人员。随后，柯南一行人赶往医院，向护士询问英祐的事情，没想到竟然还有另外一个人，像英祐一样在这家医院打听水无玲奈的事情。
柯南根据调查，从一位老护士口中得知，他以前见过英祐并且在他小的时候还因白血病做过手术。另一方面，得知杯户中央医院被黑暗组织入侵后，柯南和FBI立刻对医院的病人进行排查，其中最具嫌疑的，有三个人未找出那个在医院调查水无玲奈的人，柯南想出了一条妙计，他直接与这三个嫌疑人接触，最终将目标锁定。
于是，柯南还有赤井一直偷偷跟在这名潜入医院的黑暗组织同伙南田陆道身后。刚完南田陆道，果然展开了行动，但同时FBI也暴露了行动，南田陆道在驱车逃跑的过程中，举枪自尽。虽然柯南破坏了他的电话，但他还是通过其他手段将收集来的信息传给了组织。既然事情发展到这种地步，转院无疑就是向黑暗组织召示水无怜奈就在这里，所以只能另想对策。另一方面，英祐伺机潜入水无怜奈的房间，并发现她早已从昏迷中苏醒。在FBI制定作战计划的同时，黑暗组织就已经展开了行动，他们以南田陆道的名义寄给FBI一盆花，就在柯南推测敌人的意图时，杯户中央医院突然涌来大波病患，这无疑也是黑衣组织的安排，在处理完花盆里埋的炸弹后，医院陆续的出现送货员，而这些货物全部都是黑暗组织送的炸弹，如果医院爆炸后果不堪设想。
FBI的所有警员立刻将送至各个病房的炸弹进行回收，就在这时，水无怜奈出现在电视上，为一探究竟，所有搜查员都聚集到水无怜奈的房间，却发现她好好的躺在那里，而这其实才是黑衣组织的目的，他们在炸弹上还安装了发信器，这样一来水无怜奈的位置一目了然。既然已经暴露了，那就只能立刻将她转移，为了混淆视听，FBI派出了三辆车，但即便如此琴酒是做出了判断。琴酒锁定目标，就在他们准备行动时，水无怜奈突然苏醒，并将FBI驾驶员打晕逃回了黑暗组织。然而，这一切都是柯南和赤井秀一所设下的陷阱，柯南早就察觉到英祐在这家医院，并利用他将水无唤醒，之后柯南又戳破了水无是CAI的谍报人员的真实身份。既然自己的身份暴露了，水无便答应了FBI重新潜入黑暗组织的要求，但条件是他们要保护好自己的弟弟。
未完待续
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