水君

在收服传说，寻找水之守护神水君!!中，水君来到城都地区的某座森林，站在湖面上，净化被污染的湖水。樱木博士派遣他们前往当地调查水源被污染的原因。他们来到湖边，发现宝可梦猎人正在污染水源，双方对峙时，水君如猎人集团的老大所料现身净化受到污染的湖水，因此遭到猎人集团的围堵，寡不敌众。小豪见状，为救水君，掏出精灵球投向它，成功将其收服。中途，水君从精灵球出来，并对小豪表现出敌意，爬到一颗巨树上静养。之后，猎人发现了水君的下落，赶来追捕。水君目睹眼前为它奋战的小豪与小智，终于被小豪打动，使出水炮和冰冻光束为他们解了围。君莎走后，水君突然从精灵球里出来，又主动进去，自愿成为小豪的宝可梦。它登上樱木公园的一座小山的山顶，发出一阵震耳欲聋的嘶吼，伴随一阵强风消失在了众人面前。

小豪的水君

宝可梦：世代

在宝可梦世代的苏醒中，水君在水京的回忆里登场。回忆中显示，起初它是在烧焦塔中被烧死的不知名的宝可梦，之后被凤王复活后才变为水君的形态。因为人们畏惧有操纵生命力量的宝可梦而企图用暴力抑制水君，炎帝和雷公，于是它们选择离开缘朱市。

穿梭时空的相遇

在小智一行摆渡过河时，看到了丛林中水君的身影。一行人询问大木博士后，得知大木博士在之前曾邂逅过水君。大木博士询问一行人发现水君的地点，小智在回答后因被催促，未等博士答复随即辞别启程。片刻后，水君发现了正强迫时拉比摧毁树林的比夏斯，并在小智和雪成即将从时拉比创造的怪物身上掉下来之前救下了二人。水君后被怪物抓住，但设法从巨兽的紧握中逃脱，这为小智和雪成营救时拉比创造了机会。一行人最终自比夏斯手中就出了时拉比。为了治愈时拉比，小智一行人将其带到了生命之湖。但时拉比的身体几近腐朽，治愈之力未能生效。意识到时拉比已死，一行人默默哀悼，随后一群时拉比从天而降复活了已死的时拉比。在时拉比和雪成返回过去前，一行人同水君道别，后者随即离开。[17]

小智、雪成和皮卡丘骑在水君背上

宝可梦：幻影的霸者 索罗亚克

在幻影的霸者 索罗亚克中，出现异色的水君、雷公和炎帝。水君、炎帝和雷公察觉到王冠市被索罗亚克袭击，随即赶去支援。在见到被寇泰围困的索罗亚克后，传说的三圣兽由于城市被毁的激愤而对索罗亚克发起了攻击。索罗亚克动身寻找索罗亚，在城市中同包括水君在内的三圣兽巷战，索罗亚克轮番变成水君、炎帝和雷公的形态，但依旧无法抵挡三者的攻击。在炎帝等与索罗亚克在转角的一次遭遇中，索罗亚克使用黑夜爆裂暂时击飞了三圣兽，并继续寻找索罗亚。[18]