总率诸王防备边患

诸王之中，以晋王、燕王最被倚重，[21] 洪武二十四年（1391年），朱元璋命朱棣率颍国公傅友德出征，收捕番将阿失里等人。[132] 洪武二十六年（1393年）三月，朱元璋命晋王节制山西、燕王节制北平各卫将士，凡军中事务，都要启奏朝廷和晋王、燕王。[133]

洪武二十九年（1396年）三月，朱棣率军北征至彻彻儿山，擒敌将孛林帖木儿等数十人，又追击至兀良哈秃城，遇敌哈剌兀，打败敌军凯旋。[136]

洪武三十一年（1398年）晋王死后，朱元璋命朱棣节制北平都司、行都司、辽东都司及辽府护卫兵马，令他总率诸王防备边患。[137]

继统纷争

朱元璋立长子朱标为太子，随着时间的发展，引起诸王，特别是秦、晋、燕王的不满。他们之间早已开始了明争暗斗。

洪武二十三年（1390年），朱棣招降乃儿不花后，晋王忌惮朱棣的功劳，到太子朱标处发告朱棣不听自己的约束“劳师冒险”，使朱标将此事汇报给朱元璋。[141] 朱棣入朝，晋王又言语冒犯朱棣，还派人在燕王府内监视，搜求朱棣的“国中细故”，[142] 燕王每入朝，太子“数以语见侵”等等，其间剑拔弩张之势十分明显。[21]

洪武二十五年（1392年），太子朱标去世，朱元璋接受学士刘三吾的建议，立皇孙朱允炆为皇太孙，以杜绝诸王对皇位的觊觎。

洪武二十八年（1395年），秦王去世。洪武三十一年（1398年），朱元璋去世前夕，晋王去世，朱棣成为了诸王中最年长者。这时朱棣的羽翼已经丰满，不但有久征惯战的护卫军，权限上也早已超出了“列爵不临民”的规定。[21]

晋王死后一个多月，朱元璋曾给朱棣一道敕谕：“朕诸子独汝才智，秦、晋已薨，系汝为长，攘外安内，非汝其谁……尔其统率诸王，相机度势，防边乂民，以答天心，以副朕意。”[23] 无疑，这时朱元璋已把朱棣看作维护朱家皇朝的一个支柱，对他寄予很大希望。

然而，朱元璋毕竟精明过人，他也虑及燕王及诸王权势过大，对继任皇帝构成威胁，所以，朱元璋临死时下遗诏：“诸王临国，毋得至京。王国所在文武吏士，听朝廷节制”，正显示出他的这一忧虑。

举兵靖难

洪武三十一年（1398年）闰五月，朱元璋去世，皇太孙朱允炆即位，遗诏诸王在封国，不得到京师奔丧。燕王朱棣自北平去南京，因朱允炆诏令而停止。

朱允炆用齐泰、黄子澄之议削藩，不到一年时间，周王、岷王、湘王、齐王、代王先后被废。[25] 朱棣则在加紧活动。他挑选壮士充实自己的护卫军，以勾逃军为名，收罗异人术士。表面上，朱棣藏起锋芒，假称有病，[26] 暗中则加紧练兵。他还利用燕府崇深之便，赶制军器。

接着，朱允炆令张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，以谢贵控制北平（今北京市），另以都督宋忠、徐凯、耿瓛屯兵开平、临清、山海关一带，并调检燕府护卫军士，加强对燕王防范措施。

朱棣的佯狂只不过是缓兵之计，为了在大军到来之前做好准备，他命令亲信护卫指挥张玉、朱能率将士八百人入卫王城。这时，北平都指挥使谢贵已经接到朝廷的命令，带领在城的七卫军队和屯田军士包围了王城，并用本栅截断了端礼门等的通道。朝廷削夺朱棣王号和逮捕燕府官属的诏书也在这时到达北平。