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朱棣的佯狂只不过是缓兵之计，为了在大军到来之前做好准备，他命令亲信护卫指挥张玉、朱能率将士八百人入卫王城。这时，北平都指挥使谢贵已经接到朝廷的命令，带领在城的七卫军队和屯田军士包围了王城，并用本栅截断了端礼门等的通道。朝廷削夺朱棣王号和逮捕燕府官属的诏书也在这时到达北平。[27]

建文元年（1399年）六月，齐泰将燕使邓庸下狱审讯，具得朱棣将举兵反状，乃发兵逮燕府官属，并密敕张信逮捕朱棣。张信为朱棣旧部，此时遂降朱棣，朱棣随即为备。七月，朱棣以计（以装疯麻痹张昺、谢贵二人）擒杀张昺、谢贵，并命燕府护卫指挥张玉、朱能率兵乘夜攻夺北平九门，遂据北平。后以尊祖训、诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，誓师出征。[28] 革除建文年号，仍称“洪武三十二年”。他谕令将士，同时上书朝廷，声称根据《祖训》“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧之恶。”从此便开始了一场历时四年之久的战争，史称“靖难之役”。

四载干戈

战事之初，因北方诸将多朱棣旧部，降朱棣从战者甚多。朱棣先后下居庸关、怀来，捕获南军将领宋忠。趁势攻下遵化，永平投降。[29]

建文元年（1399年）八月，朱允炆以太祖旧将耿炳文为大将军，率师30万伐朱棣。大军到达真定（今河北省正定县），先锋抵雄县，为朱棣所袭，9千人全部战死。[30] 复战于真定，又大败。[31]

朱允炆遂以勋戚李景隆代耿炳文。九月，江阴侯吴高带领辽东兵马围困永平。李景隆合兵五十万，进军至河间扎营。[32] 十月，朱棣亲自率精骑袭大宁，执宁王朱权及其妃妾世子，得其部朵颜三卫骑兵（相当于雇佣兵，均为蒙古骑兵，战斗力极强），兵力骤增。[33] [34]

李景隆乘虚攻北平，但不能克（朱棣长子朱高炽镇守，用冰冻住城墙，使李景隆无法破城）。燕王师自大宁返回后，于郑村坝大破李景隆军。李景隆退军德州。[35] 朱棣趁机攻打蔚州、大同，引李景隆派兵救援、劳师无功。[36] [37] 朱允炆被迫罢兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄职，以缓燕师。

建文二年（1400年）四月，双方又战于白沟河，[38] 李景隆再次战败，[39] 燕师乘胜围攻济南。山东参政铁铉固守济南，以逸待劳，燕师久攻不下，败还。[40] 九月，朝廷升铁铉为山东布政使，改命盛庸代李景隆。[41] 十二月，盛庸率师与燕军会战于东昌（今山东省聊城市），燕师大败，主将张玉战死。[42]

建文三年（1401年），建文帝恢复齐、黄官职。二月，燕师再度南下。三月，在滹沱河打败盛庸，再在藁城打败吴杰等。[43] [44] 朱允炆以放逐齐、黄为名，使他们外出募师勤王。当时，朱棣虽多胜，但损失颇重，而朝廷军源颇广，燕军于河北、山东一带所攻下的城邑，兵回后又为朝廷兵所据。